More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3205 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
320 aa  636    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  97.81 
 
 
320 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  61.01 
 
 
320 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  55.97 
 
 
318 aa  323  4e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  54.06 
 
 
323 aa  300  2e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.61 
 
 
327 aa  247  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.41 
 
 
331 aa  236  3e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  41.69 
 
 
321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.85 
 
 
326 aa  210  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.54 
 
 
363 aa  195  7e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.97 
 
 
363 aa  192  7e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.76 
 
 
335 aa  189  7e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.66 
 
 
358 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.46 
 
 
324 aa  182  7e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.46 
 
 
330 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.97 
 
 
370 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  35.4 
 
 
327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  35.4 
 
 
327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  35.09 
 
 
327 aa  173  5e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  35.09 
 
 
327 aa  173  5e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  34.78 
 
 
327 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  36.28 
 
 
327 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  35.96 
 
 
327 aa  170  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  36.28 
 
 
327 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.41 
 
 
329 aa  171  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  36.28 
 
 
327 aa  170  3e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  36.28 
 
 
327 aa  170  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  32.39 
 
 
337 aa  169  7e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  38.35 
 
 
326 aa  168  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.33 
 
 
332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.4 
 
 
335 aa  166  5e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.22 
 
 
343 aa  160  2e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.28 
 
 
383 aa  159  7e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  32.22 
 
 
339 aa  158  1e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  33.13 
 
 
327 aa  157  3e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.83 
 
 
344 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.39 
 
 
322 aa  152  8.999999999999999e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.07 
 
 
340 aa  150  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.42 
 
 
338 aa  150  3e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  32.67 
 
 
326 aa  149  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.44 
 
 
339 aa  149  7e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.21 
 
 
354 aa  149  8e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  30.06 
 
 
320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 
345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.84 
 
 
351 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.52 
 
 
391 aa  145  1e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.67 
 
 
588 aa  143  4e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.6 
 
 
589 aa  142  8e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.4 
 
 
320 aa  142  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  31.53 
 
 
389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.14 
 
 
567 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.84 
 
 
559 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1961  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.18 
 
 
359 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.617101  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  31.12 
 
 
365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.32 
 
 
732 aa  137  3.0000000000000003e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  39.53 
 
 
330 aa  136  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.87 
 
 
427 aa  136  4e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2144  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.26 
 
 
547 aa  136  5e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00119695  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.42 
 
 
343 aa  136  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0194  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.35 
 
 
614 aa  135  8e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  34.62 
 
 
382 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  34.27 
 
 
298 aa  134  3e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.86 
 
 
561 aa  134  3e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  30.25 
 
 
320 aa  133  5e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.64 
 
 
562 aa  132  6e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1591  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.46 
 
 
572 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.382177  normal  0.054959 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1919  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.46 
 
 
572 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0033  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.19 
 
 
518 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.168879  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.29 
 
 
395 aa  132  7.999999999999999e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.64 
 
 
562 aa  132  9e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.41 
 
 
562 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.63 
 
 
611 aa  132  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0950425  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.92 
 
 
562 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.92 
 
 
562 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.92 
 
 
562 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.21 
 
 
562 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6870  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.18 
 
 
649 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.351092 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3922  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.29 
 
 
575 aa  129  5.0000000000000004e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0150926  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.73 
 
 
599 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0042  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.5 
 
 
320 aa  129  5.0000000000000004e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0152578  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.21 
 
 
562 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  33.54 
 
 
328 aa  129  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.73 
 
 
644 aa  129  6e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.566282  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0242  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.31 
 
 
562 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000227385  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1975  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.57 
 
 
632 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.868951 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3199  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.24 
 
 
613 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000104981  normal  0.61313 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2005  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.91 
 
 
496 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.64 
 
 
562 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.64 
 
 
562 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.65 
 
 
347 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.81 
 
 
501 aa  127  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0189  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.23 
 
 
622 aa  126  6e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  29.63 
 
 
548 aa  125  7e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0365  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.99 
 
 
551 aa  125  7e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00200762  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.81 
 
 
565 aa  125  8.000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.81 
 
 
565 aa  125  8.000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  39.2 
 
 
582 aa  125  9e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2269  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.56 
 
 
688 aa  125  9e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  28.45 
 
 
568 aa  125  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.78 
 
 
562 aa  125  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>