More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2230 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
323 aa  639    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  75.16 
 
 
318 aa  444  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  59.87 
 
 
320 aa  395  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  54.06 
 
 
320 aa  308  8e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  53.75 
 
 
320 aa  306  2.0000000000000002e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  46.58 
 
 
327 aa  278  9e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  43.89 
 
 
321 aa  261  1e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  45.65 
 
 
331 aa  250  2e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.64 
 
 
326 aa  206  5e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.26 
 
 
335 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.89 
 
 
358 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.42 
 
 
332 aa  194  2e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.01 
 
 
363 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.73 
 
 
363 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.63 
 
 
330 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.52 
 
 
344 aa  172  5e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.87 
 
 
343 aa  172  9e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.17 
 
 
329 aa  169  5e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  31.75 
 
 
326 aa  169  6e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.46 
 
 
335 aa  166  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.15 
 
 
324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.01 
 
 
370 aa  163  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  31.56 
 
 
337 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  31.45 
 
 
327 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  31.13 
 
 
327 aa  158  1e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  31.45 
 
 
327 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  30.82 
 
 
327 aa  157  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  30.5 
 
 
327 aa  156  4e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  31.13 
 
 
327 aa  156  4e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  30.82 
 
 
327 aa  156  4e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  31.13 
 
 
327 aa  156  4e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  31.13 
 
 
327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.28 
 
 
322 aa  155  7e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.17 
 
 
391 aa  155  7e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  30.82 
 
 
327 aa  154  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  32.43 
 
 
389 aa  150  2e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  30.82 
 
 
327 aa  150  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.65 
 
 
338 aa  151  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.5 
 
 
354 aa  149  6e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  32.34 
 
 
339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0332  DNA polymerase III subunit delta'  29.17 
 
 
337 aa  146  5e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.42 
 
 
320 aa  146  6e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.61 
 
 
343 aa  145  9e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.25 
 
 
339 aa  145  1e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.5 
 
 
351 aa  144  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  31.28 
 
 
388 aa  144  3e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  30.7 
 
 
326 aa  142  6e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.25 
 
 
340 aa  142  7e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.57 
 
 
383 aa  142  9.999999999999999e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  36.17 
 
 
320 aa  141  9.999999999999999e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0042  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.58 
 
 
320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0152578  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  34.3 
 
 
365 aa  140  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  29.09 
 
 
320 aa  140  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  30.21 
 
 
388 aa  139  6e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  31.51 
 
 
382 aa  139  7e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.42 
 
 
347 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  27.94 
 
 
390 aa  137  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  33.87 
 
 
284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1961  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.87 
 
 
359 aa  133  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.617101  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0122  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  27.21 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0518  DNA-directed DNA polymerase  26.89 
 
 
308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0375901  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0505  DNA-directed DNA polymerase  26.89 
 
 
308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.53 
 
 
588 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1778  DNA polymerase III, delta subunit, putative  29.09 
 
 
391 aa  129  6e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25950  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  30.77 
 
 
796 aa  129  6e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1870  DNA-directed DNA polymerase  32.28 
 
 
390 aa  129  9.000000000000001e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000004805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.53 
 
 
562 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0985  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  27.85 
 
 
382 aa  127  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  33.23 
 
 
319 aa  128  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.53 
 
 
562 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.38 
 
 
589 aa  127  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  33.23 
 
 
319 aa  127  3e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1468  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.36 
 
 
627 aa  126  5e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  43.71 
 
 
298 aa  126  6e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.24 
 
 
562 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.24 
 
 
562 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.24 
 
 
562 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.23 
 
 
427 aa  125  9e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.71 
 
 
406 aa  125  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.24 
 
 
562 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  29.05 
 
 
389 aa  125  1e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  38.73 
 
 
330 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0033  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.41 
 
 
518 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.168879  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.95 
 
 
562 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.24 
 
 
562 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.1 
 
 
641 aa  124  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.67 
 
 
562 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  27.18 
 
 
389 aa  124  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.42 
 
 
485 aa  124  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.2 
 
 
345 aa  123  4e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  31.79 
 
 
337 aa  123  5e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  34.47 
 
 
404 aa  122  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39 
 
 
737 aa  122  6e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  29.63 
 
 
385 aa  122  6e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.06 
 
 
517 aa  122  7e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0242  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.61 
 
 
562 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000227385  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  31.16 
 
 
625 aa  121  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0189  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.42 
 
 
622 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2005  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.27 
 
 
496 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0446  DNA polymerase III subunit delta'  32.64 
 
 
286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>