More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3206 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
332 aa  674    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.52 
 
 
324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.55 
 
 
320 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.42 
 
 
323 aa  176  4e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  34.39 
 
 
321 aa  176  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.35 
 
 
335 aa  167  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.52 
 
 
358 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.33 
 
 
320 aa  154  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.62 
 
 
331 aa  153  5e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.44 
 
 
318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.33 
 
 
320 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.03 
 
 
335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.31 
 
 
327 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.33 
 
 
343 aa  141  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.34 
 
 
340 aa  139  4.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  28.13 
 
 
320 aa  139  4.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.82 
 
 
363 aa  139  6e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.27 
 
 
363 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.3 
 
 
354 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.07 
 
 
326 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.93 
 
 
320 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 
344 aa  135  9e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.41 
 
 
322 aa  133  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  31.18 
 
 
402 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  31.18 
 
 
402 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.88 
 
 
351 aa  132  6.999999999999999e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5180  DNA polymerase III subunit delta'  30.91 
 
 
402 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0809147 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.88 
 
 
370 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13673  DNA polymerase III subunit delta'  39.19 
 
 
401 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0731009 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.59 
 
 
406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.39 
 
 
391 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  29.9 
 
 
326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  30.22 
 
 
605 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  39.6 
 
 
399 aa  126  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  40.21 
 
 
407 aa  126  6e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0033  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.77 
 
 
518 aa  125  9e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.168879  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  29.43 
 
 
320 aa  125  9e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.19 
 
 
431 aa  124  2e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.74 
 
 
338 aa  124  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.53 
 
 
339 aa  123  4e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.94 
 
 
599 aa  123  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  38.29 
 
 
404 aa  122  7e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.44 
 
 
329 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  33.33 
 
 
568 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  28.73 
 
 
339 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  41.01 
 
 
298 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  33.22 
 
 
625 aa  120  3e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.46 
 
 
644 aa  119  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.566282  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.78 
 
 
343 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2144  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.5 
 
 
547 aa  119  6e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00119695  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.6 
 
 
330 aa  119  7e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0062  DNA polymerase III, tau subunit  36.57 
 
 
614 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3199  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.53 
 
 
613 aa  118  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000104981  normal  0.61313 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.9 
 
 
427 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.87 
 
 
565 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.41 
 
 
588 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.38 
 
 
589 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.87 
 
 
565 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  32.09 
 
 
326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.37 
 
 
589 aa  117  3e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  34.43 
 
 
337 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4353  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.26 
 
 
663 aa  115  7.999999999999999e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.695185  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  36.79 
 
 
394 aa  115  8.999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.14 
 
 
331 aa  115  8.999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  28.36 
 
 
337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00641  DNA polymerase, gamma and tau subunits  39.26 
 
 
604 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4439  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.23 
 
 
730 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1334  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.41 
 
 
421 aa  114  3e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.84 
 
 
505 aa  114  3e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.547641  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.31 
 
 
567 aa  114  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.1 
 
 
520 aa  114  3e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3874  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.22 
 
 
406 aa  114  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.83 
 
 
383 aa  113  4.0000000000000004e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  28.9 
 
 
337 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2000  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.02 
 
 
614 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2005  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.38 
 
 
496 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  35.56 
 
 
321 aa  112  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.79 
 
 
737 aa  112  6e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0387  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.74 
 
 
385 aa  113  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.210264  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.16 
 
 
724 aa  112  7.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  29.38 
 
 
337 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0912  DNA polymerase III, tau subunit  39.64 
 
 
652 aa  112  8.000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.850857 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.87 
 
 
1113 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 
312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.69 
 
 
345 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.39 
 
 
485 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.11 
 
 
386 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.07 
 
 
641 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1975  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.19 
 
 
632 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.868951 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1200  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.48 
 
 
667 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0042  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.12 
 
 
540 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000215305  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  36.23 
 
 
559 aa  110  3e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1256  DNA polymerase III, tau subunit  33.33 
 
 
565 aa  110  3e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303373  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.15 
 
 
570 aa  110  3e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.74 
 
 
390 aa  110  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2118  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.07 
 
 
650 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000251378  normal  0.316515 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.87 
 
 
921 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000191992  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6870  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.72 
 
 
649 aa  110  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.351092 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21271  DNA polymerase, gamma and tau subunits  33.81 
 
 
565 aa  110  3e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  35.26 
 
 
336 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>