More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1662 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
318 aa  657    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  98.11 
 
 
318 aa  647    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  97.8 
 
 
318 aa  622  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  93.71 
 
 
318 aa  597  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  84.28 
 
 
318 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  83.96 
 
 
318 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  84.28 
 
 
318 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  83.65 
 
 
318 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  84.59 
 
 
318 aa  544  1e-154  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  58.9 
 
 
304 aa  363  2e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.65 
 
 
304 aa  361  9e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  54.07 
 
 
305 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  56.25 
 
 
304 aa  347  1e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1983  DNA polymerase III, delta prime subunit  57.7 
 
 
303 aa  347  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258403  hitchhiker  0.00527973 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  50.78 
 
 
321 aa  334  1e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2239  DNA polymerase III, delta prime subunit  52.87 
 
 
327 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.12 
 
 
331 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  37.55 
 
 
327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  42.54 
 
 
319 aa  134  3e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  42.54 
 
 
319 aa  134  3e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  37.62 
 
 
295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  30.22 
 
 
320 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  42.05 
 
 
352 aa  129  5.0000000000000004e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.58 
 
 
335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  41.38 
 
 
324 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  38.42 
 
 
300 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  37.84 
 
 
328 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  30.53 
 
 
320 aa  124  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  37.84 
 
 
328 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.08 
 
 
336 aa  125  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  35.47 
 
 
328 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.46 
 
 
323 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  37 
 
 
328 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  34.29 
 
 
328 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  35.94 
 
 
328 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  33.46 
 
 
330 aa  122  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  37.56 
 
 
328 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  37.39 
 
 
328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  40.12 
 
 
340 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  38.81 
 
 
321 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  35.84 
 
 
321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  39.53 
 
 
340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 
361 aa  119  4.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  39.77 
 
 
335 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.35 
 
 
335 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.12 
 
 
339 aa  118  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.51 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  31.68 
 
 
334 aa  118  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  34.88 
 
 
328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  33.19 
 
 
336 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.61 
 
 
312 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.67 
 
 
336 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.35 
 
 
323 aa  112  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  34.97 
 
 
323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  38.06 
 
 
336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  34.09 
 
 
336 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.7 
 
 
337 aa  110  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  33.96 
 
 
327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.45 
 
 
351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  33.96 
 
 
327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  35.03 
 
 
337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.51 
 
 
320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  30.63 
 
 
326 aa  109  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.08 
 
 
318 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  36.02 
 
 
335 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  33.62 
 
 
337 aa  108  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.51 
 
 
320 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
327 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
327 aa  107  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
327 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  41.73 
 
 
284 aa  107  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.7 
 
 
334 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  35.23 
 
 
332 aa  107  3e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
327 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  32.7 
 
 
327 aa  106  6e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  31.69 
 
 
327 aa  105  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  31.52 
 
 
327 aa  106  7e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  37.21 
 
 
334 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  32.54 
 
 
334 aa  105  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  32.08 
 
 
327 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  37.79 
 
 
334 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  35.38 
 
 
343 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  31.71 
 
 
336 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  37.21 
 
 
334 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  37.21 
 
 
334 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  32.95 
 
 
336 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  38.65 
 
 
325 aa  103  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  32.7 
 
 
327 aa  103  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.52 
 
 
331 aa  103  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.02 
 
 
343 aa  103  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  36.55 
 
 
330 aa  102  6e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.7 
 
 
334 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.99 
 
 
342 aa  100  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  33.15 
 
 
334 aa  100  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  33.15 
 
 
334 aa  100  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  33.15 
 
 
334 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  33.15 
 
 
334 aa  100  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  33.15 
 
 
334 aa  100  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  33.15 
 
 
334 aa  100  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  33.15 
 
 
334 aa  100  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>