More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0042 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0042  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
320 aa  647    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0152578  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.72 
 
 
326 aa  139  6e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  36.75 
 
 
365 aa  133  5e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.02 
 
 
320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.03 
 
 
331 aa  126  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.35 
 
 
344 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.77 
 
 
335 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.58 
 
 
323 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.69 
 
 
343 aa  123  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.62 
 
 
330 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.69 
 
 
320 aa  122  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.88 
 
 
322 aa  119  7e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.12 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.51 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  40 
 
 
320 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.65 
 
 
327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.47 
 
 
338 aa  116  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1961  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.38 
 
 
359 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.617101  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  28.86 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3164  DNA polymerase III subunit delta'  33.94 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.21 
 
 
324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.06 
 
 
485 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  30.23 
 
 
321 aa  108  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.44 
 
 
329 aa  107  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.61 
 
 
335 aa  105  9e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1573  DNA polymerase III subunit delta'  30.09 
 
 
319 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1963  DNA polymerase III subunit delta'  30.74 
 
 
320 aa  105  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00141399  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.47 
 
 
737 aa  105  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1549  DNA polymerase III subunit delta'  30.09 
 
 
319 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.7 
 
 
358 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1495  DNA polymerase III subunit delta'  34.01 
 
 
319 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0414246  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  37.13 
 
 
298 aa  104  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5416  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.44 
 
 
373 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.141757  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0331  hypothetical protein  33.15 
 
 
629 aa  104  2e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.517311 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02011  DNA polymerase III subunit delta'  35.68 
 
 
319 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.847421 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  34.12 
 
 
326 aa  104  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.71 
 
 
383 aa  104  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1418  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  37.7 
 
 
602 aa  103  3e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.733892 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.98 
 
 
641 aa  103  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  34.78 
 
 
373 aa  102  8e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000014932 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  27.94 
 
 
320 aa  102  9e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  35.06 
 
 
900 aa  102  9e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.92 
 
 
340 aa  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4930  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.83 
 
 
621 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.522711  normal  0.575314 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0603  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.23 
 
 
735 aa  99.8  5e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.705665 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.43 
 
 
363 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.1 
 
 
363 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  32.84 
 
 
389 aa  97.8  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.42 
 
 
345 aa  98.2  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.38 
 
 
427 aa  98.2  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0023  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
664 aa  96.7  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0608754  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
588 aa  96.7  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09200  hypothetical protein  34.76 
 
 
382 aa  96.7  5e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0621212 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  31.8 
 
 
307 aa  96.3  6e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0741  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.48 
 
 
455 aa  95.9  8e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  26.09 
 
 
339 aa  95.9  9e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.9 
 
 
518 aa  95.9  9e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0985  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  30.08 
 
 
382 aa  95.5  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3025  DNA polymerase III subunit delta'  28.89 
 
 
317 aa  95.1  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.384123  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1239  DNA polymerase III subunit delta'  30.04 
 
 
373 aa  95.1  1e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02330  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  33.91 
 
 
807 aa  95.5  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.15041  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.08 
 
 
520 aa  94.4  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0094  DNA polymerase III subunit delta'  31.08 
 
 
311 aa  94.7  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.35794  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7084  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.37 
 
 
634 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.4 
 
 
589 aa  94.7  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.95 
 
 
517 aa  94  4e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.96 
 
 
343 aa  93.6  4e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.9 
 
 
589 aa  93.6  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.36 
 
 
354 aa  93.2  5e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.95 
 
 
460 aa  93.2  5e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.67 
 
 
347 aa  92.4  9e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.43 
 
 
325 aa  92  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0736  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.18 
 
 
602 aa  92  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.536606  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1879  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
569 aa  92  1e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  32.43 
 
 
374 aa  92  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1423  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.77 
 
 
529 aa  91.7  1e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0993  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.68 
 
 
325 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.124546  normal  0.376672 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.93 
 
 
560 aa  91.3  2e-17  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1386  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.14 
 
 
550 aa  91.3  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.86 
 
 
332 aa  91.3  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0015  DNA polymerase III subunit gamma/tau  32.22 
 
 
548 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.466533  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.12 
 
 
559 aa  91.7  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  29.18 
 
 
394 aa  90.5  3e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11893  DNA polymerase III subunit gamma/tau  34.68 
 
 
600 aa  90.9  3e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.272585  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  31.58 
 
 
326 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03320  putative DNA polymerase III, delta subunit  27.73 
 
 
390 aa  90.5  4e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.68 
 
 
351 aa  90.5  4e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
398 aa  90.1  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.561354 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.92 
 
 
395 aa  90.1  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0275  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.53 
 
 
553 aa  89.7  6e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.01799  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2005  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.03 
 
 
496 aa  89.4  7e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2608  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.7 
 
 
610 aa  89.4  7e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1233  DNA polymerase III, tau and gamma subunits  31.09 
 
 
381 aa  89.4  7e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.710684  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.76 
 
 
370 aa  89.4  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.95 
 
 
567 aa  89.4  8e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1468  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.14 
 
 
627 aa  89.4  8e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0368  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  32.37 
 
 
602 aa  89.4  8e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.000122178 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4530  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.33 
 
 
361 aa  89.4  9e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.162349  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.1 
 
 
626 aa  88.6  1e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.46 
 
 
391 aa  88.6  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>