More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_4022 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_4022  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 427 aa  822    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4403  DNA polymerase III, delta prime subunit  90.63 
 
 		 424 aa  611  9.999999999999999e-175  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.424002  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0843  DNA polymerase III subunit delta'  66.3 
 
 		 389 aa  451  1e-125  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  63.64 
 
 		 406 aa  413  1e-114  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0743  DNA-directed DNA polymerase  56.13 
 
 		 412 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  62.19 
 
 		 399 aa  395  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  62.18 
 
 		 386 aa  371  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4955  DNA-directed DNA polymerase  51.89 
 
 		 390 aa  364  1e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405656  normal  0.601805 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  57.1 
 
 		 404 aa  362  8e-99  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13673  DNA polymerase III subunit delta'  61.17 
 
 		 401 aa  361  1e-98  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0731009 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  56.9 
 
 		 402 aa  360  2e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  56.9 
 
 		 402 aa  360  2e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5180  DNA polymerase III subunit delta'  57.18 
 
 		 402 aa  360  3e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0809147 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  51.72 
 
 		 431 aa  357  1.9999999999999998e-97  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  53.77 
 
 		 407 aa  350  2e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2782  DNA polymerase III subunit delta'  51.65 
 
 		 390 aa  350  4e-95  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3466  DNA polymerase III subunit delta'  54.21 
 
 		 394 aa  346  4e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.919298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8400  DNA polymerase III subunit delta'  57.41 
 
 		 395 aa  344  1e-93  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  59.17 
 
 		 390 aa  343  2e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9220  DNA-directed DNA polymerase  52.83 
 
 		 393 aa  343  2.9999999999999997e-93  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3874  DNA polymerase III, delta prime subunit  55.9 
 
 		 406 aa  337  2.9999999999999997e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0576  DNA polymerase III, delta prime subunit  49.88 
 
 		 378 aa  323  3e-87  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200303 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  47.74 
 
 		 378 aa  322  7e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  55.15 
 
 		 381 aa  321  9.999999999999999e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0307  DNA polymerase III subunit delta'  54.67 
 
 		 418 aa  315  7e-85  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.213292 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0490  DNA polymerase III subunit delta'  53.35 
 
 		 392 aa  303  4.0000000000000003e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.795068  hitchhiker  0.00546024 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  47.75 
 
 		 385 aa  293  3e-78  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4307  DNA polymerase III subunit delta'  53.08 
 
 		 414 aa  290  3e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0387  DNA polymerase III, delta prime subunit  49.03 
 
 		 385 aa  288  2e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.210264  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0842  DNA polymerase III subunit delta'  49.86 
 
 		 387 aa  286  4e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0562145 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0716  DNA polymerase III subunit delta'  48.21 
 
 		 380 aa  276  3e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1970  DNA polymerase III, delta prime subunit  59.74 
 
 		 442 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0662  AAA ATPase  49.86 
 
 		 385 aa  262  1e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.300478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24860  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  50.56 
 
 		 394 aa  257  3e-67  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  45.71 
 
 		 394 aa  253  7e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  43.51 
 
 		 396 aa  244  3e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1274  DNA polymerase III subunit delta'  33.6 
 
 		 383 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  26.97 
 
 		 321 aa  141  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1271  DNA polymerase III, delta' subunit family protein  29.57 
 
 		 392 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.130889 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.32 
 
 		 358 aa  127  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  30.81 
 
 		 389 aa  122  9.999999999999999e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.82 
 
 		 329 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.2 
 
 		 322 aa  119  9e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.56 
 
 		 383 aa  118  1.9999999999999998e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.02 
 
 		 335 aa  117  5e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1334  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.13 
 
 		 421 aa  116  6e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.03 
 
 		 427 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.42 
 
 		 326 aa  116  8.999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.76 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.63 
 
 		 331 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.87 
 
 		 327 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.79 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.11 
 
 		 345 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.07 
 
 		 320 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.52 
 
 		 320 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.8 
 
 		 324 aa  109  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.9 
 
 		 338 aa  108  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.42 
 
 		 517 aa  108  2e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  32.42 
 
 		 548 aa  108  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  28.93 
 
 		 382 aa  107  3e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.48 
 
 		 501 aa  108  3e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0644  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.62 
 
 		 558 aa  107  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.453293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0700  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.38 
 
 		 553 aa  107  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.03 
 
 		 318 aa  107  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1750  DNA polymerase III, tau subunit  30.4 
 
 		 579 aa  107  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  decreased coverage  0.00401811  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18671  DNA polymerase, gamma and tau subunits  29.96 
 
 		 584 aa  106  9e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.181287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.35 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.47 
 
 		 589 aa  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25950  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  32.23 
 
 		 796 aa  105  1e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18481  DNA polymerase, gamma and tau subunits  29.96 
 
 		 586 aa  106  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  34.42 
 
 		 499 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2586  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.51 
 
 		 612 aa  105  2e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0700925  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.68 
 
 		 332 aa  105  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.57 
 
 		 588 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0062  DNA polymerase III, tau subunit  31.87 
 
 		 614 aa  105  2e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  33.17 
 
 		 337 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.06 
 
 		 543 aa  104  3e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.02 
 
 		 391 aa  104  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2244  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.17 
 
 		 825 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.748475  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  36.77 
 
 		 529 aa  103  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  31.14 
 
 		 625 aa  103  5e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.06 
 
 		 447 aa  103  5e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.06 
 
 		 601 aa  103  5e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0094  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  34.46 
 
 		 579 aa  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.03 
 
 		 698 aa  103  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  34.53 
 
 		 562 aa  103  7e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  42.14 
 
 		 298 aa  103  8e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0830  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.07 
 
 		 580 aa  102  9e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0045  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.17 
 
 		 825 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.787094  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.71 
 
 		 562 aa  102  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1361  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.17 
 
 		 825 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.926406  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2373  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.17 
 
 		 822 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  27.93 
 
 		 373 aa  102  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000014932 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2219  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.17 
 
 		 812 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.373497  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.04 
 
 		 570 aa  102  1e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2206  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.17 
 
 		 826 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.236828  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1446  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.17 
 
 		 821 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223161  normal  0.14614 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1851  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.17 
 
 		 825 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0281713  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.17 
 
 		 825 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.496963  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.32 
 
 		 681 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>