More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2009 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 346 aa  686    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  85.84 
 
 		 346 aa  535  1e-151  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  73.7 
 
 		 346 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  74.28 
 
 		 346 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  73.55 
 
 		 351 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  71.68 
 
 		 346 aa  481  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  73.7 
 
 		 346 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  50.59 
 
 		 347 aa  296  3e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  48.55 
 
 		 360 aa  247  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  47.81 
 
 		 360 aa  247  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  41.96 
 
 		 387 aa  242  6e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  48.25 
 
 		 363 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  46.71 
 
 		 347 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  40.87 
 
 		 372 aa  219  6e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  42.77 
 
 		 370 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  41.95 
 
 		 364 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  42.49 
 
 		 370 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  46.15 
 
 		 348 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  37.58 
 
 		 346 aa  209  8e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  39.14 
 
 		 341 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  47.01 
 
 		 373 aa  204  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  40.58 
 
 		 373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  37.75 
 
 		 343 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  40.4 
 
 		 374 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  44.67 
 
 		 350 aa  196  6e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  39.16 
 
 		 341 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  38 
 
 		 374 aa  191  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  46.09 
 
 		 381 aa  188  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.77 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  36.14 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  39.82 
 
 		 322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  33.93 
 
 		 354 aa  166  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  36.09 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.67 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  36.17 
 
 		 360 aa  162  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  36.17 
 
 		 360 aa  162  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  35.58 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  28.44 
 
 		 347 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  38.06 
 
 		 365 aa  135  9e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.23 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.64 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.06 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.22 
 
 		 335 aa  100  5e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  36.32 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.46 
 
 		 337 aa  98.6  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  38.12 
 
 		 304 aa  97.1  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  37.91 
 
 		 330 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.05 
 
 		 332 aa  96.3  6e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  39.74 
 
 		 328 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  36.31 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  36.31 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.15 
 
 		 344 aa  94  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  35.15 
 
 		 328 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.66 
 
 		 601 aa  93.6  4e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  36.28 
 
 		 318 aa  94  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  31.36 
 
 		 605 aa  93.2  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.29 
 
 		 543 aa  93.2  6e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  40.11 
 
 		 321 aa  92.8  8e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  37.91 
 
 		 328 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  36.95 
 
 		 327 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  38.75 
 
 		 328 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  38.75 
 
 		 328 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.19 
 
 		 605 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.25 
 
 		 328 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  35.33 
 
 		 319 aa  91.3  3e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.65 
 
 		 605 aa  90.9  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00653224  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  35.33 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.83 
 
 		 622 aa  90.1  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.43 
 
 		 351 aa  89.7  6e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  34.36 
 
 		 307 aa  89.4  8e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  36.89 
 
 		 319 aa  89  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.87 
 
 		 562 aa  89  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.07 
 
 		 395 aa  89  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.07 
 
 		 562 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.07 
 
 		 562 aa  89  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.07 
 
 		 562 aa  89  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.58 
 
 		 339 aa  89  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.07 
 
 		 562 aa  89  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1858  DNA-directed DNA polymerase  29.49 
 
 		 580 aa  88.6  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.67 
 
 		 517 aa  88.6  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.65 
 
 		 602 aa  88.6  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.330023  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.88 
 
 		 681 aa  89  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.87 
 
 		 562 aa  89  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.07 
 
 		 562 aa  89  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.07 
 
 		 562 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0942  DNA-directed DNA polymerase  26.92 
 
 		 491 aa  87.8  2e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2005  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.43 
 
 		 496 aa  88.2  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.4 
 
 		 582 aa  88.2  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.58 
 
 		 338 aa  87.8  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  29.29 
 
 		 321 aa  87.4  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  28.99 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0571  DNA polymerase III subunits gamma and tau  22.86 
 
 		 509 aa  87.4  3e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.337724  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0301  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.69 
 
 		 569 aa  87.8  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0288678  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0401  DNA polymerase III delta' subunit  29.55 
 
 		 312 aa  87  4e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0803  hypothetical protein  32.58 
 
 		 295 aa  87  4e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.964068  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.98 
 
 		 599 aa  87  5e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0106  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.14 
 
 		 586 aa  86.7  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.43 
 
 		 384 aa  87  5e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0603  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.47 
 
 		 735 aa  86.7  5e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.705665 
 
 
-
 
NC_004310  BR0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.2 
 
 		 602 aa  86.7  6e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0330154  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>