More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0715 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
389 aa  799    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  75.32 
 
 
388 aa  630  1e-180  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1870  DNA-directed DNA polymerase  72.8 
 
 
390 aa  577  1.0000000000000001e-163  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000004805  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  68.12 
 
 
388 aa  576  1.0000000000000001e-163  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1778  DNA polymerase III, delta subunit, putative  73.01 
 
 
391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  55.64 
 
 
390 aa  478  1e-134  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  57.36 
 
 
389 aa  466  9.999999999999999e-131  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.72 
 
 
391 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  26.76 
 
 
326 aa  142  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.66 
 
 
737 aa  135  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.92 
 
 
326 aa  132  6.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.53 
 
 
327 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.73 
 
 
329 aa  130  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.07 
 
 
358 aa  127  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  31.85 
 
 
321 aa  127  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.13 
 
 
323 aa  125  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.28 
 
 
335 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.16 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.5 
 
 
383 aa  120  3e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.46 
 
 
588 aa  119  7e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0042  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.78 
 
 
540 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000215305  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.8 
 
 
520 aa  119  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.85 
 
 
363 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32 
 
 
579 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.42 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.85 
 
 
363 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0634  hypothetical protein  27.51 
 
 
381 aa  117  3e-25  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0932  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  30.26 
 
 
416 aa  117  3.9999999999999997e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.1978 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  29.57 
 
 
548 aa  117  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.24 
 
 
339 aa  117  5e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.09 
 
 
562 aa  116  5e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0106  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.89 
 
 
586 aa  116  6e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.09 
 
 
562 aa  116  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  35 
 
 
338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0603  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.64 
 
 
735 aa  115  1.0000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.705665 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  30.25 
 
 
900 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.72 
 
 
589 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1386  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.68 
 
 
550 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  28.91 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  29.08 
 
 
339 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.13 
 
 
589 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.52 
 
 
485 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.9 
 
 
322 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.72 
 
 
641 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.72 
 
 
562 aa  114  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.55 
 
 
331 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.72 
 
 
562 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.72 
 
 
562 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.72 
 
 
562 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.46 
 
 
562 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.72 
 
 
562 aa  113  5e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  32.14 
 
 
365 aa  113  5e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.72 
 
 
562 aa  113  6e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.75 
 
 
343 aa  113  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.72 
 
 
562 aa  113  7.000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.21 
 
 
343 aa  113  7.000000000000001e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.25 
 
 
427 aa  112  8.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  32.74 
 
 
326 aa  112  9e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.4 
 
 
324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  30.73 
 
 
499 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1334  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.15 
 
 
421 aa  111  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6089  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  33.08 
 
 
371 aa  112  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1189  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.44 
 
 
366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.25 
 
 
567 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0033  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.91 
 
 
518 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.168879  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02330  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  29.64 
 
 
807 aa  110  3e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.15041  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.34 
 
 
562 aa  110  5e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25950  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  29.09 
 
 
796 aa  110  6e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0242  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.14 
 
 
562 aa  110  6e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000227385  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.27 
 
 
698 aa  110  6e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0092  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.84 
 
 
527 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000833689 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  33.02 
 
 
562 aa  109  8.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.02 
 
 
570 aa  109  8.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  31.53 
 
 
559 aa  108  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  28.29 
 
 
568 aa  108  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17841  DNA polymerase, gamma and tau subunits  31.56 
 
 
578 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28470  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  29.56 
 
 
1122 aa  109  1e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1975  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.57 
 
 
632 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.868951 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.6 
 
 
616 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.332565  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0649  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.91 
 
 
743 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0301  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.8 
 
 
569 aa  109  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0288678  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4998  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.6 
 
 
616 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5277  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.6 
 
 
618 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.028048  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36570  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  29.78 
 
 
690 aa  108  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.429514  normal  0.480255 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0491  DNA polymerase III gamma/tau subunit  24.49 
 
 
375 aa  108  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5534  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.68 
 
 
643 aa  107  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.4 
 
 
565 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1293  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.56 
 
 
509 aa  107  3e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.4 
 
 
565 aa  107  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  31.27 
 
 
625 aa  107  3e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.98 
 
 
330 aa  107  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.74 
 
 
335 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1281  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.02 
 
 
652 aa  107  3e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1174  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.56 
 
 
509 aa  107  3e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.630806  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.96 
 
 
559 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.2 
 
 
370 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0571  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.3 
 
 
509 aa  107  4e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.337724  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6146  DNA polymerase III subunits gamma and tau  24.7 
 
 
690 aa  107  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0542  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.23 
 
 
570 aa  107  5e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000531282  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0365  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.8 
 
 
551 aa  106  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00200762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>