More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0485 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 325 aa  639    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  41.51 
 
 		 326 aa  229  5e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.52 
 
 		 318 aa  175  8e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  36.91 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.72 
 
 		 334 aa  168  9e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  42.05 
 
 		 374 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  44.44 
 
 		 370 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  37.82 
 
 		 348 aa  161  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  39.5 
 
 		 373 aa  159  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  44.14 
 
 		 381 aa  158  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  43.56 
 
 		 370 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  36.36 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  34.04 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  38.89 
 
 		 360 aa  155  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  38.89 
 
 		 360 aa  155  8e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  44.3 
 
 		 373 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.87 
 
 		 349 aa  155  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  37.76 
 
 		 363 aa  152  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  37.42 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  33.8 
 
 		 387 aa  150  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  30.18 
 
 		 347 aa  149  6e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  36.69 
 
 		 360 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  36.69 
 
 		 360 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  36.1 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  38.3 
 
 		 350 aa  143  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  35.87 
 
 		 341 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  32.41 
 
 		 346 aa  142  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  33.14 
 
 		 374 aa  138  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  33.54 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  36.75 
 
 		 358 aa  138  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  33.23 
 
 		 346 aa  135  9e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  43.12 
 
 		 365 aa  135  9e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  36.43 
 
 		 341 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  34.15 
 
 		 346 aa  132  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  32.93 
 
 		 346 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  39.72 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  42.78 
 
 		 346 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  32.82 
 
 		 364 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  33.03 
 
 		 351 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.01 
 
 		 343 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  36.1 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  38.86 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.79 
 
 		 335 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  39.56 
 
 		 372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  35.89 
 
 		 328 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  35.58 
 
 		 328 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  35.58 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  41.42 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  40.54 
 
 		 346 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  36.2 
 
 		 330 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  35.1 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  38.03 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  35.47 
 
 		 328 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.96 
 
 		 328 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  36.68 
 
 		 330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  32.55 
 
 		 388 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.98 
 
 		 358 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  41.94 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.77 
 
 		 363 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  35.29 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  34.8 
 
 		 328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  33.61 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.34 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.16 
 
 		 338 aa  107  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  41.98 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  37.56 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.59 
 
 		 327 aa  107  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.93 
 
 		 331 aa  106  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.53 
 
 		 354 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  32.13 
 
 		 389 aa  103  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  30.19 
 
 		 320 aa  103  6e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1870  DNA-directed DNA polymerase  32.23 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000004805  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  32.22 
 
 		 388 aa  100  4e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1778  DNA polymerase III, delta subunit, putative  32.1 
 
 		 391 aa  100  4e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.18 
 
 		 344 aa  99.8  6e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  34.87 
 
 		 343 aa  99.4  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.9 
 
 		 351 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.55 
 
 		 323 aa  98.2  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  32.8 
 
 		 337 aa  98.2  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.08 
 
 		 485 aa  98.2  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  32.41 
 
 		 326 aa  97.8  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5515  DNA polymerase III delta prime subunit  33.33 
 
 		 306 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279148 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.18 
 
 		 339 aa  97.4  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.94 
 
 		 322 aa  96.7  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.86 
 
 		 330 aa  96.3  6e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  33.16 
 
 		 562 aa  96.3  7e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02011  DNA polymerase III subunit delta'  29.6 
 
 		 319 aa  96.3  7e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.847421 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  40.76 
 
 		 319 aa  95.1  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.32 
 
 		 570 aa  95.5  1e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.21 
 
 		 327 aa  95.5  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  35.78 
 
 		 319 aa  95.1  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.93 
 
 		 351 aa  95.1  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.45 
 
 		 334 aa  95.5  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0042  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.88 
 
 		 320 aa  95.1  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0152578  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.87 
 
 		 641 aa  95.1  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  36.09 
 
 		 396 aa  94.4  2e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.34 
 
 		 370 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1963  DNA polymerase III subunit delta'  30.3 
 
 		 320 aa  94  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00141399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.64 
 
 		 589 aa  94  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  30.42 
 
 		 390 aa  94  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>