More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_2028 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  99.4 
 
 
334 aa  675    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  98.8 
 
 
334 aa  673    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  99.4 
 
 
334 aa  675    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  99.4 
 
 
334 aa  675    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 
334 aa  678    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  99.1 
 
 
334 aa  674    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  99.1 
 
 
334 aa  673    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  99.1 
 
 
334 aa  673    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  99.4 
 
 
334 aa  675    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  78.44 
 
 
334 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  78.44 
 
 
334 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  78.44 
 
 
334 aa  506  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  78.14 
 
 
334 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  78.14 
 
 
334 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  70.06 
 
 
334 aa  493  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  54.87 
 
 
336 aa  331  1e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  54.22 
 
 
336 aa  329  4e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  54.95 
 
 
336 aa  326  3e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  51.34 
 
 
335 aa  326  3e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  50.88 
 
 
340 aa  324  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  50.88 
 
 
340 aa  323  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  53.72 
 
 
336 aa  322  6e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  54.94 
 
 
335 aa  306  3e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  39.14 
 
 
332 aa  210  3e-53  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  33.12 
 
 
352 aa  184  1.0000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.42 
 
 
342 aa  159  5e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  32.61 
 
 
320 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  34.57 
 
 
320 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  32.82 
 
 
337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.74 
 
 
351 aa  152  7e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  33.74 
 
 
330 aa  149  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  31.16 
 
 
319 aa  149  5e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  31.16 
 
 
319 aa  149  8e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  32.29 
 
 
324 aa  146  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  40.69 
 
 
328 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  40.64 
 
 
295 aa  144  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  36.15 
 
 
300 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  32.42 
 
 
328 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.62 
 
 
331 aa  142  6e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.88 
 
 
305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.73 
 
 
328 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  39.71 
 
 
327 aa  138  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.87 
 
 
304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  38.65 
 
 
328 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  38.65 
 
 
328 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  38.65 
 
 
328 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  31.14 
 
 
328 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  38.24 
 
 
328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  39.36 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  31.74 
 
 
328 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  34.75 
 
 
304 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.55 
 
 
323 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.65 
 
 
337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.46 
 
 
335 aa  125  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.27 
 
 
323 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  28.62 
 
 
323 aa  124  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.05 
 
 
321 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.25 
 
 
318 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.74 
 
 
318 aa  119  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  39.33 
 
 
324 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.25 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.25 
 
 
318 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.25 
 
 
318 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.06 
 
 
312 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  37.88 
 
 
321 aa  116  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.15 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.26 
 
 
335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.15 
 
 
318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.15 
 
 
318 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1983  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.74 
 
 
303 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258403  hitchhiker  0.00527973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  34.01 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.6 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  33.56 
 
 
344 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  31.9 
 
 
319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.01 
 
 
343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  36.92 
 
 
318 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  27.92 
 
 
320 aa  110  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.05 
 
 
334 aa  110  3e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2239  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.71 
 
 
327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.6 
 
 
339 aa  109  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  25.53 
 
 
320 aa  109  8.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.95 
 
 
332 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  37.57 
 
 
325 aa  108  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  29.44 
 
 
361 aa  107  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.04 
 
 
320 aa  107  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.27 
 
 
360 aa  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  34.75 
 
 
332 aa  106  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.82 
 
 
318 aa  106  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.12 
 
 
501 aa  106  7e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2303  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.38 
 
 
331 aa  105  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  35.11 
 
 
331 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  41.61 
 
 
284 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  33.77 
 
 
326 aa  103  6e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  30.09 
 
 
377 aa  103  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  34.1 
 
 
337 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6870  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.67 
 
 
649 aa  102  8e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.351092 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.09 
 
 
327 aa  102  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  36.68 
 
 
379 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  36.59 
 
 
404 aa  102  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  35.1 
 
 
336 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>