More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0578 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 431 aa  854    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  63.93 
 
 		 407 aa  475  1e-133  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  63.93 
 
 		 404 aa  472  1e-132  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  61.12 
 
 		 402 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5180  DNA polymerase III subunit delta'  61.36 
 
 		 402 aa  462  1e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0809147 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  61.12 
 
 		 402 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3874  DNA polymerase III, delta prime subunit  67.3 
 
 		 406 aa  458  9.999999999999999e-129  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13673  DNA polymerase III subunit delta'  61.59 
 
 		 401 aa  451  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0731009 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.06 
 
 		 406 aa  384  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0843  DNA polymerase III subunit delta'  54.17 
 
 		 389 aa  374  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0743  DNA-directed DNA polymerase  51.4 
 
 		 412 aa  370  1e-101  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  55.96 
 
 		 399 aa  348  9e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  53.37 
 
 		 386 aa  347  3e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4022  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.32 
 
 		 427 aa  347  3e-94  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4955  DNA-directed DNA polymerase  47.85 
 
 		 390 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405656  normal  0.601805 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4403  DNA polymerase III, delta prime subunit  55.22 
 
 		 424 aa  301  1e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.424002  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8400  DNA polymerase III subunit delta'  49.21 
 
 		 395 aa  300  3e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3466  DNA polymerase III subunit delta'  48.2 
 
 		 394 aa  300  3e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.919298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  53.06 
 
 		 390 aa  295  1e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9220  DNA-directed DNA polymerase  45.24 
 
 		 393 aa  291  1e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2782  DNA polymerase III subunit delta'  44.68 
 
 		 390 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  46.65 
 
 		 378 aa  282  7.000000000000001e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0576  DNA polymerase III, delta prime subunit  47.24 
 
 		 378 aa  281  2e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00200303 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  45.63 
 
 		 385 aa  276  6e-73  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0307  DNA polymerase III subunit delta'  48.83 
 
 		 418 aa  273  4.0000000000000004e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.213292 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4307  DNA polymerase III subunit delta'  47.4 
 
 		 414 aa  259  5.0000000000000005e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  45.73 
 
 		 381 aa  259  5.0000000000000005e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0716  DNA polymerase III subunit delta'  43.63 
 
 		 380 aa  254  2.0000000000000002e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0842  DNA polymerase III subunit delta'  41.94 
 
 		 387 aa  253  3e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0562145 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0387  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.6 
 
 		 385 aa  250  3e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.210264  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0490  DNA polymerase III subunit delta'  42.72 
 
 		 392 aa  248  1e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.795068  hitchhiker  0.00546024 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1970  DNA polymerase III, delta prime subunit  50.65 
 
 		 442 aa  232  1e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  44.07 
 
 		 396 aa  230  3e-59  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0662  AAA ATPase  40.52 
 
 		 385 aa  229  9e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.300478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  40.16 
 
 		 394 aa  228  2e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24860  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  42.82 
 
 		 394 aa  228  2e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1274  DNA polymerase III subunit delta'  36.7 
 
 		 383 aa  167  2e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.5 
 
 		 358 aa  137  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1271  DNA polymerase III, delta' subunit family protein  31.27 
 
 		 392 aa  133  6e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.130889 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.69 
 
 		 335 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.82 
 
 		 345 aa  125  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.19 
 
 		 331 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.19 
 
 		 332 aa  124  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.63 
 
 		 330 aa  123  8e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.67 
 
 		 329 aa  120  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  31.9 
 
 		 321 aa  119  9e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.37 
 
 		 322 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.92 
 
 		 383 aa  116  1.0000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.28 
 
 		 391 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.44 
 
 		 326 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  29.89 
 
 		 320 aa  112  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.36 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1975  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.1 
 
 		 632 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.868951 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.61 
 
 		 520 aa  109  8.000000000000001e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.44 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.94 
 
 		 589 aa  108  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.79 
 
 		 340 aa  107  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.06 
 
 		 460 aa  107  5e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1750  DNA polymerase III, tau subunit  36.49 
 
 		 579 aa  107  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  decreased coverage  0.00401811  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 		 321 aa  107  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  29.03 
 
 		 326 aa  107  5e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.11 
 
 		 339 aa  106  6e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.22 
 
 		 327 aa  107  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  34 
 
 		 338 aa  106  8e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  29.95 
 
 		 339 aa  106  8e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  33.11 
 
 		 548 aa  106  9e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18481  DNA polymerase, gamma and tau subunits  36.49 
 
 		 586 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.16 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18671  DNA polymerase, gamma and tau subunits  36.49 
 
 		 584 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.181287  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.84 
 
 		 363 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  27.98 
 
 		 382 aa  103  5e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.36 
 
 		 320 aa  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.62 
 
 		 320 aa  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  32.93 
 
 		 955 aa  103  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.53 
 
 		 681 aa  103  8e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.5 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3744  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  32.93 
 
 		 715 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.53 
 
 		 698 aa  102  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0571  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34 
 
 		 509 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.337724  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.17 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  30.85 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.46 
 
 		 427 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0470  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.62 
 
 		 510 aa  101  2e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0102  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.07 
 
 		 635 aa  102  2e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.33 
 
 		 543 aa  101  2e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1293  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34 
 
 		 509 aa  101  3e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.19 
 
 		 344 aa  101  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1174  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34 
 
 		 509 aa  101  3e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.630806  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.36 
 
 		 914 aa  100  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.33 
 
 		 601 aa  100  4e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.93 
 
 		 939 aa  100  6e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.78 
 
 		 335 aa  100  6e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01097  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.58 
 
 		 930 aa  100  7e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0856876  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.4 
 
 		 363 aa  100  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1858  DNA-directed DNA polymerase  31.61 
 
 		 580 aa  100  7e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0189  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.46 
 
 		 622 aa  100  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  36.3 
 
 		 298 aa  99.8  8e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.1 
 
 		 588 aa  99.8  9e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.25 
 
 		 737 aa  99.8  9e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6564  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.16 
 
 		 855 aa  99.4  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>