More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0115 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  100 
 
 
755 aa  1513    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  44.29 
 
 
900 aa  465  1e-129  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0603  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.62 
 
 
735 aa  444  1e-123  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.705665 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.59 
 
 
599 aa  318  2e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0042  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.73 
 
 
540 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000215305  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.17 
 
 
567 aa  301  2e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0046  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.53 
 
 
522 aa  299  1e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241439  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.61 
 
 
518 aa  295  3e-78  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.3 
 
 
562 aa  294  4e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.34 
 
 
562 aa  293  7e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0092  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.7 
 
 
527 aa  292  1e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000833689 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.58 
 
 
562 aa  292  2e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.58 
 
 
562 aa  292  2e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.82 
 
 
562 aa  292  2e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.82 
 
 
562 aa  291  3e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.55 
 
 
582 aa  290  6e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.68 
 
 
732 aa  290  6e-77  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.05 
 
 
562 aa  290  7e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.1 
 
 
562 aa  290  7e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.85 
 
 
562 aa  290  8e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17841  DNA polymerase, gamma and tau subunits  45.16 
 
 
578 aa  289  1e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.3 
 
 
562 aa  289  2e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0912  DNA polymerase III, tau subunit  41.51 
 
 
652 aa  286  1.0000000000000001e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.850857 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.39 
 
 
562 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0242  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.44 
 
 
562 aa  285  3.0000000000000004e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000227385  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1138  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.3 
 
 
550 aa  284  4.0000000000000003e-75  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0632409  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  41.06 
 
 
568 aa  284  5.000000000000001e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.61 
 
 
644 aa  284  5.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.566282  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.01 
 
 
565 aa  283  7.000000000000001e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.01 
 
 
565 aa  283  7.000000000000001e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4819  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.71 
 
 
732 aa  282  1e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14657  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4353  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.65 
 
 
663 aa  282  2e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.695185  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.56 
 
 
588 aa  281  2e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3199  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.92 
 
 
613 aa  281  3e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000104981  normal  0.61313 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0033  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.95 
 
 
518 aa  281  4e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.168879  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.27 
 
 
395 aa  280  5e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2107  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40 
 
 
534 aa  278  2e-73  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00560473  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.29 
 
 
611 aa  277  4e-73  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0950425  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.7 
 
 
579 aa  277  5e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  44.6 
 
 
625 aa  277  5e-73  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0094  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  38.37 
 
 
579 aa  277  6e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2215  AAA ATPase, central region  43.41 
 
 
650 aa  276  7e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.110333  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4439  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.82 
 
 
730 aa  276  9e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0106  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.14 
 
 
586 aa  276  1.0000000000000001e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25950  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  40.57 
 
 
796 aa  276  1.0000000000000001e-72  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0692  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.11 
 
 
682 aa  276  1.0000000000000001e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0365  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.22 
 
 
551 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00200762  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6564  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.1 
 
 
855 aa  275  2.0000000000000002e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0052  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.34 
 
 
547 aa  275  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0055  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.34 
 
 
547 aa  275  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.34 
 
 
447 aa  275  3e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1975  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.73 
 
 
632 aa  275  3e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.106015  normal  0.868951 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.43 
 
 
589 aa  275  3e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18671  DNA polymerase, gamma and tau subunits  37.12 
 
 
584 aa  273  1e-71  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.181287  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6870  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.42 
 
 
649 aa  272  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.351092 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2016  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.57 
 
 
637 aa  271  2.9999999999999997e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.780836  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1750  DNA polymerase III, tau subunit  38.85 
 
 
579 aa  271  4e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  decreased coverage  0.00401811  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18481  DNA polymerase, gamma and tau subunits  40.56 
 
 
586 aa  270  8e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0301  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.32 
 
 
569 aa  270  8e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0288678  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0542  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.24 
 
 
570 aa  269  1e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000531282  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1386  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.32 
 
 
550 aa  269  1e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0694  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.66 
 
 
1202 aa  270  1e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.66 
 
 
589 aa  270  1e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0374  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  37.87 
 
 
582 aa  268  2e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000945747  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0212  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.13 
 
 
582 aa  269  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.783119  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.71 
 
 
559 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  40.61 
 
 
548 aa  268  2.9999999999999995e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9029  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.23 
 
 
863 aa  268  2.9999999999999995e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0555  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.37 
 
 
1078 aa  268  2.9999999999999995e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.533437  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3762  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  46.6 
 
 
606 aa  268  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.440006  normal  0.772906 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0195  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.33 
 
 
579 aa  267  5.999999999999999e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.92139e-31 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  41.62 
 
 
499 aa  267  5.999999999999999e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  47.9 
 
 
517 aa  266  7e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3778  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  47.28 
 
 
601 aa  267  7e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.131326  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0828  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.88 
 
 
554 aa  266  8e-70  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3534  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.22 
 
 
729 aa  266  1e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.698933 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2789  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.33 
 
 
602 aa  266  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.226663  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3695  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  47.28 
 
 
601 aa  266  1e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0270  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.95 
 
 
812 aa  266  2e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.976548 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21271  DNA polymerase, gamma and tau subunits  38.29 
 
 
565 aa  265  3e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4926  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.43 
 
 
715 aa  265  3e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1414  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.5 
 
 
467 aa  264  4e-69  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.873736  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2144  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.76 
 
 
547 aa  264  4e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00119695  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0276  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  39.67 
 
 
575 aa  264  4e-69  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.414752  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  43.84 
 
 
559 aa  264  4.999999999999999e-69  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1256  DNA polymerase III, tau subunit  38.94 
 
 
565 aa  264  4.999999999999999e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303373  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0832  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.92 
 
 
695 aa  264  4.999999999999999e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00641  DNA polymerase, gamma and tau subunits  44.54 
 
 
604 aa  263  6.999999999999999e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.46 
 
 
561 aa  263  6.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  43.58 
 
 
562 aa  262  2e-68  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3637  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  47.28 
 
 
606 aa  261  3e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0803944  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1289  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.23 
 
 
960 aa  261  3e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2506  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.33 
 
 
553 aa  261  3e-68  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6146  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.33 
 
 
690 aa  261  4e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4903  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  45.82 
 
 
731 aa  261  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.742776  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.81 
 
 
570 aa  261  5.0000000000000005e-68  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0317  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.66 
 
 
678 aa  260  8e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.95 
 
 
926 aa  259  9e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3922  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.97 
 
 
575 aa  259  1e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0150926  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0213  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.39 
 
 
808 aa  259  1e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>