More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4275 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
354 aa  709    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  83.91 
 
 
351 aa  544  1e-153  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  60.41 
 
 
344 aa  396  1e-109  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  54.6 
 
 
340 aa  363  2e-99  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  38.46 
 
 
339 aa  224  3e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.98 
 
 
343 aa  216  7e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.28 
 
 
339 aa  211  2e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.2 
 
 
326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.2 
 
 
330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.38 
 
 
324 aa  175  9e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.84 
 
 
335 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  32.63 
 
 
321 aa  169  7e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.91 
 
 
320 aa  169  8e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.54 
 
 
327 aa  159  7e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.87 
 
 
363 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.87 
 
 
363 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.89 
 
 
345 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  30.7 
 
 
326 aa  153  4e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.28 
 
 
391 aa  150  3e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.43 
 
 
329 aa  150  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.29 
 
 
358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.13 
 
 
331 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.3 
 
 
332 aa  143  5e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.44 
 
 
318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.02 
 
 
320 aa  140  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.21 
 
 
320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.16 
 
 
383 aa  140  3.9999999999999997e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.38 
 
 
370 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.2 
 
 
323 aa  139  6e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.6 
 
 
322 aa  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.83 
 
 
338 aa  138  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  34.53 
 
 
365 aa  134  3e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.74 
 
 
320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  26.1 
 
 
320 aa  133  6e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.41 
 
 
335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  28.66 
 
 
327 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  28.66 
 
 
327 aa  129  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  29.23 
 
 
326 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.82 
 
 
343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  28.36 
 
 
327 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  28.36 
 
 
327 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  28.36 
 
 
327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  28.78 
 
 
337 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  25.97 
 
 
320 aa  127  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  28.06 
 
 
327 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  27.76 
 
 
327 aa  126  5e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  28.27 
 
 
382 aa  126  5e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  28.06 
 
 
327 aa  126  5e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  28.06 
 
 
327 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  28.06 
 
 
327 aa  126  6e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 
322 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  33.64 
 
 
389 aa  124  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.8 
 
 
485 aa  123  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  27.2 
 
 
390 aa  122  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.42 
 
 
478 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  38.89 
 
 
330 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  27.63 
 
 
327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0245  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.42 
 
 
478 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.55 
 
 
517 aa  120  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.99 
 
 
599 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2608  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.13 
 
 
610 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  28.72 
 
 
389 aa  120  4.9999999999999996e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.88 
 
 
589 aa  119  7e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  45.2 
 
 
347 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.5 
 
 
641 aa  118  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01097  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.7 
 
 
930 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0856876  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.22 
 
 
737 aa  118  1.9999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.94 
 
 
395 aa  118  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  35.71 
 
 
499 aa  117  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.99 
 
 
520 aa  117  3e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  36.07 
 
 
605 aa  117  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.62 
 
 
447 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.91 
 
 
589 aa  117  3.9999999999999997e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2269  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.89 
 
 
688 aa  116  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.9 
 
 
501 aa  116  6e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.21 
 
 
914 aa  116  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2444  DNA polymerase III subunit delta'  26.44 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  28.17 
 
 
388 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6870  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.2 
 
 
649 aa  114  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.351092 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  32.94 
 
 
388 aa  114  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.5 
 
 
559 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.49 
 
 
561 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  28.51 
 
 
389 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5665  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.14 
 
 
462 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  39.31 
 
 
298 aa  113  6e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.98 
 
 
567 aa  113  6e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2759  DNA polymerase III subunit delta'  26.15 
 
 
307 aa  113  6e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.53 
 
 
644 aa  112  8.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.566282  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1468  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
627 aa  112  8.000000000000001e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  34.97 
 
 
374 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  37.1 
 
 
373 aa  112  8.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5416  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.87 
 
 
373 aa  112  9e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.141757  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1855  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.33 
 
 
587 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.225715  normal  0.416564 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.51 
 
 
588 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3922  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.64 
 
 
575 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0150926  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.96 
 
 
948 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4903  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.56 
 
 
731 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.742776  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1189  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.85 
 
 
366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3744  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  31.96 
 
 
715 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0806  AAA ATPase, central region  34.66 
 
 
537 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.343257  unclonable  0.000000100554 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>