More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1424 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  95.83 
 
 
336 aa  642    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 
336 aa  681    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  91.07 
 
 
336 aa  629  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  66.07 
 
 
337 aa  448  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  65.77 
 
 
337 aa  414  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  53.64 
 
 
344 aa  361  9e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  54.84 
 
 
342 aa  359  5e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  56.01 
 
 
342 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  57.18 
 
 
342 aa  353  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  53.35 
 
 
344 aa  344  1e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  55.43 
 
 
342 aa  342  7e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  55.72 
 
 
342 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  55.72 
 
 
342 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  55.72 
 
 
342 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1044  DNA polymerase III subunit delta'  54.6 
 
 
349 aa  330  3e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211523  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2155  DNA polymerase III subunit delta'  55.52 
 
 
344 aa  311  1e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1188  DNA polymerase III subunit delta'  55.1 
 
 
344 aa  299  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3389  DNA polymerase III subunit delta'  55.1 
 
 
344 aa  299  4e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.556766  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1424  DNA polymerase III subunit delta'  55.1 
 
 
344 aa  299  4e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2319  DNA polymerase III subunit delta'  55.1 
 
 
344 aa  299  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2442  DNA polymerase III subunit delta'  55.1 
 
 
344 aa  299  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1915  DNA polymerase III subunit delta'  55.1 
 
 
344 aa  299  4e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2280  DNA polymerase III subunit delta'  55.1 
 
 
344 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.20303  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.11 
 
 
339 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  36.34 
 
 
377 aa  244  9.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  37.06 
 
 
373 aa  241  2e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.12 
 
 
334 aa  233  5e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.41 
 
 
368 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.64 
 
 
347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.58 
 
 
327 aa  195  9e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.55 
 
 
360 aa  179  4.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  34.99 
 
 
331 aa  159  9e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  34.8 
 
 
332 aa  157  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  32.93 
 
 
319 aa  152  8.999999999999999e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  32.33 
 
 
319 aa  150  3e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1006  DNA-directed DNA polymerase  33.24 
 
 
351 aa  146  4.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.75 
 
 
331 aa  146  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.53 
 
 
357 aa  145  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  33.43 
 
 
333 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  44.27 
 
 
328 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  43.75 
 
 
328 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  34.59 
 
 
349 aa  142  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  35.11 
 
 
295 aa  139  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  35.85 
 
 
324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  40.09 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  40.37 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  33.64 
 
 
340 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.04 
 
 
335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  38.07 
 
 
327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.36 
 
 
351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.6 
 
 
337 aa  129  8.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  34.53 
 
 
337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  30.64 
 
 
379 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  38.25 
 
 
330 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  33.05 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.68 
 
 
328 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.08 
 
 
323 aa  125  9e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  32.63 
 
 
321 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  33.77 
 
 
374 aa  124  2e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  29.71 
 
 
336 aa  123  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  39.15 
 
 
328 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  35.38 
 
 
320 aa  122  9e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  39.15 
 
 
328 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  38.62 
 
 
328 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  34.06 
 
 
323 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  38.62 
 
 
328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  34.5 
 
 
304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1065  DNA-directed DNA polymerase  29.67 
 
 
372 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.910858  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.27 
 
 
342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1949  DNA-directed DNA polymerase  29.46 
 
 
373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.38 
 
 
335 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  33.85 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.05 
 
 
326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  30.2 
 
 
343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.83 
 
 
327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1313  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.83 
 
 
366 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  30.45 
 
 
325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.75 
 
 
336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.03 
 
 
358 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.5 
 
 
318 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.02 
 
 
304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.16 
 
 
332 aa  109  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.5 
 
 
318 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.6 
 
 
318 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.5 
 
 
318 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.58 
 
 
331 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.95 
 
 
318 aa  106  6e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.17 
 
 
305 aa  105  8e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.1 
 
 
318 aa  105  8e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.11 
 
 
363 aa  105  8e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.6 
 
 
363 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.44 
 
 
335 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  32.16 
 
 
337 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  35.15 
 
 
284 aa  104  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.68 
 
 
321 aa  103  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.06 
 
 
391 aa  103  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.95 
 
 
318 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  33.04 
 
 
336 aa  103  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  31.71 
 
 
327 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  31.38 
 
 
327 aa  103  4e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>