More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_1274 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_1274  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 
383 aa  773    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1271  DNA polymerase III, delta' subunit family protein  58.35 
 
 
392 aa  442  1e-123  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.130889 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  45.22 
 
 
378 aa  282  7.000000000000001e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0576  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.15 
 
 
378 aa  272  6e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200303 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  42.18 
 
 
394 aa  272  6e-72  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.85 
 
 
381 aa  272  8.000000000000001e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  43.12 
 
 
385 aa  267  2e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0662  AAA ATPase  42.86 
 
 
385 aa  253  5.000000000000001e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.300478  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0716  DNA polymerase III subunit delta'  41.45 
 
 
380 aa  241  2e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0842  DNA polymerase III subunit delta'  41.45 
 
 
387 aa  239  6.999999999999999e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0562145 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24860  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  39.74 
 
 
394 aa  222  8e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0490  DNA polymerase III subunit delta'  40.83 
 
 
392 aa  221  9.999999999999999e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.795068  hitchhiker  0.00546024 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  39.62 
 
 
396 aa  218  1e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9220  DNA-directed DNA polymerase  36.73 
 
 
393 aa  217  2.9999999999999998e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0387  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.85 
 
 
385 aa  209  4e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.210264  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.06 
 
 
386 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3466  DNA polymerase III subunit delta'  35.38 
 
 
394 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.919298  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0843  DNA polymerase III subunit delta'  36.95 
 
 
389 aa  195  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8400  DNA polymerase III subunit delta'  36.57 
 
 
395 aa  193  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.02 
 
 
406 aa  193  4e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2782  DNA polymerase III subunit delta'  34.44 
 
 
390 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0743  DNA-directed DNA polymerase  34.53 
 
 
412 aa  182  9.000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4955  DNA-directed DNA polymerase  32.41 
 
 
390 aa  179  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405656  normal  0.601805 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.71 
 
 
390 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  32.42 
 
 
399 aa  169  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13673  DNA polymerase III subunit delta'  35.67 
 
 
401 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0731009 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
404 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  35.33 
 
 
407 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5180  DNA polymerase III subunit delta'  32.88 
 
 
402 aa  162  8.000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0809147 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  32.6 
 
 
402 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  32.6 
 
 
402 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.62 
 
 
431 aa  157  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4307  DNA polymerase III subunit delta'  31.25 
 
 
414 aa  154  4e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4022  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.36 
 
 
427 aa  152  7e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1970  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.28 
 
 
442 aa  152  1e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3874  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.61 
 
 
406 aa  148  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0307  DNA polymerase III subunit delta'  32.61 
 
 
418 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.213292 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4403  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.73 
 
 
424 aa  134  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.424002  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.6 
 
 
330 aa  116  8.999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.89 
 
 
329 aa  105  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.88 
 
 
335 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  30.58 
 
 
382 aa  100  5e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  23.2 
 
 
339 aa  94.4  3e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.68 
 
 
332 aa  94.4  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.29 
 
 
324 aa  93.6  6e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.95 
 
 
755 aa  92  1e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.26 
 
 
320 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.16 
 
 
343 aa  92.4  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.32 
 
 
383 aa  92.4  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.28 
 
 
334 aa  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02330  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  33.73 
 
 
807 aa  90.9  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.15041  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1961  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.95 
 
 
359 aa  90.5  5e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.617101  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.11 
 
 
345 aa  89.7  7e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.65 
 
 
331 aa  89.7  8e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.01 
 
 
358 aa  89  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf158  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.09 
 
 
647 aa  89.4  1e-16  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1460  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.44 
 
 
320 aa  89  1e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  25.85 
 
 
320 aa  88.6  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  34.97 
 
 
900 aa  87.8  3e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  25.6 
 
 
373 aa  87  5e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000014932 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1557  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.43 
 
 
543 aa  84.7  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.311213  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.14 
 
 
339 aa  84.3  0.000000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  26.84 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5416  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.71 
 
 
373 aa  84  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.141757  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  27.98 
 
 
365 aa  83.6  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.34 
 
 
395 aa  83.6  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  29.22 
 
 
559 aa  83.2  0.000000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.42 
 
 
589 aa  83.2  0.000000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  30.62 
 
 
322 aa  82.8  0.000000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.7 
 
 
570 aa  82.4  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.15 
 
 
517 aa  81.6  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0368  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  31.33 
 
 
602 aa  81.6  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.000122178 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.51 
 
 
335 aa  81.6  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  27.97 
 
 
330 aa  82  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3432  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.92 
 
 
625 aa  80.9  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.76 
 
 
562 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.3 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.27 
 
 
520 aa  80.5  0.00000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  26.87 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  27.27 
 
 
323 aa  80.9  0.00000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.21 
 
 
567 aa  80.5  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.76 
 
 
562 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  28.71 
 
 
562 aa  80.9  0.00000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.76 
 
 
562 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.76 
 
 
562 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0442  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.06 
 
 
546 aa  80.1  0.00000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.717493  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.68 
 
 
562 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.68 
 
 
562 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.68 
 
 
562 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.72 
 
 
681 aa  79.7  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.68 
 
 
562 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1423  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.43 
 
 
529 aa  80.1  0.00000000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  32.83 
 
 
319 aa  79.7  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.18 
 
 
562 aa  79.7  0.00000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  27.25 
 
 
389 aa  79.3  0.0000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  26.92 
 
 
568 aa  79.3  0.0000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17841  DNA polymerase, gamma and tau subunits  29.26 
 
 
578 aa  79.3  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  30.2 
 
 
298 aa  79  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.2 
 
 
343 aa  79  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.68 
 
 
562 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>