More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_32580 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  100 
 
 
378 aa  740    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0576  DNA polymerase III, delta prime subunit  74.87 
 
 
378 aa  551  1e-156  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200303 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  76.44 
 
 
381 aa  532  1e-150  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  66.4 
 
 
385 aa  481  1e-135  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0662  AAA ATPase  66.49 
 
 
385 aa  458  9.999999999999999e-129  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.300478  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0842  DNA polymerase III subunit delta'  61.84 
 
 
387 aa  433  1e-120  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0562145 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0716  DNA polymerase III subunit delta'  62.11 
 
 
380 aa  431  1e-119  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0490  DNA polymerase III subunit delta'  63.09 
 
 
392 aa  420  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.795068  hitchhiker  0.00546024 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  54.5 
 
 
394 aa  367  1e-100  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9220  DNA-directed DNA polymerase  51.02 
 
 
393 aa  333  3e-90  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  54.2 
 
 
396 aa  330  2e-89  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24860  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  52.67 
 
 
394 aa  325  7e-88  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8400  DNA polymerase III subunit delta'  49.48 
 
 
395 aa  322  5e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4955  DNA-directed DNA polymerase  48.58 
 
 
390 aa  322  6e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405656  normal  0.601805 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  52.6 
 
 
386 aa  322  8e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  53.09 
 
 
390 aa  321  9.999999999999999e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0843  DNA polymerase III subunit delta'  51.05 
 
 
389 aa  318  7e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0387  DNA polymerase III, delta prime subunit  51.32 
 
 
385 aa  318  7.999999999999999e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.210264  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2782  DNA polymerase III subunit delta'  48.58 
 
 
390 aa  308  8e-83  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3466  DNA polymerase III subunit delta'  48.06 
 
 
394 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.919298  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  46.29 
 
 
406 aa  308  1.0000000000000001e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  47.72 
 
 
399 aa  301  1e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0743  DNA-directed DNA polymerase  47.44 
 
 
412 aa  298  8e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1274  DNA polymerase III subunit delta'  45.22 
 
 
383 aa  296  3e-79  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4022  DNA polymerase III, delta prime subunit  52.38 
 
 
427 aa  294  2e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  44.39 
 
 
404 aa  283  4.0000000000000003e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5180  DNA polymerase III subunit delta'  47.32 
 
 
402 aa  281  9e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0809147 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  44.62 
 
 
402 aa  281  1e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  44.62 
 
 
402 aa  281  1e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4403  DNA polymerase III, delta prime subunit  49.35 
 
 
424 aa  280  3e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.424002  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  46.13 
 
 
431 aa  278  9e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  46.63 
 
 
407 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13673  DNA polymerase III subunit delta'  47.18 
 
 
401 aa  271  2e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0731009 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3874  DNA polymerase III, delta prime subunit  45.73 
 
 
406 aa  259  4e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4307  DNA polymerase III subunit delta'  44.31 
 
 
414 aa  251  1e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0307  DNA polymerase III subunit delta'  46.72 
 
 
418 aa  248  1e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.213292 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1970  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.96 
 
 
442 aa  242  7e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1271  DNA polymerase III, delta' subunit family protein  38.66 
 
 
392 aa  222  8e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.130889 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.15 
 
 
335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  27.68 
 
 
382 aa  126  6e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  30.06 
 
 
389 aa  125  2e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.62 
 
 
330 aa  122  8e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.18 
 
 
340 aa  120  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.18 
 
 
391 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.19 
 
 
914 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.98 
 
 
329 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.56 
 
 
383 aa  117  3e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.31 
 
 
358 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.59 
 
 
543 aa  116  7.999999999999999e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.9 
 
 
395 aa  115  8.999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  25.87 
 
 
321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.37 
 
 
588 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.59 
 
 
589 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.59 
 
 
601 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1591  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.59 
 
 
572 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.382177  normal  0.054959 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01097  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.93 
 
 
930 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0856876  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.47 
 
 
331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1919  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.59 
 
 
572 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1073  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.35 
 
 
553 aa  113  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  36.02 
 
 
298 aa  112  9e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.59 
 
 
681 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.26 
 
 
322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  23.76 
 
 
562 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0094  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  33.7 
 
 
579 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.5 
 
 
591 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.775776  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  35.54 
 
 
625 aa  111  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.83 
 
 
363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18481  DNA polymerase, gamma and tau subunits  33.94 
 
 
595 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.203757  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  32.5 
 
 
320 aa  111  3e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1750  DNA polymerase III, tau subunit  32.73 
 
 
579 aa  110  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  decreased coverage  0.00401811  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1255  DNA polymerase III subunit gamma/tau  31.58 
 
 
526 aa  110  4.0000000000000004e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.33 
 
 
363 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00641  DNA polymerase, gamma and tau subunits  35.39 
 
 
604 aa  110  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0062  DNA polymerase III, tau subunit  35.54 
 
 
614 aa  109  6e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.82 
 
 
724 aa  109  7.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.71 
 
 
582 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  36 
 
 
320 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1855  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.43 
 
 
587 aa  109  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.225715  normal  0.416564 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.98 
 
 
698 aa  109  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  22.11 
 
 
562 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.26 
 
 
427 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.34 
 
 
1113 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1328  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, programmed frameshift  36.59 
 
 
547 aa  107  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.895216  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  23.76 
 
 
562 aa  108  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.65 
 
 
565 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0126  DNA polymerase III, subunit gamma and tau  30.48 
 
 
801 aa  108  2e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  33.66 
 
 
529 aa  107  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.65 
 
 
565 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1572  DNA polymerase III, tau subunit  33.52 
 
 
572 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.13387  hitchhiker  0.00000463974 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1458  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.07 
 
 
723 aa  108  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.34 
 
 
948 aa  108  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  22.11 
 
 
562 aa  108  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002885  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.65 
 
 
701 aa  107  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00493528  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  22.63 
 
 
562 aa  107  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.46 
 
 
520 aa  107  3e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0529  DNA-directed DNA polymerase  33.74 
 
 
696 aa  107  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000324921  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0912  DNA polymerase III, tau subunit  27.34 
 
 
652 aa  107  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.850857 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.34 
 
 
1115 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000438447  hitchhiker  0.00599619 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1310  DNA-directed DNA polymerase  35.37 
 
 
909 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.216995  normal  0.0673614 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2574  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.34 
 
 
1147 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000534901  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>