More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0126 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0126  DNA polymerase III, subunit gamma and tau  100 
 
 
801 aa  1654    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1289  DNA polymerase III subunits gamma and tau  77.4 
 
 
960 aa  605  1.0000000000000001e-171  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28470  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  62.09 
 
 
1122 aa  489  1e-137  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3125  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  62.24 
 
 
878 aa  490  1e-137  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0603821  decreased coverage  0.0000225707 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0548  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  61.54 
 
 
841 aa  479  1e-134  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0694  DNA polymerase III subunits gamma and tau  59.16 
 
 
1202 aa  479  1e-134  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0555  DNA polymerase III subunits gamma and tau  58.9 
 
 
1078 aa  479  1e-134  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.533437  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02650  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  62.25 
 
 
1159 aa  477  1e-133  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25950  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  60.44 
 
 
796 aa  476  1e-133  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0414  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  60.17 
 
 
872 aa  457  1e-127  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.69984 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3534  DNA polymerase III subunits gamma and tau  59.34 
 
 
729 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.698933 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9029  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.62 
 
 
863 aa  456  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  59.33 
 
 
926 aa  451  1e-125  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04710  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  60.17 
 
 
872 aa  449  1e-125  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.641113 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4926  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.55 
 
 
715 aa  449  1.0000000000000001e-124  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4819  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  55.44 
 
 
732 aa  449  1.0000000000000001e-124  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14657  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0466  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  59.27 
 
 
712 aa  442  1e-123  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.957153  normal  0.287442 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6146  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.84 
 
 
690 aa  441  9.999999999999999e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0427  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  55.64 
 
 
774 aa  441  9.999999999999999e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0649  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  55.84 
 
 
743 aa  441  9.999999999999999e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2016  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.03 
 
 
637 aa  442  9.999999999999999e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.780836  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0317  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  56.74 
 
 
678 aa  439  9.999999999999999e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9315  DNA-directed DNA polymerase  55.47 
 
 
727 aa  441  9.999999999999999e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4016  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  55.09 
 
 
737 aa  437  1e-121  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0252  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  58.79 
 
 
834 aa  437  1e-121  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0123718 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0213  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  56.48 
 
 
808 aa  439  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0051  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.38 
 
 
692 aa  434  1e-120  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0475  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.26 
 
 
765 aa  426  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00148919  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13753  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.21 
 
 
578 aa  421  1e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6564  DNA polymerase III subunits gamma and tau  52.71 
 
 
855 aa  422  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0270  DNA polymerase III subunits gamma and tau  52.2 
 
 
812 aa  418  9.999999999999999e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36570  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  50.91 
 
 
690 aa  413  1e-114  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.429514  normal  0.480255 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1281  DNA polymerase III subunits gamma and tau  53.73 
 
 
652 aa  410  1e-113  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0201  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.4 
 
 
713 aa  409  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5534  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.43 
 
 
643 aa  407  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.57 
 
 
616 aa  405  1e-111  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.332565  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4998  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.57 
 
 
616 aa  405  1e-111  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5277  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.57 
 
 
618 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.028048  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  39.57 
 
 
582 aa  295  3e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0094  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  44.04 
 
 
579 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.69 
 
 
582 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  47.14 
 
 
518 aa  283  7.000000000000001e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0365  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.23 
 
 
551 aa  283  7.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00200762  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.89 
 
 
589 aa  281  3e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.67 
 
 
599 aa  277  5e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.99 
 
 
579 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40 
 
 
561 aa  273  7e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.93 
 
 
588 aa  272  1e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.8 
 
 
567 aa  273  1e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.33 
 
 
611 aa  272  2e-71  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0950425  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.56 
 
 
559 aa  272  2e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0301  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.96 
 
 
569 aa  270  8.999999999999999e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0288678  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0542  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  46.03 
 
 
570 aa  269  1e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000531282  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.97 
 
 
644 aa  267  5e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.566282  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1975  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.23 
 
 
632 aa  267  7e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.868951 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0912  DNA polymerase III, tau subunit  36.56 
 
 
652 aa  266  1e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.850857 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0212  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.15 
 
 
582 aa  265  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.783119  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0092  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.03 
 
 
527 aa  265  3e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000833689 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0828  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.35 
 
 
554 aa  263  6e-69  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00641  DNA polymerase, gamma and tau subunits  38.55 
 
 
604 aa  264  6e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0195  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.15 
 
 
579 aa  263  8.999999999999999e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.92139e-31 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0052  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.41 
 
 
547 aa  262  2e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0055  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.41 
 
 
547 aa  262  2e-68  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0050  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.61 
 
 
554 aa  261  4e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000022733  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0194  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.11 
 
 
614 aa  260  7e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1255  DNA polymerase III subunit gamma/tau  43.05 
 
 
526 aa  260  7e-68  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.88 
 
 
755 aa  260  7e-68  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1448  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.82 
 
 
554 aa  260  8e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0128933  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.66 
 
 
562 aa  259  1e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  38.75 
 
 
625 aa  259  1e-67  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1386  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.36 
 
 
550 aa  259  1e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  35.83 
 
 
568 aa  259  2e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.39 
 
 
565 aa  259  2e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.39 
 
 
565 aa  259  2e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2269  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.42 
 
 
688 aa  258  2e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.71 
 
 
427 aa  257  5e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0368  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  38.81 
 
 
602 aa  257  5e-67  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.000122178 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.77 
 
 
562 aa  257  6e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.41 
 
 
562 aa  256  8e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.41 
 
 
562 aa  256  8e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3922  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.83 
 
 
575 aa  256  8e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0150926  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2586  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39 
 
 
612 aa  256  1.0000000000000001e-66  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0700925  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0275  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.3 
 
 
553 aa  256  1.0000000000000001e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.01799  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.41 
 
 
562 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.8 
 
 
737 aa  256  1.0000000000000001e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.94 
 
 
562 aa  255  2.0000000000000002e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2789  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.49 
 
 
602 aa  256  2.0000000000000002e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.226663  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3762  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.56 
 
 
606 aa  255  3e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.440006  normal  0.772906 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.5 
 
 
562 aa  254  3e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0062  DNA polymerase III, tau subunit  41.95 
 
 
614 aa  254  4.0000000000000004e-66  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.5 
 
 
562 aa  254  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1138  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.11 
 
 
550 aa  254  4.0000000000000004e-66  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0632409  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.39 
 
 
562 aa  254  7e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.16 
 
 
562 aa  253  8.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.16 
 
 
562 aa  253  9.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3778  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.07 
 
 
601 aa  253  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.131326  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1423  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.1 
 
 
529 aa  253  1e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0189  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.85 
 
 
622 aa  253  1e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0603  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.48 
 
 
735 aa  252  2e-65  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.705665 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1256  DNA polymerase III, tau subunit  33.33 
 
 
565 aa  252  2e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303373  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>