More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3154 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
320 aa  639    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  61.01 
 
 
320 aa  368  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  60.38 
 
 
320 aa  365  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  60.06 
 
 
318 aa  361  8e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  59.87 
 
 
323 aa  360  2e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  47.2 
 
 
327 aa  288  9e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  45.77 
 
 
321 aa  281  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.1 
 
 
331 aa  243  3e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.76 
 
 
326 aa  223  4e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.01 
 
 
358 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.54 
 
 
335 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.38 
 
 
363 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.1 
 
 
363 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.43 
 
 
330 aa  182  6e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.55 
 
 
332 aa  181  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.61 
 
 
344 aa  181  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.82 
 
 
329 aa  181  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  36.33 
 
 
326 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.45 
 
 
324 aa  177  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.96 
 
 
338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  34.07 
 
 
327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  34.07 
 
 
327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  34.07 
 
 
327 aa  172  5e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  34.07 
 
 
327 aa  172  5e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  33.75 
 
 
327 aa  171  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  33.44 
 
 
327 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  33.12 
 
 
327 aa  171  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  33.75 
 
 
327 aa  171  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  33.75 
 
 
327 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  33.75 
 
 
327 aa  170  3e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  34.06 
 
 
337 aa  168  9e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.54 
 
 
370 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  34.07 
 
 
327 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.93 
 
 
335 aa  166  6.9999999999999995e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.24 
 
 
339 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.74 
 
 
343 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.91 
 
 
354 aa  162  9e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.59 
 
 
320 aa  159  6e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.74 
 
 
343 aa  158  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.23 
 
 
351 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  34.04 
 
 
339 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.66 
 
 
340 aa  156  5.0000000000000005e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.12 
 
 
322 aa  155  6e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  31.32 
 
 
389 aa  155  6e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.7 
 
 
391 aa  155  7e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.91 
 
 
383 aa  152  5.9999999999999996e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  32.52 
 
 
320 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  32.03 
 
 
326 aa  152  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  28.83 
 
 
389 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  32.37 
 
 
365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0506  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.83 
 
 
538 aa  140  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  30.98 
 
 
320 aa  139  4.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  29.95 
 
 
382 aa  139  7e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2144  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.34 
 
 
547 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00119695  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  28.2 
 
 
390 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1961  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.05 
 
 
359 aa  135  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.617101  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.46 
 
 
427 aa  134  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  45.33 
 
 
284 aa  132  5e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.57 
 
 
562 aa  132  6e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2269  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.04 
 
 
688 aa  132  6e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.83 
 
 
599 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0066  DNA polymerase III, tau subunit  31.93 
 
 
577 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.35 
 
 
589 aa  132  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0042  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.02 
 
 
320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0152578  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6089  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  30.81 
 
 
371 aa  131  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.29 
 
 
588 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.29 
 
 
562 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  34.36 
 
 
559 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.98 
 
 
395 aa  130  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  38.42 
 
 
330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0194  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.68 
 
 
614 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0033  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.53 
 
 
518 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.168879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.9 
 
 
562 aa  129  6e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  31.71 
 
 
605 aa  129  6e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.76 
 
 
570 aa  129  7.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1138  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.35 
 
 
550 aa  129  7.000000000000001e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0632409  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0042  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.81 
 
 
540 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000215305  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.29 
 
 
562 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3922  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.44 
 
 
575 aa  129  9.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0150926  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.03 
 
 
561 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
582 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.9 
 
 
562 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0446  DNA polymerase III subunit delta'  34.89 
 
 
286 aa  129  9.000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.9 
 
 
562 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.9 
 
 
562 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.94 
 
 
347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.61 
 
 
345 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.9 
 
 
562 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.9 
 
 
562 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0985  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  28.91 
 
 
382 aa  128  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.05 
 
 
589 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1334  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.05 
 
 
421 aa  128  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.6 
 
 
406 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0331  hypothetical protein  38.28 
 
 
629 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.517311 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  32.41 
 
 
562 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3272  DNA polymerase III gamma/tau subunit  28.41 
 
 
372 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0242  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.74 
 
 
562 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000227385  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.78 
 
 
305 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.29 
 
 
567 aa  127  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1557  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.65 
 
 
543 aa  126  5e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.311213  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>