More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0274 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_0256  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  62.76 
 
 
651 aa  751    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0966021  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0274  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  100 
 
 
628 aa  1248    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.077817 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1861  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  57.21 
 
 
628 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.33363  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2196  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  56.97 
 
 
626 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7346  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.41 
 
 
613 aa  607  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0462  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.04 
 
 
615 aa  608  9.999999999999999e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  56.07 
 
 
622 aa  604  1.0000000000000001e-171  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0619  DNA polymerase III subunits gamma and tau  55.06 
 
 
623 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0087  DNA polymerase III subunits gamma and tau  53.7 
 
 
624 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.818033  normal  0.0455941 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1812  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  56.85 
 
 
623 aa  595  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181409  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0668  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.97 
 
 
627 aa  591  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.365881 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0369  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.13 
 
 
611 aa  585  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.797615 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  53.38 
 
 
605 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00653224  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4057  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.45 
 
 
600 aa  581  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.495634  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.12 
 
 
602 aa  575  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0330154  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0255  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  55.44 
 
 
623 aa  575  1.0000000000000001e-163  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.3 
 
 
602 aa  577  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.330023  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1238  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.52 
 
 
634 aa  574  1.0000000000000001e-162  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  58.64 
 
 
605 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00557596 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0110  DNA polymerase III subunits gamma and tau  50.63 
 
 
631 aa  568  1e-160  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.801093  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4397  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.75 
 
 
625 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3432  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.85 
 
 
625 aa  564  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4077  DNA polymerase III subunits gamma and tau  52.93 
 
 
626 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4848  DNA polymerase III subunits gamma and tau  64.32 
 
 
618 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4336  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3142  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  65.16 
 
 
637 aa  514  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0650  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.74 
 
 
587 aa  506  9.999999999999999e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0107119  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.9 
 
 
659 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  66.41 
 
 
605 aa  503  1e-141  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3649  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.48 
 
 
592 aa  503  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.89772  normal  0.739746 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0166  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.83 
 
 
608 aa  501  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2365  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.74 
 
 
580 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.153654 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0521  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.74 
 
 
582 aa  485  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.067552  normal  0.421793 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2000  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.74 
 
 
614 aa  482  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0710  DNA polymerase III subunits gamma and tau  49.39 
 
 
582 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4575  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.53 
 
 
632 aa  477  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0435  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.95 
 
 
606 aa  466  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.853663  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3876  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.16 
 
 
584 aa  461  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.151315 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.86 
 
 
687 aa  433  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0213338 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0796  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.53 
 
 
565 aa  410  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0481374 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1357  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.03 
 
 
573 aa  402  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0803491  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1060  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  34.9 
 
 
533 aa  334  4e-90  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.077321  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.98 
 
 
505 aa  311  2.9999999999999997e-83  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.547641  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0942  DNA-directed DNA polymerase  31.22 
 
 
491 aa  303  5.000000000000001e-81  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.47 
 
 
1113 aa  297  4e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.34 
 
 
911 aa  296  8e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  37.61 
 
 
955 aa  296  8e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  43.16 
 
 
605 aa  295  2e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.13 
 
 
1115 aa  293  6e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000438447  hitchhiker  0.00599619 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2690  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.86 
 
 
1137 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00745534  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2361  DNA-directed DNA polymerase  44.5 
 
 
957 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.832917  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1826  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.5 
 
 
893 aa  291  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.297137 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2615  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.13 
 
 
1137 aa  291  3e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000443473  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2574  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.86 
 
 
1147 aa  291  3e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000534901  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.16 
 
 
1071 aa  291  4e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000102262  normal  0.239994 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.13 
 
 
948 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.16 
 
 
1045 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2446  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.16 
 
 
1040 aa  290  6e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00022165  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2013  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  38.86 
 
 
1002 aa  289  8e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0951  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.24 
 
 
793 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127107  normal  0.667155 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0529  DNA-directed DNA polymerase  37.66 
 
 
696 aa  289  1e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000324921  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.17 
 
 
681 aa  288  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2302  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.68 
 
 
957 aa  288  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000141755  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.13 
 
 
921 aa  287  5e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000191992  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1200  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.34 
 
 
667 aa  286  5.999999999999999e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.09 
 
 
939 aa  286  8e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1851  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.9 
 
 
793 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.51542  normal  0.226661 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1765  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.16 
 
 
824 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.163097  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1446  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.16 
 
 
821 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223161  normal  0.14614 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1738  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.9 
 
 
813 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.206235  normal  0.0482422 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.25 
 
 
698 aa  283  5.000000000000001e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2219  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.9 
 
 
812 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.373497  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5128  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.9 
 
 
791 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00417503  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0402  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.89 
 
 
643 aa  283  8.000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0412407  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00421  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.89 
 
 
643 aa  282  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00199359  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3140  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.89 
 
 
643 aa  282  1e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000034955  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3146  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.89 
 
 
643 aa  282  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000202258  normal  0.0671233 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0547  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.89 
 
 
643 aa  282  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.014697  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1361  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.9 
 
 
825 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.926406  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.9 
 
 
825 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.496963  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0561  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.89 
 
 
643 aa  282  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00151458  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2373  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.9 
 
 
822 aa  282  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1851  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.9 
 
 
825 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0281713  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0513  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.89 
 
 
643 aa  282  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0325277  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00426  hypothetical protein  40.89 
 
 
643 aa  282  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00196297  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0045  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.9 
 
 
825 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.787094  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0507  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.89 
 
 
643 aa  282  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000331221  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2206  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.9 
 
 
826 aa  282  2e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.236828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0544  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.62 
 
 
642 aa  281  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.62 
 
 
642 aa  281  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0588  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.62 
 
 
642 aa  281  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.62 
 
 
642 aa  281  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2244  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.63 
 
 
825 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.748475  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.67 
 
 
664 aa  280  5e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.176808  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6252  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.36 
 
 
787 aa  280  5e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.554361  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1827  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.36 
 
 
787 aa  280  5e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.203884  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4269  DNA polymerase III subunits gamma and tau  37.95 
 
 
691 aa  279  9e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3235  DNA polymerase III subunits gamma and tau  41.4 
 
 
690 aa  279  9e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00193084  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0806  AAA ATPase, central region  43.09 
 
 
537 aa  279  1e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.343257  unclonable  0.000000100554 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3039  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.25 
 
 
678 aa  278  2e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3801  DNA polymerase III subunits gamma and tau  40.19 
 
 
681 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>