More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1580 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 304 aa  629  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  68.77 
 
 		 304 aa  424  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1983  DNA polymerase III, delta prime subunit  67.77 
 
 		 303 aa  414  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258403  hitchhiker  0.00527973 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  59.53 
 
 		 305 aa  374  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.19 
 
 		 318 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.19 
 
 		 318 aa  364  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.19 
 
 		 318 aa  364  1e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.86 
 
 		 318 aa  362  4e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.65 
 
 		 318 aa  345  4e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.47 
 
 		 318 aa  345  6e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.65 
 
 		 318 aa  344  1e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.38 
 
 		 318 aa  343  2e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  57 
 
 		 318 aa  340  1e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  51.17 
 
 		 304 aa  315  5e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  47.73 
 
 		 321 aa  291  8e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2239  DNA polymerase III, delta prime subunit  47.48 
 
 		 327 aa  276  4e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  48.89 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  49.41 
 
 		 328 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  46.78 
 
 		 328 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  49.42 
 
 		 328 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  47.95 
 
 		 328 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  47.95 
 
 		 328 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  45.86 
 
 		 330 aa  145  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  48.84 
 
 		 328 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  45.4 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  37.82 
 
 		 327 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.28 
 
 		 331 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  43.68 
 
 		 352 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  49.03 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  38.57 
 
 		 320 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.57 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  43.68 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.76 
 
 		 323 aa  132  6e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  42.22 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  42.22 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  36.32 
 
 		 320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  32.33 
 
 		 334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.25 
 
 		 342 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  35.74 
 
 		 334 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  36.12 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.22 
 
 		 336 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  35.74 
 
 		 334 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  35.74 
 
 		 334 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.15 
 
 		 335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  46.02 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  35.36 
 
 		 334 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.5 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.6 
 
 		 334 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  30.16 
 
 		 336 aa  123  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  32.23 
 
 		 334 aa  123  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  32.23 
 
 		 334 aa  123  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  32.23 
 
 		 334 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  32.23 
 
 		 334 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  32.29 
 
 		 321 aa  122  5e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  32.23 
 
 		 334 aa  123  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  32.23 
 
 		 334 aa  123  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  32.23 
 
 		 334 aa  123  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  36.79 
 
 		 325 aa  122  7e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  31.87 
 
 		 334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  41.29 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  29.51 
 
 		 336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  39 
 
 		 340 aa  119  7e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  39 
 
 		 340 aa  119  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.14 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.68 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  32.45 
 
 		 335 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  36.57 
 
 		 324 aa  115  6.9999999999999995e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.43 
 
 		 339 aa  115  8.999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.16 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.51 
 
 		 357 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  35.83 
 
 		 361 aa  113  5e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  39.22 
 
 		 335 aa  112  9e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.02 
 
 		 334 aa  112  9e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  43.84 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  39.33 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  37.02 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  37.7 
 
 		 343 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.02 
 
 		 336 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  37.38 
 
 		 342 aa  109  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.65 
 
 		 335 aa  109  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.03 
 
 		 337 aa  108  8.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  36.21 
 
 		 332 aa  108  9.000000000000001e-23  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  37.57 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.96 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  38.22 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  38.22 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  35.91 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.03 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  35.57 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.85 
 
 		 358 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  36.27 
 
 		 344 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  35.71 
 
 		 326 aa  106  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  26.91 
 
 		 320 aa  105  8e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  32.99 
 
 		 323 aa  105  9e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  36.95 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  40 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  33.93 
 
 		 337 aa  103  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  34.97 
 
 		 330 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0446  DNA polymerase III subunit delta'  36.55 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.23 
 
 		 331 aa  102  8e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>