More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2145 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 365 aa  709    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  55.52 
 
 		 370 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  55.25 
 
 		 370 aa  363  3e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  55.18 
 
 		 373 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  53.51 
 
 		 381 aa  341  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  51.49 
 
 		 374 aa  322  4e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  52.55 
 
 		 373 aa  308  8e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  39.42 
 
 		 387 aa  245  9.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  51.12 
 
 		 322 aa  197  3e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  40 
 
 		 364 aa  194  3e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  50.22 
 
 		 323 aa  187  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  44.57 
 
 		 348 aa  186  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  44.98 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  41.03 
 
 		 346 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  37.18 
 
 		 343 aa  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  39.7 
 
 		 374 aa  177  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  35.26 
 
 		 341 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.54 
 
 		 349 aa  176  5e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  36.99 
 
 		 346 aa  175  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  43.2 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  43.53 
 
 		 363 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  39.09 
 
 		 346 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  43.43 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  35.98 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  34.6 
 
 		 372 aa  169  7e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  38.64 
 
 		 351 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  42.09 
 
 		 360 aa  161  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  41.01 
 
 		 360 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.02 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  38.06 
 
 		 346 aa  159  8e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  41.52 
 
 		 360 aa  155  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  41.52 
 
 		 360 aa  155  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.66 
 
 		 325 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  37.85 
 
 		 354 aa  152  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  41.2 
 
 		 346 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  42.54 
 
 		 350 aa  146  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  41.38 
 
 		 326 aa  143  4e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  36.06 
 
 		 358 aa  143  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  30.96 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  35.48 
 
 		 346 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.53 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.93 
 
 		 318 aa  119  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.59 
 
 		 343 aa  115  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.2 
 
 		 335 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.75 
 
 		 327 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.39 
 
 		 363 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0819  DNA polymerase III, subunit, putative  31.32 
 
 		 273 aa  106  5e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.746566  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.19 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.95 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.46 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1189  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.16 
 
 		 366 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.82 
 
 		 331 aa  103  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  29.85 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.96 
 
 		 358 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  34.23 
 
 		 737 aa  101  3e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0803  hypothetical protein  31.38 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.964068  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  35.56 
 
 		 395 aa  99.8  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0275  ATPase  29.95 
 
 		 296 aa  99.8  6e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.707781  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  36.03 
 
 		 319 aa  99.8  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.27 
 
 		 320 aa  99.4  9e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13673  DNA polymerase III subunit delta'  35.24 
 
 		 401 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0731009 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.18 
 
 		 589 aa  99  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.62 
 
 		 335 aa  99.4  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.85 
 
 		 351 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.5 
 
 		 339 aa  97.4  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.44 
 
 		 391 aa  97.4  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.39 
 
 		 370 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  31.31 
 
 		 389 aa  97.8  3e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  31.46 
 
 		 328 aa  96.7  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.32 
 
 		 340 aa  96.3  8e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  34.01 
 
 		 327 aa  96.3  8e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 365 aa  96.3  8e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  34.01 
 
 		 327 aa  96.3  8e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.45 
 
 		 351 aa  96.3  8e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.78 
 
 		 354 aa  95.9  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.85 
 
 		 344 aa  95.5  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.05 
 
 		 338 aa  95.1  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.09 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.44 
 
 		 327 aa  94.4  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  36.98 
 
 		 327 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.56 
 
 		 318 aa  94  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  37.31 
 
 		 330 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  33.5 
 
 		 327 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  33.5 
 
 		 327 aa  94  4e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  33.5 
 
 		 327 aa  94  4e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.05 
 
 		 334 aa  94  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  32.99 
 
 		 327 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  32.99 
 
 		 327 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  33.5 
 
 		 327 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  34.54 
 
 		 304 aa  93.6  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  28.22 
 
 		 562 aa  93.2  7e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.86 
 
 		 345 aa  92.8  7e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.66 
 
 		 337 aa  93.2  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.09 
 
 		 320 aa  92.8  8e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  33.47 
 
 		 318 aa  92.8  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0189  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  33.48 
 
 		 622 aa  92.8  9e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  32.99 
 
 		 327 aa  92.4  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  33.5 
 
 		 327 aa  92.4  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  36.44 
 
 		 394 aa  92  1e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.87 
 
 		 517 aa  92  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>