More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1827 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 337 aa  678    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  79.94 
 
 		 337 aa  545  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  66.07 
 
 		 336 aa  434  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  66.07 
 
 		 336 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  65.77 
 
 		 336 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  56.4 
 
 		 344 aa  368  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  56.81 
 
 		 342 aa  358  6e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  55.52 
 
 		 344 aa  345  5e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  57.1 
 
 		 342 aa  345  8e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  57.1 
 
 		 342 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  57.39 
 
 		 342 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1044  DNA polymerase III subunit delta'  57.18 
 
 		 349 aa  340  2e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  57.68 
 
 		 342 aa  338  7e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  57.68 
 
 		 342 aa  338  7e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  57.68 
 
 		 342 aa  338  7e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2155  DNA polymerase III subunit delta'  56.85 
 
 		 344 aa  305  7e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1424  DNA polymerase III subunit delta'  55.98 
 
 		 344 aa  294  1e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2319  DNA polymerase III subunit delta'  55.98 
 
 		 344 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1915  DNA polymerase III subunit delta'  55.98 
 
 		 344 aa  294  1e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2442  DNA polymerase III subunit delta'  55.98 
 
 		 344 aa  294  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3389  DNA polymerase III subunit delta'  55.98 
 
 		 344 aa  294  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.556766  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1188  DNA polymerase III subunit delta'  55.98 
 
 		 344 aa  294  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2280  DNA polymerase III subunit delta'  55.98 
 
 		 344 aa  292  7e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.20303  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  38.59 
 
 		 373 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  37.4 
 
 		 377 aa  247  2e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.28 
 
 		 339 aa  237  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.01 
 
 		 368 aa  231  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.82 
 
 		 334 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.42 
 
 		 327 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.65 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.54 
 
 		 360 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.75 
 
 		 357 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  42.53 
 
 		 328 aa  149  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.76 
 
 		 335 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  36.27 
 
 		 319 aa  145  1e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.96 
 
 		 351 aa  145  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  35.71 
 
 		 319 aa  144  3e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  35.2 
 
 		 349 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  35.81 
 
 		 324 aa  142  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.58 
 
 		 331 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  37.86 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  37.86 
 
 		 328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  39.13 
 
 		 328 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  36.09 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 		 328 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.83 
 
 		 328 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 		 328 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  39.39 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  33.45 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  39.27 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  39.37 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.72 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  36.36 
 
 		 320 aa  132  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  33.2 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  37.27 
 
 		 327 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  33.44 
 
 		 331 aa  129  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  34.4 
 
 		 340 aa  129  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  33.44 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.24 
 
 		 337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1006  DNA-directed DNA polymerase  32.68 
 
 		 351 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  31.86 
 
 		 379 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  35.38 
 
 		 374 aa  126  5e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  32.23 
 
 		 337 aa  123  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  37.24 
 
 		 321 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.07 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.47 
 
 		 335 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  34.19 
 
 		 336 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  30.52 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.63 
 
 		 336 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  30.17 
 
 		 343 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  28.45 
 
 		 320 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  36.12 
 
 		 352 aa  116  5e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.34 
 
 		 326 aa  112  6e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.64 
 
 		 363 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  33.64 
 
 		 323 aa  112  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1065  DNA-directed DNA polymerase  32.39 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.910858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  33.84 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1949  DNA-directed DNA polymerase  30.64 
 
 		 373 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1313  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.2 
 
 		 366 aa  109  5e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  30.63 
 
 		 325 aa  109  8.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.1 
 
 		 363 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.77 
 
 		 358 aa  107  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.16 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7084  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.24 
 
 		 634 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  32.63 
 
 		 339 aa  103  3e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.39 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.67 
 
 		 322 aa  103  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.52 
 
 		 320 aa  103  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.44 
 
 		 370 aa  102  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  28.57 
 
 		 548 aa  102  9e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  35.85 
 
 		 361 aa  102  9e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  32.91 
 
 		 336 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.77 
 
 		 336 aa  102  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  34.52 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  31.61 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  30.86 
 
 		 326 aa  100  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  30.93 
 
 		 332 aa  100  3e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  37.35 
 
 		 321 aa  100  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  36.04 
 
 		 365 aa  100  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  31.78 
 
 		 336 aa  100  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>