More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2704 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 346 aa  680    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  78.03 
 
 		 346 aa  527  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  78.61 
 
 		 346 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  76.92 
 
 		 351 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  75.72 
 
 		 346 aa  512  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  73.7 
 
 		 346 aa  491  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  73.19 
 
 		 346 aa  454  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  48.54 
 
 		 347 aa  268  8e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  46.33 
 
 		 347 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  43.1 
 
 		 372 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  41.21 
 
 		 387 aa  231  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  45.61 
 
 		 360 aa  231  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  45.61 
 
 		 360 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  47.2 
 
 		 363 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  43.2 
 
 		 364 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  39.39 
 
 		 341 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  44.51 
 
 		 348 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  46.27 
 
 		 350 aa  206  7e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  48.22 
 
 		 373 aa  204  3e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  47.73 
 
 		 370 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  47.35 
 
 		 370 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  37.46 
 
 		 346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  37.04 
 
 		 343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  47.57 
 
 		 373 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  38.37 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  39.22 
 
 		 374 aa  190  4e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  38.24 
 
 		 374 aa  180  2.9999999999999997e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.42 
 
 		 334 aa  180  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  38.11 
 
 		 358 aa  180  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  44.96 
 
 		 381 aa  179  9e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  35.61 
 
 		 323 aa  169  6e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.63 
 
 		 349 aa  168  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  39.46 
 
 		 322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  35.91 
 
 		 354 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  36.97 
 
 		 360 aa  159  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  36.97 
 
 		 360 aa  159  8e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  35.17 
 
 		 326 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  28.16 
 
 		 347 aa  149  7e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  41.63 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.11 
 
 		 325 aa  124  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.22 
 
 		 343 aa  112  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  38.1 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  35.47 
 
 		 327 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  38.42 
 
 		 328 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  29.62 
 
 		 328 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  29.62 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  35.55 
 
 		 328 aa  98.2  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  39.6 
 
 		 330 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.96 
 
 		 331 aa  95.1  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  30.3 
 
 		 374 aa  94.7  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  38.82 
 
 		 328 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  38.93 
 
 		 328 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  38.41 
 
 		 328 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  34.52 
 
 		 319 aa  92  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  34.52 
 
 		 319 aa  92  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.58 
 
 		 328 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  34.81 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.81 
 
 		 337 aa  90.1  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  31.09 
 
 		 605 aa  89.7  7e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.48 
 
 		 335 aa  89.4  8e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.1 
 
 		 562 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.1 
 
 		 562 aa  88.6  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.19 
 
 		 395 aa  88.6  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.86 
 
 		 351 aa  87.8  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0830  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.67 
 
 		 580 aa  87  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.32 
 
 		 562 aa  87  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0803  hypothetical protein  30.21 
 
 		 295 aa  87  4e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.964068  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.47 
 
 		 605 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.88 
 
 		 562 aa  86.7  6e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.36 
 
 		 318 aa  86.7  6e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.44 
 
 		 517 aa  86.7  6e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.28 
 
 		 323 aa  86.3  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.88 
 
 		 562 aa  86.3  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.88 
 
 		 562 aa  86.3  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.88 
 
 		 562 aa  86.3  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.88 
 
 		 562 aa  86.3  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.48 
 
 		 562 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0819  DNA polymerase III, subunit, putative  21.6 
 
 		 273 aa  85.1  0.000000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.746566  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2005  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.1 
 
 		 496 aa  85.1  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.33 
 
 		 681 aa  84.7  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.88 
 
 		 543 aa  85.1  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.88 
 
 		 601 aa  84.3  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.44 
 
 		 562 aa  84  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.03 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.08 
 
 		 335 aa  84  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.34 
 
 		 751 aa  84.3  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325473  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.61 
 
 		 589 aa  83.6  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.82 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.88 
 
 		 339 aa  83.2  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2534  DNA-directed DNA polymerase  30.91 
 
 		 614 aa  83.2  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0275  ATPase  23.08 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.707781  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1255  DNA polymerase III subunit gamma/tau  25.59 
 
 		 526 aa  82.8  0.000000000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.67 
 
 		 559 aa  82.4  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1055  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  28.63 
 
 		 631 aa  82  0.00000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0820336  normal  0.461674 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0106  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.56 
 
 		 586 aa  82.4  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.15 
 
 		 332 aa  82  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.44 
 
 		 338 aa  82  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25 
 
 		 562 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  29.38 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.29 
 
 		 685 aa  81.3  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.95549  normal  0.915026 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>