More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2156 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 346 aa  697    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  69.64 
 
 		 341 aa  477  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  69.64 
 
 		 341 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  63.8 
 
 		 343 aa  448  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  45.21 
 
 		 358 aa  271  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  43.11 
 
 		 360 aa  253  4.0000000000000004e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  43.11 
 
 		 360 aa  253  4.0000000000000004e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  37.09 
 
 		 347 aa  241  1e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  41.82 
 
 		 354 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.42 
 
 		 349 aa  224  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  39.86 
 
 		 370 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  40.12 
 
 		 346 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  39.53 
 
 		 370 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  39.04 
 
 		 346 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  38.12 
 
 		 347 aa  206  7e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  37.58 
 
 		 346 aa  204  1e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  38.3 
 
 		 348 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  38.62 
 
 		 351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  40.32 
 
 		 381 aa  197  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  36.93 
 
 		 387 aa  194  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  38.18 
 
 		 373 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  44.72 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  38.44 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  38.21 
 
 		 346 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  39.93 
 
 		 374 aa  188  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  35.33 
 
 		 360 aa  182  7e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  41.44 
 
 		 373 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  35.33 
 
 		 360 aa  180  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  37.13 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  37.46 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  33.73 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  35.69 
 
 		 372 aa  173  5e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  34.23 
 
 		 363 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  36.83 
 
 		 374 aa  169  8e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  35.47 
 
 		 364 aa  168  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  36.81 
 
 		 350 aa  166  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  40.64 
 
 		 365 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.54 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  35.29 
 
 		 326 aa  151  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.41 
 
 		 325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  34.18 
 
 		 319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.11 
 
 		 358 aa  106  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  33.47 
 
 		 328 aa  103  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  33.18 
 
 		 318 aa  102  8e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.73 
 
 		 323 aa  102  9e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.02 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.6 
 
 		 363 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.05 
 
 		 363 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  30.09 
 
 		 339 aa  98.6  1e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.24 
 
 		 335 aa  96.7  6e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.47 
 
 		 339 aa  96.3  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  32.53 
 
 		 330 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.71 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.55 
 
 		 370 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  33.18 
 
 		 321 aa  94.4  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  32.42 
 
 		 321 aa  94.4  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.15 
 
 		 343 aa  94  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.86 
 
 		 331 aa  93.2  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  33.66 
 
 		 327 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  29.27 
 
 		 320 aa  92.8  8e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  37.16 
 
 		 328 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  37.42 
 
 		 323 aa  92  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  37.16 
 
 		 328 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.28 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  29.66 
 
 		 349 aa  90.5  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.22 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.03 
 
 		 343 aa  90.1  5e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  28.06 
 
 		 320 aa  90.1  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  30.97 
 
 		 307 aa  89.7  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  28.85 
 
 		 389 aa  89.7  7e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  30.49 
 
 		 323 aa  89.7  7e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.82 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  33.14 
 
 		 328 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  28 
 
 		 320 aa  89  1e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  26.32 
 
 		 365 aa  89  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.56 
 
 		 357 aa  88.6  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.11 
 
 		 326 aa  89  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  34.13 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  34.13 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  30.49 
 
 		 330 aa  88.2  2e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.39 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.36 
 
 		 334 aa  87.8  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.16 
 
 		 391 aa  87.8  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.7 
 
 		 339 aa  87  4e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.51 
 
 		 351 aa  87  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0275  ATPase  31.15 
 
 		 296 aa  86.3  7e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.707781  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  29.95 
 
 		 324 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.55 
 
 		 320 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.8 
 
 		 327 aa  84.7  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  33.11 
 
 		 328 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  28.51 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.89 
 
 		 368 aa  84  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.39 
 
 		 331 aa  84.3  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0294  DNA-directed DNA polymerase  31.84 
 
 		 399 aa  84  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.366047  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.65 
 
 		 732 aa  84  0.000000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.76 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.93 
 
 		 336 aa  83.6  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.49 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  34.64 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  29.32 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>