More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2647 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
304 aa  627  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1983  DNA polymerase III, delta prime subunit  80 
 
 
303 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258403  hitchhiker  0.00527973 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  68.77 
 
 
304 aa  435  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  63.21 
 
 
305 aa  401  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  59.61 
 
 
318 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  59.61 
 
 
318 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  59.93 
 
 
318 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  59.42 
 
 
318 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  60.59 
 
 
318 aa  364  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  58.9 
 
 
318 aa  359  3e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  59.22 
 
 
318 aa  358  4e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  58.58 
 
 
318 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  58.58 
 
 
318 aa  354  1e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  51.51 
 
 
304 aa  316  3e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  47.23 
 
 
321 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2239  DNA polymerase III, delta prime subunit  47 
 
 
327 aa  279  5e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.12 
 
 
331 aa  144  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  37.04 
 
 
320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  36.48 
 
 
320 aa  136  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  38.61 
 
 
295 aa  135  7.000000000000001e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  36.53 
 
 
321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.84 
 
 
335 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  35.69 
 
 
334 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  36.08 
 
 
334 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  43.95 
 
 
325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  35.69 
 
 
334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  35.69 
 
 
334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.84 
 
 
335 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  35.69 
 
 
334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  38.86 
 
 
319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  38.86 
 
 
319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  43.4 
 
 
328 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  43.79 
 
 
328 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.28 
 
 
312 aa  125  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  42.77 
 
 
328 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  42.77 
 
 
328 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.98 
 
 
323 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  38.95 
 
 
352 aa  124  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  38.95 
 
 
324 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  31.45 
 
 
334 aa  124  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  42.2 
 
 
330 aa  124  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  46.81 
 
 
328 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  38.86 
 
 
300 aa  122  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.14 
 
 
334 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  46.1 
 
 
328 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  43.79 
 
 
328 aa  121  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.44 
 
 
342 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  34.75 
 
 
334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  34.75 
 
 
334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  34.75 
 
 
334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  34.75 
 
 
334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  34.75 
 
 
334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.05 
 
 
320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  34.75 
 
 
334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  34.75 
 
 
334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  34.75 
 
 
334 aa  120  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  44.03 
 
 
327 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.27 
 
 
351 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  42.14 
 
 
328 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.2 
 
 
336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.14 
 
 
328 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  40.31 
 
 
321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  32.08 
 
 
340 aa  116  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.48 
 
 
358 aa  116  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  31.7 
 
 
340 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  31.3 
 
 
335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  37.36 
 
 
336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.77 
 
 
336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  30.07 
 
 
336 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.02 
 
 
323 aa  112  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  34.3 
 
 
323 aa  112  8.000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  36.9 
 
 
284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  36.87 
 
 
343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.36 
 
 
318 aa  110  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.5 
 
 
331 aa  110  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.45 
 
 
334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.08 
 
 
339 aa  109  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  31.18 
 
 
326 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.75 
 
 
326 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  35.84 
 
 
335 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.73 
 
 
320 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.79 
 
 
337 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.73 
 
 
320 aa  106  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.92 
 
 
338 aa  105  7e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  36.7 
 
 
330 aa  105  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.15 
 
 
329 aa  104  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  37.64 
 
 
323 aa  105  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  33.91 
 
 
324 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  36.52 
 
 
318 aa  103  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  35.29 
 
 
361 aa  103  4e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.22 
 
 
332 aa  103  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  33.77 
 
 
337 aa  102  8e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  34.18 
 
 
336 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.69 
 
 
327 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  33.67 
 
 
336 aa  99.8  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.91 
 
 
737 aa  99.4  6e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.98 
 
 
357 aa  99.4  7e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  33.55 
 
 
320 aa  99.4  7e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  33 
 
 
360 aa  99  8e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  35.39 
 
 
319 aa  98.2  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>