More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0542 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  100 
 
 		 364 aa  724    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  51.51 
 
 		 372 aa  345  6e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  45.24 
 
 		 347 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  39.48 
 
 		 387 aa  244  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  44.57 
 
 		 346 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  42.66 
 
 		 351 aa  238  8e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  44.35 
 
 		 348 aa  238  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  41.59 
 
 		 346 aa  237  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  43.99 
 
 		 346 aa  235  7e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  42.37 
 
 		 360 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  42.09 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  40.46 
 
 		 347 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  41.47 
 
 		 346 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  41.74 
 
 		 363 aa  220  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  41.64 
 
 		 346 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  41.01 
 
 		 370 aa  215  8e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  41.01 
 
 		 370 aa  215  8e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  39.52 
 
 		 374 aa  214  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  39.72 
 
 		 373 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  42.82 
 
 		 346 aa  206  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  42.31 
 
 		 350 aa  205  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  40.63 
 
 		 381 aa  202  9e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  38.15 
 
 		 373 aa  195  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  34.34 
 
 		 341 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  36.75 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  35.99 
 
 		 374 aa  184  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  34.64 
 
 		 341 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  35.21 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  39.46 
 
 		 322 aa  176  8e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  35.1 
 
 		 346 aa  175  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  28.94 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  33.8 
 
 		 358 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.09 
 
 		 349 aa  168  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  34.01 
 
 		 323 aa  162  7e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  36.73 
 
 		 365 aa  162  9e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  32.12 
 
 		 360 aa  157  4e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  32.12 
 
 		 360 aa  157  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.05 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  42.19 
 
 		 326 aa  142  7e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.44 
 
 		 325 aa  123  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  26.23 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.74 
 
 		 343 aa  98.2  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.35 
 
 		 338 aa  96.7  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.84 
 
 		 337 aa  96.3  8e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  36.59 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  36.59 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.16 
 
 		 335 aa  93.6  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  40.27 
 
 		 328 aa  92  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  33.12 
 
 		 324 aa  91.3  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.67 
 
 		 351 aa  92  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  40.94 
 
 		 328 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  40.94 
 
 		 328 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  34.03 
 
 		 336 aa  89.4  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  28.38 
 
 		 900 aa  89  1e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.9 
 
 		 358 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 		 336 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 		 336 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  29.19 
 
 		 321 aa  88.2  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  38.26 
 
 		 330 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  35.71 
 
 		 342 aa  87.8  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  36.81 
 
 		 319 aa  87.4  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.03 
 
 		 339 aa  87  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  34.23 
 
 		 327 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  31.96 
 
 		 605 aa  86.3  7e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1460  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.1 
 
 		 320 aa  86.7  7e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.24 
 
 		 501 aa  86.3  8e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03680  DNA polymerase III, delta' subunit  34.18 
 
 		 396 aa  85.9  0.000000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0117112  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.93 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.55 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  36.88 
 
 		 361 aa  85.1  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  35.12 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  35.12 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  35.12 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  29.55 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  29.75 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  29.03 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  35.12 
 
 		 342 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  35.26 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  35.26 
 
 		 328 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  34.19 
 
 		 328 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  34.84 
 
 		 328 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  34.19 
 
 		 328 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5665  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.52 
 
 		 462 aa  83.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.04 
 
 		 327 aa  84  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  33.93 
 
 		 342 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.65 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1468  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.31 
 
 		 627 aa  83.6  0.000000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.18 
 
 		 328 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  36.18 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.68 
 
 		 360 aa  83.2  0.000000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  36.78 
 
 		 337 aa  82.8  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  32.93 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  33.72 
 
 		 342 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0985  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  25.35 
 
 		 382 aa  82  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  34.5 
 
 		 344 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  28.12 
 
 		 389 aa  82.4  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0115  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.67 
 
 		 755 aa  82  0.00000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.032481  normal  0.138962 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1313  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.8 
 
 		 366 aa  81.3  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1065  DNA-directed DNA polymerase  30.2 
 
 		 372 aa  81.6  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.910858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1239  DNA polymerase III subunit delta'  27.03 
 
 		 373 aa  81.6  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>