More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_476 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  100 
 
 
339 aa  691    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  89.35 
 
 
343 aa  619  1e-176  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  83.19 
 
 
339 aa  586  1e-166  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.46 
 
 
354 aa  211  1e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.5 
 
 
340 aa  204  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.64 
 
 
351 aa  204  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.51 
 
 
344 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.83 
 
 
335 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.66 
 
 
324 aa  169  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.95 
 
 
330 aa  164  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.33 
 
 
326 aa  159  5e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.16 
 
 
331 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.04 
 
 
320 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.51 
 
 
358 aa  157  3e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.75 
 
 
327 aa  153  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  30.72 
 
 
321 aa  152  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.98 
 
 
391 aa  150  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.79 
 
 
345 aa  149  7e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.41 
 
 
329 aa  142  7e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.61 
 
 
322 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.56 
 
 
363 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.64 
 
 
318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.61 
 
 
320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  39.8 
 
 
326 aa  140  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.23 
 
 
517 aa  140  3.9999999999999997e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  28.97 
 
 
326 aa  138  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.7 
 
 
320 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.62 
 
 
562 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.62 
 
 
562 aa  136  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.62 
 
 
562 aa  136  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.62 
 
 
562 aa  136  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.56 
 
 
363 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.62 
 
 
562 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.17 
 
 
589 aa  135  8e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.35 
 
 
562 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.33 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.35 
 
 
562 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.18 
 
 
562 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  31.34 
 
 
337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.62 
 
 
562 aa  134  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.62 
 
 
562 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.15 
 
 
565 aa  132  9e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.15 
 
 
565 aa  132  9e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.7 
 
 
478 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1256  DNA polymerase III, tau subunit  29.33 
 
 
565 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303373  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0245  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.7 
 
 
478 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21271  DNA polymerase, gamma and tau subunits  29.33 
 
 
565 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.5 
 
 
395 aa  130  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  29.14 
 
 
327 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  29.14 
 
 
327 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.62 
 
 
562 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  29.18 
 
 
327 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  29.14 
 
 
327 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  29.14 
 
 
327 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  29.14 
 
 
327 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.03 
 
 
559 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  29.14 
 
 
327 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  28.83 
 
 
327 aa  129  6e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  28.83 
 
 
327 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  29.14 
 
 
327 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  37.02 
 
 
568 aa  129  9.000000000000001e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.74 
 
 
338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.75 
 
 
320 aa  126  6e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.39 
 
 
383 aa  125  8.000000000000001e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0912  DNA polymerase III, tau subunit  34.97 
 
 
652 aa  125  1e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.850857 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  36.52 
 
 
499 aa  125  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0050  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.85 
 
 
554 aa  125  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000022733  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  34.27 
 
 
625 aa  124  2e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.97 
 
 
561 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.45 
 
 
427 aa  124  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2215  AAA ATPase, central region  26.91 
 
 
650 aa  123  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.110333  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0042  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.97 
 
 
540 aa  123  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000215305  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.51 
 
 
589 aa  123  4e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  33.01 
 
 
388 aa  123  5e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.57 
 
 
460 aa  122  7e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.91 
 
 
611 aa  122  9e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0950425  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  31.25 
 
 
396 aa  121  9.999999999999999e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  37.14 
 
 
389 aa  122  9.999999999999999e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  37.57 
 
 
548 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.83 
 
 
335 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1414  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.2 
 
 
467 aa  121  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.873736  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.2 
 
 
567 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.73 
 
 
332 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17841  DNA polymerase, gamma and tau subunits  33.65 
 
 
578 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.34 
 
 
520 aa  120  3e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3744  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  37.32 
 
 
715 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0828  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.81 
 
 
554 aa  120  3e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2074  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.36 
 
 
648 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2118  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.16 
 
 
650 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000251378  normal  0.316515 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.14 
 
 
518 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  30 
 
 
370 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4353  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.52 
 
 
663 aa  120  4.9999999999999996e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.695185  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.05 
 
 
737 aa  119  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1138  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.84 
 
 
550 aa  119  6e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0632409  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.81 
 
 
501 aa  119  6e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  27.61 
 
 
327 aa  119  7e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.25 
 
 
588 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0062  DNA polymerase III, tau subunit  32.02 
 
 
614 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.98 
 
 
447 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  29.53 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>