More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0028 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
323 aa  639    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  47.22 
 
 
322 aa  229  5e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  40.11 
 
 
374 aa  200  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  36.71 
 
 
387 aa  195  8.000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  39.26 
 
 
341 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  39.02 
 
 
343 aa  189  8e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  38.46 
 
 
341 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.37 
 
 
349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  45.78 
 
 
373 aa  179  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  36.76 
 
 
354 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  44.59 
 
 
370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  45.54 
 
 
370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  33.73 
 
 
346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  32.93 
 
 
347 aa  172  5e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  36.36 
 
 
346 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  34.33 
 
 
358 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  41.9 
 
 
381 aa  170  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.78 
 
 
334 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  37.58 
 
 
360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  37.58 
 
 
360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  35.24 
 
 
346 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  50.22 
 
 
365 aa  166  5.9999999999999996e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  35.61 
 
 
346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  44.89 
 
 
373 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  35.5 
 
 
351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  44.2 
 
 
348 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  35.42 
 
 
346 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  34.86 
 
 
347 aa  162  7e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  37.92 
 
 
347 aa  162  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  34.32 
 
 
364 aa  161  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  40.07 
 
 
374 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  44.03 
 
 
363 aa  155  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  37.54 
 
 
360 aa  153  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.04 
 
 
325 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  37.54 
 
 
360 aa  149  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  35.61 
 
 
346 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  34.72 
 
 
346 aa  147  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  38.53 
 
 
326 aa  145  6e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  31.38 
 
 
372 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  37.69 
 
 
350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.22 
 
 
343 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  40.91 
 
 
319 aa  113  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.47 
 
 
351 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.17 
 
 
318 aa  109  7.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  29.91 
 
 
320 aa  108  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.13 
 
 
327 aa  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.25 
 
 
517 aa  104  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.37 
 
 
914 aa  104  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.84 
 
 
358 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  29.84 
 
 
529 aa  103  4e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.23 
 
 
543 aa  102  6e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.35 
 
 
698 aa  102  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.32 
 
 
589 aa  101  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  26.88 
 
 
559 aa  101  2e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.45 
 
 
323 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  26.52 
 
 
562 aa  101  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4077  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.05 
 
 
626 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  34.63 
 
 
321 aa  100  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.23 
 
 
601 aa  101  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.61 
 
 
320 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.88 
 
 
570 aa  100  3e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.18 
 
 
335 aa  99.8  6e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.52 
 
 
395 aa  99.8  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.19 
 
 
460 aa  99.4  7e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  31.68 
 
 
330 aa  99.4  8e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  39.09 
 
 
318 aa  98.6  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.08 
 
 
641 aa  97.8  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.39 
 
 
339 aa  97.8  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0803  hypothetical protein  25.68 
 
 
295 aa  97.8  2e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.964068  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1565  DNA polymerase III subunit delta'  34.07 
 
 
320 aa  97.8  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.257181  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.77 
 
 
681 aa  98.2  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1073  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35 
 
 
553 aa  98.2  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.86 
 
 
338 aa  97.4  3e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.36 
 
 
363 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0515  DNA polymerase subunits gamma and tau  31.84 
 
 
581 aa  96.7  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  29.03 
 
 
389 aa  96.7  5e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.54 
 
 
562 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.18 
 
 
605 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.58 
 
 
326 aa  96.7  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1510  DNA polymerase III, tau subunit / DNA polymerase III, gamma subunit  30.82 
 
 
648 aa  96.3  6e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0569414  normal  0.564841 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.37 
 
 
331 aa  96.3  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3432  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.2 
 
 
625 aa  95.9  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0511  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.82 
 
 
614 aa  95.9  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3587  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.92 
 
 
689 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.02 
 
 
345 aa  95.9  9e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.11 
 
 
340 aa  95.9  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1468  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.82 
 
 
627 aa  95.9  9e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.74 
 
 
562 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1085  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.03 
 
 
714 aa  95.5  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.25 
 
 
562 aa  95.1  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.25 
 
 
562 aa  95.1  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.25 
 
 
562 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2534  DNA-directed DNA polymerase  33.19 
 
 
614 aa  95.5  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.505064 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0275  ATPase  25.34 
 
 
296 aa  95.5  1e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.707781  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.25 
 
 
562 aa  95.1  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.47 
 
 
331 aa  95.5  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.43 
 
 
737 aa  95.5  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.07 
 
 
363 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3834  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.53 
 
 
687 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471872 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1238  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.66 
 
 
634 aa  95.1  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>