More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1879 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 360 aa  705    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  55.49 
 
 		 357 aa  326  5e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1006  DNA-directed DNA polymerase  46.73 
 
 		 351 aa  270  4e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  46.13 
 
 		 336 aa  270  4e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  47.04 
 
 		 349 aa  269  5.9999999999999995e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  46.29 
 
 		 333 aa  263  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  43.33 
 
 		 379 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  47.06 
 
 		 331 aa  257  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  47.06 
 
 		 332 aa  256  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  47.13 
 
 		 340 aa  256  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1949  DNA-directed DNA polymerase  41.03 
 
 		 373 aa  237  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  38.64 
 
 		 337 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  37.35 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  37.35 
 
 		 336 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  37.69 
 
 		 344 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  36.45 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.26 
 
 		 334 aa  176  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  35.65 
 
 		 336 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  37.61 
 
 		 342 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  37.85 
 
 		 337 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  36.42 
 
 		 342 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.39 
 
 		 339 aa  161  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  37.98 
 
 		 344 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  37.05 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  36.45 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  36.45 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  36.45 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1044  DNA polymerase III subunit delta'  36.57 
 
 		 349 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.87 
 
 		 368 aa  144  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2155  DNA polymerase III subunit delta'  38.37 
 
 		 344 aa  144  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.3 
 
 		 327 aa  138  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1188  DNA polymerase III subunit delta'  41.46 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1424  DNA polymerase III subunit delta'  41.46 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2319  DNA polymerase III subunit delta'  41.46 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2442  DNA polymerase III subunit delta'  41.46 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1915  DNA polymerase III subunit delta'  41.46 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  29.89 
 
 		 377 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3389  DNA polymerase III subunit delta'  41.46 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.556766  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2280  DNA polymerase III subunit delta'  42.14 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.20303  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.67 
 
 		 351 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.09 
 
 		 337 aa  129  8.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  40.69 
 
 		 328 aa  129  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  29.23 
 
 		 373 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.62 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  42.42 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  37.39 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  40.77 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  34.53 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  35.27 
 
 		 319 aa  115  8.999999999999998e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  40.61 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  37.89 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  35.27 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  40.4 
 
 		 327 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.92 
 
 		 328 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  39.8 
 
 		 328 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  39.8 
 
 		 328 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  34.72 
 
 		 319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.69 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.71 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.82 
 
 		 336 aa  111  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  32.93 
 
 		 318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  32.69 
 
 		 320 aa  110  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.67 
 
 		 338 aa  109  6e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  39.13 
 
 		 343 aa  109  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.62 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.54 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.62 
 
 		 318 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  32.27 
 
 		 295 aa  107  4e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.86 
 
 		 335 aa  106  8e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  33.18 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  32.35 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.62 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.89 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  38.8 
 
 		 328 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 		 312 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.67 
 
 		 363 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.95 
 
 		 321 aa  102  7e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.68 
 
 		 318 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.97 
 
 		 344 aa  102  9e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.87 
 
 		 331 aa  102  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  38.67 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  34.6 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  37.57 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.72 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  34.83 
 
 		 336 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.05 
 
 		 370 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  33.17 
 
 		 300 aa  100  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  33.7 
 
 		 325 aa  99.8  6e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  33.83 
 
 		 336 aa  99.8  7e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  34.31 
 
 		 304 aa  99.4  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  34.83 
 
 		 340 aa  99  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.95 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  34.83 
 
 		 340 aa  99  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  29.79 
 
 		 334 aa  99  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  37.43 
 
 		 323 aa  98.2  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  30.4 
 
 		 324 aa  97.4  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  37.97 
 
 		 330 aa  97.8  3e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  34.53 
 
 		 335 aa  97.8  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0401  DNA polymerase III delta' subunit  34.44 
 
 		 312 aa  97.1  4e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  32.37 
 
 		 388 aa  96.3  7e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.772153 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>