More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4151 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 
327 aa  656    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  84.1 
 
 
328 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  83.79 
 
 
328 aa  557  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  80.49 
 
 
328 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  79.51 
 
 
330 aa  525  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  79.27 
 
 
328 aa  521  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  79.57 
 
 
328 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  78.35 
 
 
328 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  76.38 
 
 
328 aa  499  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  74.23 
 
 
328 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  73.93 
 
 
328 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.96 
 
 
331 aa  196  4.0000000000000005e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.91 
 
 
323 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  40.26 
 
 
319 aa  174  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  40.26 
 
 
319 aa  175  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  36.94 
 
 
321 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  33.54 
 
 
337 aa  166  4e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.65 
 
 
327 aa  158  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  35 
 
 
325 aa  155  9e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  36.2 
 
 
335 aa  152  7e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  34.69 
 
 
343 aa  152  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  34.81 
 
 
336 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  33.65 
 
 
336 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.21 
 
 
337 aa  149  9e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.71 
 
 
336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  35.95 
 
 
340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  35.95 
 
 
340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  33.64 
 
 
334 aa  146  5e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.94 
 
 
335 aa  145  9e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.12 
 
 
334 aa  145  9e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  42.79 
 
 
344 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.82 
 
 
339 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  41.57 
 
 
320 aa  143  4e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.82 
 
 
304 aa  142  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  39.35 
 
 
337 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  38.97 
 
 
320 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  46.75 
 
 
312 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  43.41 
 
 
295 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  36.86 
 
 
300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  40.7 
 
 
342 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  41.36 
 
 
336 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  41.41 
 
 
342 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  40.4 
 
 
342 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  45 
 
 
304 aa  136  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  35.67 
 
 
335 aa  136  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  37.36 
 
 
324 aa  135  8e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.08 
 
 
335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.55 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.96 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.55 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.3 
 
 
320 aa  132  6e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  41.27 
 
 
342 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  39.76 
 
 
323 aa  132  7.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.12 
 
 
368 aa  132  7.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  41.27 
 
 
342 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  41.27 
 
 
342 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  41.27 
 
 
342 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.39 
 
 
318 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.36 
 
 
351 aa  132  9e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.65 
 
 
336 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.39 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.39 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.09 
 
 
318 aa  130  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  37.27 
 
 
337 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  32.08 
 
 
352 aa  130  3e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.22 
 
 
342 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.96 
 
 
318 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  38.69 
 
 
336 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  37.79 
 
 
336 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1065  DNA-directed DNA polymerase  32.91 
 
 
372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.910858  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2239  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.28 
 
 
327 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.58 
 
 
305 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  40.69 
 
 
334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.1 
 
 
331 aa  126  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  40.2 
 
 
334 aa  126  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  40.2 
 
 
334 aa  126  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.04 
 
 
357 aa  126  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  40.2 
 
 
334 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  37.61 
 
 
332 aa  125  7e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  39.25 
 
 
324 aa  126  7e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  37.26 
 
 
333 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  39.6 
 
 
334 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.95 
 
 
318 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  38.54 
 
 
349 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.44 
 
 
321 aa  123  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1313  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.58 
 
 
366 aa  123  5e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.78 
 
 
320 aa  123  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  36.6 
 
 
331 aa  122  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  32.87 
 
 
374 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  45.26 
 
 
338 aa  122  9.999999999999999e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 
336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  42.29 
 
 
344 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  39.71 
 
 
334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  39.71 
 
 
334 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  39.71 
 
 
334 aa  120  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  39.71 
 
 
334 aa  120  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.74 
 
 
320 aa  120  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  39.71 
 
 
334 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.71 
 
 
334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  39.22 
 
 
334 aa  119  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>