More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3874 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3874  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 406 aa  802    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  62.68 
 
 		 431 aa  474  1e-133  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5180  DNA polymerase III subunit delta'  62.81 
 
 		 402 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0809147 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  62.56 
 
 		 402 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  62.56 
 
 		 402 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  63.14 
 
 		 407 aa  442  1e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13673  DNA polymerase III subunit delta'  62.56 
 
 		 401 aa  442  1e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0731009 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  62.5 
 
 		 404 aa  440  9.999999999999999e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0743  DNA-directed DNA polymerase  55.84 
 
 		 412 aa  375  1e-102  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  55.1 
 
 		 406 aa  372  1e-102  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0843  DNA polymerase III subunit delta'  51.26 
 
 		 389 aa  362  6e-99  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  54.16 
 
 		 386 aa  348  1e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  52.42 
 
 		 399 aa  346  5e-94  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4022  DNA polymerase III, delta prime subunit  55.06 
 
 		 427 aa  335  7.999999999999999e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4955  DNA-directed DNA polymerase  48.74 
 
 		 390 aa  325  9e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405656  normal  0.601805 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8400  DNA polymerase III subunit delta'  48.51 
 
 		 395 aa  305  1.0000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2782  DNA polymerase III subunit delta'  48.99 
 
 		 390 aa  301  1e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9220  DNA-directed DNA polymerase  44.92 
 
 		 393 aa  296  3e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  52.23 
 
 		 390 aa  295  1e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4403  DNA polymerase III, delta prime subunit  50.6 
 
 		 424 aa  295  1e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.424002  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3466  DNA polymerase III subunit delta'  46.62 
 
 		 394 aa  291  2e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.919298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  45.06 
 
 		 378 aa  277  3e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0307  DNA polymerase III subunit delta'  47.19 
 
 		 418 aa  262  6.999999999999999e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.213292 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  40.79 
 
 		 385 aa  261  2e-68  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0576  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.46 
 
 		 378 aa  253  5.000000000000001e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200303 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4307  DNA polymerase III subunit delta'  45.45 
 
 		 414 aa  252  6e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0387  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.24 
 
 		 385 aa  253  6e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.210264  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0490  DNA polymerase III subunit delta'  46.91 
 
 		 392 aa  250  3e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.795068  hitchhiker  0.00546024 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24860  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  43.69 
 
 		 394 aa  244  1.9999999999999999e-63  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.57 
 
 		 381 aa  240  4e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0716  DNA polymerase III subunit delta'  39.6 
 
 		 380 aa  239  8e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0842  DNA polymerase III subunit delta'  38.59 
 
 		 387 aa  237  3e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0562145 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  38.9 
 
 		 394 aa  231  1e-59  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1970  DNA polymerase III, delta prime subunit  49.71 
 
 		 442 aa  230  4e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0662  AAA ATPase  42.22 
 
 		 385 aa  227  3e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.300478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  42.42 
 
 		 396 aa  221  9.999999999999999e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1274  DNA polymerase III subunit delta'  32.67 
 
 		 383 aa  167  4e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1271  DNA polymerase III, delta' subunit family protein  29.78 
 
 		 392 aa  130  4.0000000000000003e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.130889 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.54 
 
 		 383 aa  127  2.0000000000000002e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.77 
 
 		 358 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  35 
 
 		 331 aa  126  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.21 
 
 		 320 aa  125  9e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  28.61 
 
 		 382 aa  124  2e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.96 
 
 		 329 aa  124  4e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.09 
 
 		 391 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.59 
 
 		 338 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.71 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.33 
 
 		 330 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.61 
 
 		 327 aa  116  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  29.59 
 
 		 389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 		 320 aa  114  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.77 
 
 		 326 aa  114  4.0000000000000004e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  33.66 
 
 		 321 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.07 
 
 		 335 aa  113  5e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.43 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  26.12 
 
 		 326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  29.41 
 
 		 320 aa  110  6e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1855  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.21 
 
 		 587 aa  109  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.225715  normal  0.416564 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1858  DNA-directed DNA polymerase  35.92 
 
 		 580 aa  108  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.34 
 
 		 460 aa  108  1e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  30.42 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.92 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.24 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0830  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.55 
 
 		 580 aa  107  3e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.51 
 
 		 345 aa  107  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.38 
 
 		 343 aa  107  3e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0515  DNA polymerase subunits gamma and tau  36.71 
 
 		 581 aa  107  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0470  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.69 
 
 		 510 aa  107  5e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.16 
 
 		 914 aa  106  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3199  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.68 
 
 		 613 aa  106  7e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000104981  normal  0.61313 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1975  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.89 
 
 		 632 aa  106  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.868951 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.46 
 
 		 543 aa  106  8e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.42 
 
 		 560 aa  106  8e-22  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  34.88 
 
 		 304 aa  106  8e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.12 
 
 		 589 aa  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.36 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.87 
 
 		 447 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.03 
 
 		 517 aa  105  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.33 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1255  DNA polymerase III subunit gamma/tau  31.73 
 
 		 526 aa  105  1e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.91 
 
 		 681 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.61 
 
 		 737 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.36 
 
 		 601 aa  105  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0644  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.82 
 
 		 558 aa  104  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.453293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01097  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.7 
 
 		 930 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0856876  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0700  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.82 
 
 		 553 aa  104  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  31.67 
 
 		 548 aa  104  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.91 
 
 		 698 aa  104  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.26 
 
 		 501 aa  104  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25950  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  34.15 
 
 		 796 aa  103  4e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0571  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.08 
 
 		 509 aa  103  6e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.337724  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1328  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, programmed frameshift  36.89 
 
 		 547 aa  103  7e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.895216  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2586  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.15 
 
 		 612 aa  103  8e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0700925  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.77 
 
 		 324 aa  103  8e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.08 
 
 		 567 aa  102  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.09 
 
 		 363 aa  103  8e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0062  DNA polymerase III, tau subunit  35.64 
 
 		 614 aa  102  9e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.55 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2802  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  34.95 
 
 		 556 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2671  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  34.95 
 
 		 556 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>