More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1940 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 318 aa  625  1e-178  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  38.3 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.52 
 
 		 325 aa  176  6e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  37.97 
 
 		 374 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  37.24 
 
 		 370 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  37.24 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  36.63 
 
 		 373 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  36.93 
 
 		 373 aa  121  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  37.76 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  34.02 
 
 		 354 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  40.27 
 
 		 322 aa  119  6e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  31.17 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  30.75 
 
 		 358 aa  112  9e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  33.74 
 
 		 346 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  37.09 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  31.12 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  31.05 
 
 		 347 aa  109  5e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.43 
 
 		 363 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  34.85 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  36.02 
 
 		 346 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  40.93 
 
 		 365 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  34.85 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.1 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.55 
 
 		 363 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  36.4 
 
 		 341 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  36.28 
 
 		 360 aa  105  9e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.02 
 
 		 331 aa  104  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  35.67 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.41 
 
 		 334 aa  104  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.69 
 
 		 351 aa  103  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  29.39 
 
 		 389 aa  103  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  34.69 
 
 		 348 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  30.27 
 
 		 347 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  37.38 
 
 		 363 aa  102  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  34.48 
 
 		 387 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  27.8 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  32.7 
 
 		 347 aa  99.8  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.83 
 
 		 370 aa  99  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.84 
 
 		 485 aa  99  9e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.18 
 
 		 358 aa  99  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.19 
 
 		 320 aa  98.2  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.86 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  36.11 
 
 		 341 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  26.42 
 
 		 326 aa  96.3  7e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.68 
 
 		 324 aa  95.9  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  30.51 
 
 		 346 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.82 
 
 		 323 aa  95.1  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.25 
 
 		 339 aa  95.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.09 
 
 		 322 aa  95.5  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  32.79 
 
 		 337 aa  94.4  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  33.49 
 
 		 327 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  33.87 
 
 		 328 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5515  DNA polymerase III delta prime subunit  30.89 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279148 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  34.02 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  27.48 
 
 		 562 aa  94  3e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.32 
 
 		 330 aa  94  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.88 
 
 		 349 aa  94.4  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  34.68 
 
 		 330 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  33.47 
 
 		 328 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  33.15 
 
 		 955 aa  92.8  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2615  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.97 
 
 		 1137 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000443473  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  30.38 
 
 		 346 aa  92.4  8e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.35 
 
 		 326 aa  92.4  8e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2690  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.65 
 
 		 1137 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00745534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0993  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.51 
 
 		 325 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.124546  normal  0.376672 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.65 
 
 		 1115 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000438447  hitchhiker  0.00599619 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.15 
 
 		 911 aa  91.7  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.97 
 
 		 939 aa  92  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.4 
 
 		 338 aa  91.3  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2574  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.65 
 
 		 1147 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000534901  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  33.63 
 
 		 350 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2302  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.87 
 
 		 957 aa  91.3  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000141755  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.7 
 
 		 345 aa  90.5  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1549  DNA polymerase III subunit delta'  30.45 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.77 
 
 		 334 aa  90.5  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2759  DNA polymerase III subunit delta'  25.7 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2444  DNA polymerase III subunit delta'  25.88 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1573  DNA polymerase III subunit delta'  30.45 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.69 
 
 		 344 aa  90.1  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2013  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  32.04 
 
 		 1002 aa  90.5  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  34.71 
 
 		 346 aa  90.1  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.07 
 
 		 332 aa  90.1  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.84 
 
 		 948 aa  90.5  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.42 
 
 		 921 aa  90.1  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.58 
 
 		 320 aa  90.5  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  33.6 
 
 		 328 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.83 
 
 		 517 aa  90.1  5e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0245  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.45 
 
 		 478 aa  89.7  6e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.04 
 
 		 1071 aa  89.4  7e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000102262  normal  0.239994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.04 
 
 		 1045 aa  89.4  7e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.75 
 
 		 698 aa  89.4  8e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.61 
 
 		 641 aa  89.4  8e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0741  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.69 
 
 		 455 aa  89  9e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  30.8 
 
 		 388 aa  88.6  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  32.76 
 
 		 374 aa  89  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02011  DNA polymerase III subunit delta'  27.27 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.847421 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.45 
 
 		 478 aa  88.6  1e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  33.62 
 
 		 328 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.58 
 
 		 351 aa  89  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.23 
 
 		 327 aa  89  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>