More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4101 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 346 aa  686    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  73.12 
 
 		 346 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  73.5 
 
 		 351 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  75.72 
 
 		 346 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  71.97 
 
 		 346 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  71.68 
 
 		 346 aa  479  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  68.79 
 
 		 346 aa  442  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  49.11 
 
 		 347 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  41.76 
 
 		 387 aa  241  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  46.04 
 
 		 360 aa  229  4e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  46.33 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  41.79 
 
 		 372 aa  227  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  41.59 
 
 		 364 aa  226  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  47.35 
 
 		 363 aa  218  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  44.51 
 
 		 347 aa  217  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  39.04 
 
 		 346 aa  212  7.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  48.61 
 
 		 373 aa  209  6e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  49.24 
 
 		 370 aa  207  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  44.35 
 
 		 348 aa  207  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  49.24 
 
 		 370 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  38.96 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  48.3 
 
 		 373 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  38.86 
 
 		 343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  38.97 
 
 		 341 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  43.99 
 
 		 350 aa  189  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.23 
 
 		 334 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  38.38 
 
 		 374 aa  185  9e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.24 
 
 		 349 aa  182  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  37.89 
 
 		 374 aa  179  4.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  36.47 
 
 		 358 aa  179  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  44.49 
 
 		 381 aa  178  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  39.76 
 
 		 322 aa  170  3e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  35.54 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  36.47 
 
 		 326 aa  165  8e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  36.39 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  36.39 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  33.53 
 
 		 354 aa  155  7e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  28.05 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  44.44 
 
 		 365 aa  150  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.54 
 
 		 325 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  38.25 
 
 		 328 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0106  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.07 
 
 		 586 aa  102  7e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  39.1 
 
 		 328 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  39.1 
 
 		 328 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  38.96 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  36.41 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 		 330 aa  100  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.96 
 
 		 328 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  41.33 
 
 		 327 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.39 
 
 		 562 aa  99.4  8e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.49 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1293  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.37 
 
 		 509 aa  97.8  2e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.98 
 
 		 517 aa  96.7  5e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.39 
 
 		 562 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  40.67 
 
 		 328 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.95 
 
 		 562 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.95 
 
 		 562 aa  96.3  8e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1174  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.03 
 
 		 509 aa  95.9  8e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.630806  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  39.47 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.95 
 
 		 562 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.95 
 
 		 562 aa  95.5  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.95 
 
 		 562 aa  95.5  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.95 
 
 		 562 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  38.02 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.95 
 
 		 562 aa  95.5  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.72 
 
 		 559 aa  95.5  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.06 
 
 		 337 aa  94.7  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0830  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.96 
 
 		 580 aa  94.4  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0803  hypothetical protein  34.44 
 
 		 295 aa  94.4  3e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.964068  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0470  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.35 
 
 		 510 aa  94  3e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  39.33 
 
 		 328 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.4 
 
 		 565 aa  93.2  5e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.4 
 
 		 565 aa  93.2  5e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  27.27 
 
 		 568 aa  93.2  6e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0571  DNA polymerase III subunits gamma and tau  24.65 
 
 		 509 aa  92.8  8e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.337724  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.72 
 
 		 318 aa  92.8  9e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.29 
 
 		 755 aa  92  1e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.51 
 
 		 562 aa  92  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.86 
 
 		 344 aa  92.4  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.58 
 
 		 447 aa  92  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.6 
 
 		 589 aa  91.3  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0046  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.47 
 
 		 522 aa  91.3  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241439  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.63 
 
 		 562 aa  91.7  2e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1255  DNA polymerase III subunit gamma/tau  25.86 
 
 		 526 aa  91.7  2e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.81 
 
 		 323 aa  90.5  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  35.03 
 
 		 307 aa  90.9  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.07 
 
 		 518 aa  90.5  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.03 
 
 		 605 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.62 
 
 		 681 aa  90.5  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3762  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.84 
 
 		 606 aa  90.5  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.440006  normal  0.772906 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0275  ATPase  28.89 
 
 		 296 aa  90.5  4e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.707781  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.67 
 
 		 543 aa  90.1  4e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.67 
 
 		 601 aa  89.7  7e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.51 
 
 		 589 aa  89.4  8e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2608  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.12 
 
 		 610 aa  89.4  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.91 
 
 		 358 aa  89  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.59 
 
 		 561 aa  88.6  1e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  28.72 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.13 
 
 		 354 aa  89  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  35.5 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>