More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2239 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2239  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 		 327 aa  671    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.75 
 
 		 321 aa  384  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  54.98 
 
 		 318 aa  346  4e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  54.68 
 
 		 318 aa  345  7e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  55.29 
 
 		 318 aa  345  8e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  54.38 
 
 		 318 aa  342  5e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  54.55 
 
 		 318 aa  318  7e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  53.47 
 
 		 318 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  52.87 
 
 		 318 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  52.87 
 
 		 318 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  53.8 
 
 		 318 aa  311  9e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  47.48 
 
 		 304 aa  294  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  48.26 
 
 		 304 aa  290  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  45.45 
 
 		 305 aa  287  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  47 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1983  DNA polymerase III, delta prime subunit  48.43 
 
 		 303 aa  281  2e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258403  hitchhiker  0.00527973 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.62 
 
 		 331 aa  146  6e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  44.28 
 
 		 327 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  39.01 
 
 		 352 aa  144  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  44.51 
 
 		 328 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  38.65 
 
 		 328 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  44.77 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  44.77 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  44 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  44 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  41.9 
 
 		 340 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  41.9 
 
 		 340 aa  136  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  39.53 
 
 		 330 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  41.34 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.84 
 
 		 351 aa  132  6.999999999999999e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  44.3 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.07 
 
 		 336 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  42.94 
 
 		 328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.97 
 
 		 328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  39.11 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  36.77 
 
 		 335 aa  129  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  44.52 
 
 		 328 aa  128  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  38.92 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  37.74 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  34.4 
 
 		 336 aa  123  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.76 
 
 		 336 aa  123  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  38.76 
 
 		 324 aa  123  5e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.46 
 
 		 320 aa  122  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.34 
 
 		 323 aa  122  9e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.07 
 
 		 320 aa  122  9e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  34.15 
 
 		 337 aa  122  9e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  36.81 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  38.85 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.47 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.13 
 
 		 335 aa  119  6e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.79 
 
 		 320 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  42.58 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.38 
 
 		 335 aa  117  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.91 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  33.64 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  33.72 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.54 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.1 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  37.57 
 
 		 343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.91 
 
 		 358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  35.78 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  41.96 
 
 		 327 aa  114  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  41.96 
 
 		 327 aa  114  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0446  DNA polymerase III subunit delta'  40.85 
 
 		 286 aa  114  3e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  37.04 
 
 		 330 aa  112  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  41.45 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  41.26 
 
 		 327 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  41.26 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  40.91 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  41.26 
 
 		 327 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  39.18 
 
 		 321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.91 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  36.57 
 
 		 334 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.02 
 
 		 329 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  41.26 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  35.61 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  40.56 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  36.57 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  36.57 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.98 
 
 		 327 aa  110  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  36.57 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  36.76 
 
 		 361 aa  109  5e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  40.56 
 
 		 327 aa  109  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  39.86 
 
 		 327 aa  109  6e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  39.86 
 
 		 327 aa  109  6e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  40.26 
 
 		 320 aa  109  8.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  34.16 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.52 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  35.96 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  36.31 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  36 
 
 		 334 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.89 
 
 		 334 aa  107  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  34.17 
 
 		 342 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  38.33 
 
 		 323 aa  106  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  29.71 
 
 		 334 aa  106  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  36.81 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  40.24 
 
 		 499 aa  106  5e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  33.66 
 
 		 342 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.14 
 
 		 334 aa  106  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  36.57 
 
 		 334 aa  105  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>