More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2193 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
385 aa  769    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  66.4 
 
 
378 aa  491  1e-137  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0576  DNA polymerase III, delta prime subunit  60.53 
 
 
378 aa  456  1e-127  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200303 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  61.62 
 
 
381 aa  445  1.0000000000000001e-124  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0842  DNA polymerase III subunit delta'  54.12 
 
 
387 aa  393  1e-108  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0562145 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0716  DNA polymerase III subunit delta'  55.32 
 
 
380 aa  387  1e-106  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0662  AAA ATPase  55.79 
 
 
385 aa  375  1e-103  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.300478  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0490  DNA polymerase III subunit delta'  53.39 
 
 
392 aa  371  1e-101  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.795068  hitchhiker  0.00546024 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  48.25 
 
 
394 aa  332  8e-90  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8400  DNA polymerase III subunit delta'  48.05 
 
 
395 aa  328  1.0000000000000001e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24860  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  48.19 
 
 
394 aa  312  7.999999999999999e-84  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9220  DNA-directed DNA polymerase  46.29 
 
 
393 aa  309  5.9999999999999995e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4955  DNA-directed DNA polymerase  45.69 
 
 
390 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.405656  normal  0.601805 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  50.68 
 
 
396 aa  306  3e-82  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0843  DNA polymerase III subunit delta'  47.38 
 
 
389 aa  306  4.0000000000000004e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  46.74 
 
 
386 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0743  DNA-directed DNA polymerase  45.83 
 
 
412 aa  300  3e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4543  DNA polymerase III, delta prime subunit  47.94 
 
 
390 aa  297  2e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0387  DNA polymerase III, delta prime subunit  45.41 
 
 
385 aa  297  2e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.210264  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.73 
 
 
406 aa  296  4e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2782  DNA polymerase III subunit delta'  45.95 
 
 
390 aa  296  5e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1274  DNA polymerase III subunit delta'  43.12 
 
 
383 aa  288  1e-76  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  43.7 
 
 
404 aa  286  5e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3466  DNA polymerase III subunit delta'  43 
 
 
394 aa  285  8e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.919298  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  45.21 
 
 
431 aa  282  7.000000000000001e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  42.71 
 
 
399 aa  278  1e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  42.02 
 
 
402 aa  275  7e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  42.02 
 
 
402 aa  275  7e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5180  DNA polymerase III subunit delta'  42.02 
 
 
402 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0809147 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  43.42 
 
 
407 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13673  DNA polymerase III subunit delta'  44.85 
 
 
401 aa  273  3e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0731009 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4022  DNA polymerase III, delta prime subunit  48.02 
 
 
427 aa  271  1e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4403  DNA polymerase III, delta prime subunit  46.61 
 
 
424 aa  257  3e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.424002  normal  0.0363552 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3874  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.12 
 
 
406 aa  254  2.0000000000000002e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1970  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.49 
 
 
442 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0307  DNA polymerase III subunit delta'  43.07 
 
 
418 aa  236  4e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.213292 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4307  DNA polymerase III subunit delta'  39.47 
 
 
414 aa  233  3e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1271  DNA polymerase III, delta' subunit family protein  39.48 
 
 
392 aa  229  6e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.130889 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  30.93 
 
 
389 aa  150  4e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.96 
 
 
330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  28.84 
 
 
382 aa  138  1e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  26.61 
 
 
321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.6 
 
 
358 aa  130  6e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.21 
 
 
329 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.03 
 
 
340 aa  126  5e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.56 
 
 
383 aa  126  8.000000000000001e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.1 
 
 
323 aa  125  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.89 
 
 
331 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.05 
 
 
391 aa  123  4e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.2 
 
 
322 aa  123  6e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.4 
 
 
335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.77 
 
 
588 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1073  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.51 
 
 
553 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.14 
 
 
326 aa  117  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.34 
 
 
501 aa  116  6e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.66 
 
 
591 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.775776  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18481  DNA polymerase, gamma and tau subunits  33.93 
 
 
595 aa  115  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.203757  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.29 
 
 
911 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.2 
 
 
520 aa  114  3e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.08 
 
 
318 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  33.14 
 
 
955 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.71 
 
 
921 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000191992  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.29 
 
 
948 aa  113  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  25.39 
 
 
339 aa  113  6e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.86 
 
 
939 aa  112  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.92 
 
 
1113 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1750  DNA polymerase III, tau subunit  31.55 
 
 
579 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  decreased coverage  0.00401811  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1507  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.5 
 
 
678 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2350  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.5 
 
 
679 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.156854  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1855  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.71 
 
 
587 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.225715  normal  0.416564 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2586  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.14 
 
 
612 aa  111  2.0000000000000002e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0700925  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2013  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  34.34 
 
 
1002 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.95 
 
 
751 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325473  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4903  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.09 
 
 
731 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.742776  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.77 
 
 
363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01097  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.32 
 
 
930 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0856876  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.76 
 
 
1071 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000102262  normal  0.239994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.76 
 
 
1045 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2446  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.76 
 
 
1040 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00022165  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.37 
 
 
543 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1334  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
421 aa  111  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.19 
 
 
324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.37 
 
 
601 aa  110  3e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.95 
 
 
320 aa  111  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.08 
 
 
755 aa  111  3e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0062  DNA polymerase III, tau subunit  35.09 
 
 
614 aa  110  4.0000000000000004e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.54 
 
 
914 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2302  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.15 
 
 
957 aa  110  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000141755  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1572  DNA polymerase III, tau subunit  34.55 
 
 
572 aa  110  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.13387  hitchhiker  0.00000463974 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.61 
 
 
732 aa  110  6e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0832  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.36 
 
 
695 aa  110  6e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00641  DNA polymerase, gamma and tau subunits  31.86 
 
 
604 aa  110  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3744  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  31.84 
 
 
715 aa  109  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2615  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.54 
 
 
1137 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000443473  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2574  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.54 
 
 
1147 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000534901  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.54 
 
 
1115 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000438447  hitchhiker  0.00599619 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2690  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.54 
 
 
1137 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00745534  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.39 
 
 
589 aa  109  9.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 
363 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.14 
 
 
447 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>