More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6922 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 348 aa  667    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  88.79 
 
 		 347 aa  589  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  62.36 
 
 		 350 aa  361  1e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  61.29 
 
 		 360 aa  354  2e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  60.7 
 
 		 360 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  60.06 
 
 		 363 aa  345  8.999999999999999e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  43.87 
 
 		 364 aa  236  4e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  43.82 
 
 		 347 aa  225  8e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  45.54 
 
 		 346 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  44.35 
 
 		 346 aa  223  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  46.15 
 
 		 346 aa  223  3e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  44.05 
 
 		 351 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  39.89 
 
 		 387 aa  218  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  43.53 
 
 		 346 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  41.53 
 
 		 372 aa  215  7e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  38.3 
 
 		 346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  43.57 
 
 		 346 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.94 
 
 		 349 aa  196  6e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  42.12 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  41.95 
 
 		 370 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  41.32 
 
 		 373 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  38.51 
 
 		 341 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  38.81 
 
 		 360 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  38.81 
 
 		 360 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  36.47 
 
 		 358 aa  187  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  41.67 
 
 		 346 aa  187  3e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.17 
 
 		 334 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  38.46 
 
 		 343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  37.83 
 
 		 381 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  44.24 
 
 		 374 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  36.89 
 
 		 341 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  42.4 
 
 		 373 aa  171  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  44.37 
 
 		 374 aa  170  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  31.29 
 
 		 347 aa  169  6e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  38.41 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  41.23 
 
 		 322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  46 
 
 		 365 aa  162  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  36.69 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.85 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  34.12 
 
 		 354 aa  151  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.71 
 
 		 914 aa  106  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  33.44 
 
 		 605 aa  103  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.61 
 
 		 343 aa  102  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.68 
 
 		 363 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0194  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.88 
 
 		 614 aa  100  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.44 
 
 		 363 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.11 
 
 		 336 aa  100  5e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  27.55 
 
 		 559 aa  99.8  6e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  26.42 
 
 		 562 aa  99.8  6e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0087  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.91 
 
 		 624 aa  99.4  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.818033  normal  0.0455941 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  32.33 
 
 		 529 aa  99.4  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7346  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.69 
 
 		 613 aa  99.4  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.44 
 
 		 570 aa  99  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3876  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.69 
 
 		 584 aa  98.6  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.151315 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2647  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.27 
 
 		 692 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.377545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1510  DNA polymerase III, tau subunit / DNA polymerase III, gamma subunit  31.85 
 
 		 648 aa  98.6  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0569414  normal  0.564841 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.86 
 
 		 724 aa  97.8  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.35 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0668  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.48 
 
 		 627 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.365881 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.69 
 
 		 318 aa  97.8  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.34 
 
 		 641 aa  97.4  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19830  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.29 
 
 		 694 aa  97.1  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.05 
 
 		 543 aa  97.1  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.05 
 
 		 601 aa  97.1  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3587  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.83 
 
 		 689 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0427  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.71 
 
 		 774 aa  96.3  6e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  33.49 
 
 		 321 aa  96.7  6e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.8 
 
 		 622 aa  96.3  7e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0274  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.78 
 
 		 628 aa  96.3  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.077817 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3834  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.83 
 
 		 687 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471872 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0521  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.7 
 
 		 582 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.067552  normal  0.421793 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.38 
 
 		 825 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.496963  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1361  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.38 
 
 		 825 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.926406  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2671  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  29.39 
 
 		 556 aa  95.5  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2206  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.38 
 
 		 826 aa  95.9  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.236828  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0045  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.38 
 
 		 825 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.787094  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2373  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.38 
 
 		 822 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  31.79 
 
 		 625 aa  95.5  1e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2219  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.38 
 
 		 812 aa  95.5  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.373497  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2244  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.38 
 
 		 825 aa  95.9  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.748475  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0951  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31 
 
 		 793 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127107  normal  0.667155 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.93 
 
 		 358 aa  95.9  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1446  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.54 
 
 		 821 aa  95.5  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223161  normal  0.14614 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0619  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.74 
 
 		 623 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.6 
 
 		 605 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1851  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.38 
 
 		 825 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0281713  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00421  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.42 
 
 		 643 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00199359  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3140  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.42 
 
 		 643 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000034955  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4269  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.2 
 
 		 691 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0513  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.42 
 
 		 643 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0325277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0547  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.42 
 
 		 643 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1805  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.27 
 
 		 696 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00426  hypothetical protein  30.42 
 
 		 643 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00196297  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  36.11 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0561  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.42 
 
 		 643 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00151458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1458  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.47 
 
 		 723 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0507  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.42 
 
 		 643 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000331221  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1599  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.2 
 
 		 692 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0852408 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3146  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.42 
 
 		 643 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000202258  normal  0.0671233 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1423  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.95 
 
 		 529 aa  95.1  2e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>