More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_1095 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
342 aa  695    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  34.44 
 
 
334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  40.27 
 
 
295 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.45 
 
 
336 aa  156  6e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  40.18 
 
 
300 aa  155  8e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.09 
 
 
312 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  38.46 
 
 
352 aa  146  4.0000000000000006e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.34 
 
 
335 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  37.5 
 
 
319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  37.5 
 
 
319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  36.34 
 
 
334 aa  139  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  36.34 
 
 
334 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  36.34 
 
 
334 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  36.34 
 
 
334 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  36.34 
 
 
334 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  36.34 
 
 
334 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  36.34 
 
 
334 aa  139  8.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.04 
 
 
334 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  36.34 
 
 
334 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  38.54 
 
 
336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  41.28 
 
 
336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.75 
 
 
336 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  38 
 
 
304 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  36.36 
 
 
340 aa  135  9e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  36.36 
 
 
340 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  33.23 
 
 
334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  36.46 
 
 
324 aa  134  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  33.23 
 
 
334 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  33.23 
 
 
334 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  32.31 
 
 
320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  36.15 
 
 
335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  34.76 
 
 
335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  33.23 
 
 
334 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  37.39 
 
 
330 aa  132  9e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.25 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  35.22 
 
 
327 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  31.92 
 
 
320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  32.93 
 
 
334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  32.33 
 
 
328 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.24 
 
 
328 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  39.43 
 
 
328 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.56 
 
 
305 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  29.08 
 
 
323 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  35.5 
 
 
328 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  35.5 
 
 
328 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  38.86 
 
 
328 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  35.5 
 
 
328 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  36.18 
 
 
321 aa  119  9e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.8 
 
 
331 aa  119  9e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  35.06 
 
 
328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.82 
 
 
335 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.88 
 
 
320 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.38 
 
 
337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2303  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.54 
 
 
331 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  37.44 
 
 
304 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  36.72 
 
 
332 aa  114  3e-24  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  36.22 
 
 
336 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  38.38 
 
 
318 aa  112  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  40 
 
 
338 aa  112  8.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  35.71 
 
 
336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  30.57 
 
 
377 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.97 
 
 
567 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 
343 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
336 aa  109  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.67 
 
 
327 aa  109  6e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.98 
 
 
323 aa  108  9.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  32.21 
 
 
342 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  32.84 
 
 
361 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.62 
 
 
327 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  44.06 
 
 
321 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.36 
 
 
334 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  36.41 
 
 
319 aa  107  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  41.45 
 
 
284 aa  107  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  34.41 
 
 
320 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.87 
 
 
351 aa  107  3e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  28.88 
 
 
333 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  33.86 
 
 
344 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0830  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.84 
 
 
580 aa  106  5e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  31.73 
 
 
342 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.36 
 
 
321 aa  106  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0061  DNA-directed DNA polymerase  30.42 
 
 
282 aa  106  5e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.639704  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  31.73 
 
 
342 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.43 
 
 
318 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.25 
 
 
339 aa  106  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1535  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.41 
 
 
599 aa  106  7e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495544  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1983  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.76 
 
 
303 aa  106  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258403  hitchhiker  0.00527973 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.71 
 
 
589 aa  106  7e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.41 
 
 
644 aa  105  9e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.566282  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.55 
 
 
318 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.43 
 
 
318 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.24 
 
 
318 aa  105  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  37.95 
 
 
499 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7084  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.41 
 
 
634 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  34.76 
 
 
323 aa  104  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.16 
 
 
326 aa  104  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.44 
 
 
329 aa  105  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.21 
 
 
331 aa  104  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.43 
 
 
318 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.09 
 
 
383 aa  104  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>