More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1091 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
389 aa  786    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.24 
 
 
383 aa  290  2e-77  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  42.16 
 
 
382 aa  259  5.0000000000000005e-68  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  39.08 
 
 
373 aa  251  2e-65  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000014932 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.32 
 
 
320 aa  155  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.6 
 
 
323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  28.65 
 
 
321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.49 
 
 
335 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  30.91 
 
 
385 aa  139  7e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.85 
 
 
324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.14 
 
 
326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0603  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.35 
 
 
735 aa  132  1.0000000000000001e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.705665 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.97 
 
 
330 aa  131  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.38 
 
 
344 aa  129  6e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  31.61 
 
 
394 aa  129  9.000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.94 
 
 
331 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.85 
 
 
318 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.82 
 
 
329 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.99 
 
 
517 aa  128  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.68 
 
 
320 aa  127  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.18 
 
 
358 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  40.12 
 
 
900 aa  126  6e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  37.23 
 
 
326 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.15 
 
 
320 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  33.04 
 
 
326 aa  125  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.25 
 
 
737 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.83 
 
 
559 aa  125  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5416  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.59 
 
 
373 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.141757  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02330  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  38.37 
 
 
807 aa  124  3e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.15041  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.26 
 
 
478 aa  124  3e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.9 
 
 
724 aa  124  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28 
 
 
501 aa  124  4e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.64 
 
 
460 aa  123  5e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1414  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.21 
 
 
467 aa  123  5e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.873736  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.95 
 
 
562 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7084  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.84 
 
 
634 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0106  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.77 
 
 
586 aa  122  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.89 
 
 
427 aa  122  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.95 
 
 
562 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0245  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.67 
 
 
478 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.34 
 
 
520 aa  122  9.999999999999999e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.24 
 
 
562 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.95 
 
 
562 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.95 
 
 
562 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.95 
 
 
562 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.24 
 
 
562 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.64 
 
 
755 aa  121  1.9999999999999998e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.24 
 
 
562 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.95 
 
 
562 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.17 
 
 
386 aa  120  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.65 
 
 
565 aa  120  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.65 
 
 
565 aa  120  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.65 
 
 
340 aa  120  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  37.65 
 
 
568 aa  119  7e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  38.68 
 
 
605 aa  119  7.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.95 
 
 
562 aa  119  9e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  40.61 
 
 
327 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  33.18 
 
 
337 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.21 
 
 
567 aa  119  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  40.12 
 
 
559 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  38.89 
 
 
327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  38.89 
 
 
327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  38.89 
 
 
327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  38.27 
 
 
327 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  38.27 
 
 
327 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  38.27 
 
 
327 aa  117  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1386  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.14 
 
 
550 aa  117  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.13 
 
 
589 aa  117  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.24 
 
 
561 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.83 
 
 
395 aa  117  3.9999999999999997e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  38.27 
 
 
327 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.82 
 
 
611 aa  117  3.9999999999999997e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0950425  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.5 
 
 
518 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  38.27 
 
 
327 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1334  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.16 
 
 
421 aa  117  3.9999999999999997e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.23 
 
 
391 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9220  DNA-directed DNA polymerase  28.53 
 
 
393 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.16 
 
 
381 aa  117  3.9999999999999997e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0576  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.89 
 
 
378 aa  117  5e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200303 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.92 
 
 
570 aa  116  5e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0046  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.52 
 
 
522 aa  117  5e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241439  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.87 
 
 
588 aa  116  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  40.12 
 
 
499 aa  116  5e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  38.27 
 
 
327 aa  116  5e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.87 
 
 
351 aa  117  5e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0066  DNA polymerase III, tau subunit  33.33 
 
 
577 aa  116  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.54 
 
 
363 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.45 
 
 
562 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  30.06 
 
 
378 aa  116  7.999999999999999e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0033  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.78 
 
 
518 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.168879  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl678  DNA polymerase III gamma and tau subunits  33.73 
 
 
631 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  37.28 
 
 
327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1468  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.36 
 
 
627 aa  115  1.0000000000000001e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0331  hypothetical protein  36.47 
 
 
629 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.517311 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.29 
 
 
641 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.46 
 
 
579 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0506  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.46 
 
 
538 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.8 
 
 
343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  36.47 
 
 
548 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>