More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0122 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP0122  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  100 
 
 
308 aa  635    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0505  DNA-directed DNA polymerase  77.52 
 
 
308 aa  508  1e-143  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0518  DNA-directed DNA polymerase  77.52 
 
 
308 aa  508  1e-143  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0375901  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  31.94 
 
 
327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  31.94 
 
 
327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  31.94 
 
 
327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  31.94 
 
 
327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  31.94 
 
 
327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  31.13 
 
 
327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  31.29 
 
 
327 aa  146  3e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  31.61 
 
 
327 aa  145  6e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  31.29 
 
 
327 aa  145  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  31.94 
 
 
327 aa  145  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  32.58 
 
 
326 aa  144  1e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  31.19 
 
 
321 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  29.55 
 
 
337 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  30.1 
 
 
327 aa  138  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.93 
 
 
318 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.16 
 
 
331 aa  122  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  31.88 
 
 
330 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.86 
 
 
323 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.48 
 
 
326 aa  119  7.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.56 
 
 
320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0332  DNA polymerase III subunit delta'  25.33 
 
 
337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.07 
 
 
320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.07 
 
 
320 aa  109  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.19 
 
 
335 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.84 
 
 
330 aa  106  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.52 
 
 
335 aa  106  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.45 
 
 
324 aa  102  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.61 
 
 
339 aa  102  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  25.25 
 
 
326 aa  102  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  28.06 
 
 
320 aa  100  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  26.73 
 
 
339 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.81 
 
 
343 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  25.61 
 
 
388 aa  99.8  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.35 
 
 
322 aa  99  9e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  23.85 
 
 
390 aa  98.6  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.93 
 
 
358 aa  98.2  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.62 
 
 
344 aa  97.4  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0603  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.82 
 
 
735 aa  96.3  5e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.705665 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  30.41 
 
 
900 aa  94.7  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.31 
 
 
338 aa  94.4  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.57 
 
 
383 aa  93.6  3e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.54 
 
 
501 aa  94  3e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  26.25 
 
 
365 aa  93.6  4e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02330  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  30.41 
 
 
807 aa  92.4  8e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.15041  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.94 
 
 
589 aa  91.7  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.54 
 
 
363 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  34.76 
 
 
499 aa  92  1e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  31.21 
 
 
284 aa  91.3  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.32 
 
 
329 aa  90.9  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.54 
 
 
363 aa  90.5  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.69 
 
 
332 aa  90.9  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  29.63 
 
 
304 aa  90.1  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1386  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
550 aa  90.1  5e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.78 
 
 
460 aa  89.7  5e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0061  DNA-directed DNA polymerase  31.06 
 
 
282 aa  89.7  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.639704  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3651  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  34.84 
 
 
382 aa  89  8e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00198152  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.36 
 
 
588 aa  89.4  8e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  28.76 
 
 
389 aa  89  9e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.54 
 
 
395 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  29.41 
 
 
389 aa  88.2  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1778  DNA polymerase III, delta subunit, putative  25.33 
 
 
391 aa  88.6  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  34.08 
 
 
548 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1870  DNA-directed DNA polymerase  29.19 
 
 
390 aa  88.6  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000004805  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.05 
 
 
318 aa  87.4  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  27.07 
 
 
389 aa  87.4  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  33.8 
 
 
320 aa  87  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.18 
 
 
391 aa  87.4  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
755 aa  87.4  3e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  36.02 
 
 
568 aa  86.7  4e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.29 
 
 
312 aa  87  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.05 
 
 
318 aa  86.7  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.38 
 
 
327 aa  87  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.02 
 
 
565 aa  86.3  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.85 
 
 
354 aa  86.7  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.87 
 
 
337 aa  86.7  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0368  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  33.54 
 
 
602 aa  86.7  5e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.000122178 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.02 
 
 
565 aa  86.3  5e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1414  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.75 
 
 
467 aa  86.7  5e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.873736  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.94 
 
 
562 aa  86.3  6e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.94 
 
 
562 aa  85.9  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  30.77 
 
 
394 aa  85.9  7e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0470  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.76 
 
 
510 aa  85.9  7e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.05 
 
 
318 aa  85.9  8e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0092  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.87 
 
 
527 aa  85.5  9e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000833689 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.21 
 
 
343 aa  85.5  9e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.98 
 
 
559 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
517 aa  85.5  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.57 
 
 
589 aa  85.5  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0033  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.81 
 
 
518 aa  85.1  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.168879  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.48 
 
 
320 aa  85.5  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1423  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.13 
 
 
529 aa  85.1  0.000000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0578  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.75 
 
 
431 aa  84.7  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  30.64 
 
 
304 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.58 
 
 
318 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0527  DNA polymerase III subunit delta'  28.7 
 
 
291 aa  84.3  0.000000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  30.14 
 
 
385 aa  84.7  0.000000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0106  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.12 
 
 
586 aa  84.7  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>