More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_02714 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 319 aa  629  1e-179  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  75.47 
 
 		 318 aa  469  1.0000000000000001e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  73.29 
 
 		 330 aa  460  9.999999999999999e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  72.64 
 
 		 323 aa  458  9.999999999999999e-129  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  36.65 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.84 
 
 		 335 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.95 
 
 		 351 aa  130  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.71 
 
 		 331 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  38.98 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  38.98 
 
 		 319 aa  129  8.000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  29.63 
 
 		 325 aa  126  6e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  38.96 
 
 		 328 aa  119  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.27 
 
 		 331 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  32.28 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  38.25 
 
 		 330 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  42.22 
 
 		 360 aa  116  6e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  42.22 
 
 		 360 aa  116  6e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  35.4 
 
 		 304 aa  116  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  32.56 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  40.29 
 
 		 341 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  40.91 
 
 		 323 aa  113  5e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  31.3 
 
 		 295 aa  112  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.72 
 
 		 360 aa  112  8.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  35.46 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  33.58 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.89 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  34.18 
 
 		 346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  39.32 
 
 		 341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  41.92 
 
 		 358 aa  110  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.24 
 
 		 334 aa  109  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.95 
 
 		 334 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  36 
 
 		 354 aa  109  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.51 
 
 		 323 aa  109  8.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  36.68 
 
 		 328 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  36.68 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  39.47 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  38.84 
 
 		 370 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  34.8 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.99 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.2 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  38.84 
 
 		 370 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.79 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.41 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  36.78 
 
 		 334 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  40.44 
 
 		 328 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  39.66 
 
 		 373 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  35.18 
 
 		 328 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.54 
 
 		 358 aa  106  6e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  36.95 
 
 		 328 aa  106  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  31.6 
 
 		 324 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  36.97 
 
 		 347 aa  105  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  37.5 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.52 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  41.03 
 
 		 374 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  37.5 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.92 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  37.5 
 
 		 334 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.35 
 
 		 326 aa  103  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.42 
 
 		 325 aa  103  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.17 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  37.12 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  32.6 
 
 		 337 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  35.5 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  37.7 
 
 		 330 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  31.88 
 
 		 347 aa  99.8  5e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.38 
 
 		 336 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  31.02 
 
 		 374 aa  98.6  1e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.85 
 
 		 327 aa  99  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  34.3 
 
 		 337 aa  98.2  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  32.69 
 
 		 900 aa  98.2  1e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.71 
 
 		 327 aa  98.6  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.56 
 
 		 363 aa  98.6  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.68 
 
 		 363 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.54 
 
 		 336 aa  98.2  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  33.05 
 
 		 321 aa  97.4  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  39.02 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.91 
 
 		 304 aa  97.4  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  34.34 
 
 		 361 aa  97.1  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.48 
 
 		 338 aa  97.1  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  28.76 
 
 		 324 aa  97.1  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.48 
 
 		 335 aa  96.3  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  31.9 
 
 		 334 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  31.9 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  31.9 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  31.9 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  31.9 
 
 		 334 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.75 
 
 		 368 aa  95.5  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.81 
 
 		 641 aa  95.1  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  36.14 
 
 		 387 aa  95.5  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  31.9 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  31.9 
 
 		 334 aa  95.5  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  31.9 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.6 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  34.3 
 
 		 389 aa  94.7  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  27.8 
 
 		 336 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.17 
 
 		 755 aa  94.4  2e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  38.01 
 
 		 373 aa  94  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  31.58 
 
 		 337 aa  93.6  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  36.02 
 
 		 342 aa  93.2  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>