More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4190 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  98.06 
 
 		 360 aa  677    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 360 aa  688    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  89.08 
 
 		 363 aa  560  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  61.76 
 
 		 347 aa  368  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  64.52 
 
 		 350 aa  363  2e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  61.29 
 
 		 348 aa  348  6e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  46.99 
 
 		 347 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  48.1 
 
 		 346 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  46.52 
 
 		 346 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  46.18 
 
 		 346 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  46.04 
 
 		 346 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  45.32 
 
 		 351 aa  235  8e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  41.52 
 
 		 364 aa  227  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  44.87 
 
 		 346 aa  224  2e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  41.5 
 
 		 372 aa  217  2.9999999999999998e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  39.57 
 
 		 387 aa  211  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  45.13 
 
 		 346 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  46.39 
 
 		 381 aa  207  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  39.64 
 
 		 343 aa  202  8e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  40.16 
 
 		 374 aa  199  6e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  44.98 
 
 		 373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  44.76 
 
 		 370 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  44.06 
 
 		 370 aa  192  9e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  45.95 
 
 		 373 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  37.87 
 
 		 341 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.23 
 
 		 349 aa  189  8e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  35.33 
 
 		 346 aa  186  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  37.13 
 
 		 341 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.06 
 
 		 334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  48 
 
 		 322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  39.24 
 
 		 374 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  33.8 
 
 		 354 aa  163  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  37.54 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  37.55 
 
 		 326 aa  156  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  32.65 
 
 		 358 aa  151  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.56 
 
 		 325 aa  150  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  28.78 
 
 		 347 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  32.55 
 
 		 360 aa  145  9e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  32.55 
 
 		 360 aa  145  9e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  42.09 
 
 		 365 aa  143  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.28 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.7 
 
 		 343 aa  107  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  32.95 
 
 		 529 aa  106  7e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1073  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.07 
 
 		 553 aa  103  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.22 
 
 		 914 aa  100  4e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1200  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.45 
 
 		 667 aa  100  4e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3235  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.28 
 
 		 690 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00193084  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  42.86 
 
 		 328 aa  99.8  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.23 
 
 		 939 aa  98.6  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1613  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.93 
 
 		 637 aa  98.6  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000410993  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1076  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.62 
 
 		 685 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258766  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.94 
 
 		 427 aa  97.8  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.04 
 
 		 601 aa  96.7  5e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.8 
 
 		 591 aa  96.7  6e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.775776  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1135  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.14 
 
 		 650 aa  96.7  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.239786  unclonable  0.0000000363353 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.71 
 
 		 543 aa  96.3  7e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1510  DNA polymerase III, tau subunit / DNA polymerase III, gamma subunit  33.45 
 
 		 648 aa  96.3  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0569414  normal  0.564841 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1805  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.86 
 
 		 696 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.18 
 
 		 921 aa  95.5  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000191992  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.07 
 
 		 340 aa  94.7  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0547  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 		 643 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.014697  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3059  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.9 
 
 		 658 aa  94.7  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1055  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  29.71 
 
 		 631 aa  94.4  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0820336  normal  0.461674 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3587  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.23 
 
 		 689 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.8 
 
 		 774 aa  94.7  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1458  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.68 
 
 		 723 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.71 
 
 		 685 aa  95.1  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.95549  normal  0.915026 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3146  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 		 643 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000202258  normal  0.0671233 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2889  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.9 
 
 		 658 aa  94.7  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.381742  normal  0.068134 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44630  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.72 
 
 		 701 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522569  normal  0.208913 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00421  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 		 643 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00199359  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3140  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.45 
 
 		 643 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000034955  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0402  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 		 643 aa  94  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0412407  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  30.18 
 
 		 389 aa  94  3e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1825  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.26 
 
 		 736 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0806  AAA ATPase, central region  29.17 
 
 		 537 aa  94.4  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.343257  unclonable  0.000000100554 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  29.02 
 
 		 365 aa  94.4  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0561  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 		 643 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00151458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.71 
 
 		 751 aa  94.4  3e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325473  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3834  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.23 
 
 		 687 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471872 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0513  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 		 643 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0325277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0507  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 		 643 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000331221  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1591  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.71 
 
 		 572 aa  94.4  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.382177  normal  0.054959 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3198  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.79 
 
 		 658 aa  94.4  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.344651  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00426  hypothetical protein  29.45 
 
 		 643 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00196297  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1919  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.71 
 
 		 572 aa  94.4  3e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1599  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.42 
 
 		 692 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0852408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3646  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.26 
 
 		 743 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.923315  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  39.07 
 
 		 328 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19830  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.04 
 
 		 694 aa  93.6  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3801  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.19 
 
 		 681 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4269  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.42 
 
 		 691 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.06 
 
 		 354 aa  93.2  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2647  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.22 
 
 		 692 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.377545  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3744  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  27.46 
 
 		 715 aa  92  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  40.14 
 
 		 328 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.71 
 
 		 681 aa  92.4  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  40.14 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.51 
 
 		 501 aa  92  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  39.19 
 
 		 328 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>