More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1961 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1961  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
359 aa  672    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.617101  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.05 
 
 
383 aa  153  4e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.97 
 
 
335 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.27 
 
 
320 aa  143  6e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.75 
 
 
320 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.09 
 
 
320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.45 
 
 
358 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5416  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.57 
 
 
373 aa  136  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.141757  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  47.24 
 
 
318 aa  133  6e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.82 
 
 
323 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  32.79 
 
 
373 aa  132  6.999999999999999e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000014932 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  31.27 
 
 
382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.31 
 
 
326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0042  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.9 
 
 
320 aa  127  3e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0152578  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.62 
 
 
329 aa  126  6e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.96 
 
 
354 aa  126  7e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  37.69 
 
 
326 aa  123  6e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.41 
 
 
338 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  30.03 
 
 
321 aa  120  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.06 
 
 
344 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.76 
 
 
343 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  37 
 
 
327 aa  119  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.6 
 
 
351 aa  119  7.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  28.97 
 
 
339 aa  117  3e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.05 
 
 
330 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.11 
 
 
331 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  31.4 
 
 
389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0576  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.25 
 
 
378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200303 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.54 
 
 
320 aa  114  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.3 
 
 
324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.04 
 
 
363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.47 
 
 
363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.15 
 
 
339 aa  109  6e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.79 
 
 
340 aa  110  6e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  32.83 
 
 
320 aa  109  7.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.96 
 
 
343 aa  109  8.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.21 
 
 
391 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.21 
 
 
332 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.6 
 
 
322 aa  106  6e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.54 
 
 
345 aa  106  6e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0993  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.49 
 
 
325 aa  106  7e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.124546  normal  0.376672 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 
365 aa  105  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  29.06 
 
 
326 aa  105  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1963  DNA polymerase III subunit delta'  36.04 
 
 
320 aa  104  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00141399  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.29 
 
 
335 aa  104  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.04 
 
 
370 aa  103  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3025  DNA polymerase III subunit delta'  34.33 
 
 
317 aa  101  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.384123  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1274  DNA polymerase III subunit delta'  28.66 
 
 
383 aa  99.4  8e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32580  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  31.47 
 
 
378 aa  99  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.571929  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.07 
 
 
737 aa  99  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02011  DNA polymerase III subunit delta'  33.15 
 
 
319 aa  99  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.847421 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1495  DNA polymerase III subunit delta'  32.58 
 
 
319 aa  98.2  2e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0414246  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  36.73 
 
 
399 aa  98.2  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0355  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.26 
 
 
381 aa  98.2  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2193  DNA-directed DNA polymerase  28.95 
 
 
385 aa  97.4  4e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0094  DNA polymerase III subunit delta'  34.72 
 
 
311 aa  97.4  4e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.35794  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0662  AAA ATPase  34.8 
 
 
385 aa  96.3  6e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.300478  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.83 
 
 
517 aa  96.7  6e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.32 
 
 
395 aa  96.3  7e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.14 
 
 
406 aa  95.5  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  30.7 
 
 
307 aa  95.1  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  26.05 
 
 
320 aa  95.1  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.36 
 
 
589 aa  95.1  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0332  DNA polymerase III subunit delta'  24.12 
 
 
337 aa  94.7  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0061  DNA-directed DNA polymerase  39.35 
 
 
282 aa  94.7  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.639704  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0610  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.01 
 
 
386 aa  94  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0430331  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1549  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
319 aa  94.4  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1573  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
319 aa  94  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  42.65 
 
 
330 aa  94  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3164  DNA polymerase III subunit delta'  35.91 
 
 
318 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  40.29 
 
 
328 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  33.82 
 
 
360 aa  93.6  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  34.87 
 
 
394 aa  93.6  5e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  25.74 
 
 
337 aa  93.6  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  33.82 
 
 
360 aa  93.6  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.29 
 
 
588 aa  93.6  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1468  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
627 aa  93.2  6e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.23 
 
 
755 aa  92.8  7e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02330  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  33.2 
 
 
807 aa  92  1e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.15041  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  28.74 
 
 
389 aa  92.4  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.88 
 
 
599 aa  92  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.68 
 
 
501 aa  92  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  38.69 
 
 
328 aa  92  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  37.66 
 
 
328 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0313  DNA polymerase III subunit delta'  39.09 
 
 
318 aa  91.7  2e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  24.74 
 
 
390 aa  91.3  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  37.66 
 
 
328 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  38.92 
 
 
298 aa  91.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  37.66 
 
 
328 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  35.54 
 
 
900 aa  90.9  3e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  33.33 
 
 
568 aa  90.9  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 
327 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  26.59 
 
 
388 aa  91.3  3e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.58 
 
 
641 aa  90.5  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2005  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.29 
 
 
496 aa  90.5  4e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1460  DNA polymerase III, delta prime subunit  31 
 
 
320 aa  90.5  4e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.43 
 
 
485 aa  90.5  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0368  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  33.94 
 
 
602 aa  90.5  5e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.000122178 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1870  DNA-directed DNA polymerase  29.5 
 
 
390 aa  90.1  5e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000004805  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.4 
 
 
562 aa  89.7  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>