More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_1629 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
336 aa  676    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  68.75 
 
 
336 aa  449  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  64.94 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  63.96 
 
 
336 aa  402  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  56.1 
 
 
335 aa  370  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  55.56 
 
 
340 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  55.56 
 
 
340 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  57.91 
 
 
335 aa  350  2e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  54.63 
 
 
334 aa  335  7.999999999999999e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  56.76 
 
 
334 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  57.06 
 
 
334 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  56.76 
 
 
334 aa  319  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  56.76 
 
 
334 aa  319  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  56.76 
 
 
334 aa  319  5e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  55.86 
 
 
334 aa  315  8e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  55.56 
 
 
334 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  55.56 
 
 
334 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  55.56 
 
 
334 aa  314  9.999999999999999e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  55.56 
 
 
334 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  55.56 
 
 
334 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  55.56 
 
 
334 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  55.56 
 
 
334 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  54.95 
 
 
334 aa  311  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  41.54 
 
 
332 aa  248  1e-64  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  36.54 
 
 
352 aa  187  3e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.02 
 
 
331 aa  157  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  32.51 
 
 
337 aa  155  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  40.44 
 
 
295 aa  150  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  30.18 
 
 
319 aa  145  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  33.13 
 
 
328 aa  144  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  30.18 
 
 
319 aa  143  5e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  34.06 
 
 
328 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  33.44 
 
 
328 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  41.29 
 
 
328 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  32.52 
 
 
330 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  32.82 
 
 
328 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  32.01 
 
 
328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  31.33 
 
 
328 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  31.33 
 
 
328 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.11 
 
 
342 aa  135  9e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.4 
 
 
328 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  31.38 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.82 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.57 
 
 
351 aa  132  6e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  31.73 
 
 
324 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  38.65 
 
 
327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  31.36 
 
 
304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  33.97 
 
 
300 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.54 
 
 
337 aa  126  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.32 
 
 
312 aa  125  7e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  30.87 
 
 
320 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.93 
 
 
335 aa  124  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  28.35 
 
 
323 aa  119  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.06 
 
 
305 aa  119  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  33.12 
 
 
321 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  37.08 
 
 
361 aa  116  5e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.63 
 
 
321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.67 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.67 
 
 
318 aa  113  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.43 
 
 
318 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.67 
 
 
318 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.09 
 
 
318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  31.29 
 
 
304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.26 
 
 
335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.55 
 
 
318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.34 
 
 
304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.89 
 
 
318 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.95 
 
 
357 aa  110  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.84 
 
 
318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.13 
 
 
331 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  30.68 
 
 
344 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.64 
 
 
332 aa  109  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  30.33 
 
 
319 aa  109  6e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.88 
 
 
339 aa  109  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.84 
 
 
318 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  30.77 
 
 
323 aa  108  1e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2239  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.76 
 
 
327 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  30.77 
 
 
330 aa  107  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.68 
 
 
327 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 
284 aa  107  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.02 
 
 
334 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.83 
 
 
360 aa  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  31.04 
 
 
318 aa  106  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.56 
 
 
601 aa  105  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  33.83 
 
 
320 aa  105  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  26.95 
 
 
320 aa  105  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  34.62 
 
 
325 aa  104  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.56 
 
 
543 aa  104  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  35.79 
 
 
342 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.22 
 
 
681 aa  103  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  35.79 
 
 
342 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  35.79 
 
 
342 aa  103  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.56 
 
 
698 aa  102  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  31.32 
 
 
333 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  33.07 
 
 
331 aa  101  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  41.5 
 
 
402 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  42.47 
 
 
404 aa  102  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  41.5 
 
 
402 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  41.78 
 
 
407 aa  101  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  34.45 
 
 
337 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>