More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1828 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
321 aa  635    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.19 
 
 
337 aa  186  4e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.05 
 
 
335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.58 
 
 
328 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  39.63 
 
 
328 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  37.09 
 
 
328 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  37.96 
 
 
328 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
337 aa  175  9e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  38.51 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  37.46 
 
 
327 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  37.61 
 
 
328 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  37.35 
 
 
328 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.85 
 
 
323 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.91 
 
 
331 aa  170  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  37.35 
 
 
328 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  37.58 
 
 
328 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  36.65 
 
 
319 aa  163  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  37.58 
 
 
328 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  36.33 
 
 
319 aa  161  1e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  36.33 
 
 
319 aa  161  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  36.56 
 
 
318 aa  160  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.68 
 
 
351 aa  159  5e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  37.96 
 
 
323 aa  158  1e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  37.96 
 
 
330 aa  157  2e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.15 
 
 
334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  45.92 
 
 
304 aa  153  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  43 
 
 
339 aa  149  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.04 
 
 
368 aa  147  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  42.45 
 
 
324 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  38.01 
 
 
325 aa  146  5e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  32.09 
 
 
324 aa  146  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.17 
 
 
327 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.38 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  37.8 
 
 
300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.38 
 
 
318 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  46.02 
 
 
304 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  38.46 
 
 
343 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  32.26 
 
 
320 aa  139  8.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  38.34 
 
 
295 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.71 
 
 
318 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  32.86 
 
 
344 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.87 
 
 
318 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  33.08 
 
 
320 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.26 
 
 
318 aa  136  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  32.54 
 
 
336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  33.14 
 
 
337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  34.84 
 
 
323 aa  133  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.4 
 
 
321 aa  132  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.27 
 
 
318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.38 
 
 
331 aa  130  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.59 
 
 
347 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.77 
 
 
336 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.99 
 
 
312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  37.24 
 
 
337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  33.54 
 
 
340 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.81 
 
 
318 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.81 
 
 
318 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.9 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.34 
 
 
305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  39.32 
 
 
342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  36.4 
 
 
336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  33.68 
 
 
361 aa  127  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  33.44 
 
 
335 aa  127  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.68 
 
 
338 aa  127  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  33.23 
 
 
340 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.18 
 
 
342 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  38.35 
 
 
342 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  38.35 
 
 
342 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  31.86 
 
 
336 aa  126  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.57 
 
 
357 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  43.41 
 
 
335 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.83 
 
 
343 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  31.93 
 
 
336 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  37 
 
 
336 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  35.05 
 
 
352 aa  122  7e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.89 
 
 
360 aa  122  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  31.79 
 
 
321 aa  122  9e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  37.26 
 
 
334 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.29 
 
 
336 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  32.86 
 
 
344 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  39.81 
 
 
342 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  39.81 
 
 
342 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  39.81 
 
 
342 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  39.32 
 
 
342 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  42.33 
 
 
334 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  42.33 
 
 
334 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  42.33 
 
 
334 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  37.6 
 
 
370 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  38.49 
 
 
370 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  42.05 
 
 
334 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.56 
 
 
332 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  30.71 
 
 
377 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.49 
 
 
358 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  35.41 
 
 
332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.8 
 
 
335 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  40.61 
 
 
304 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  41.8 
 
 
334 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.74 
 
 
485 aa  113  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.38 
 
 
737 aa  113  4.0000000000000004e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>