More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0556 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 373 aa  723    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  91.33 
 
 		 370 aa  650    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  92.41 
 
 		 370 aa  656    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  59.79 
 
 		 374 aa  394  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  57.84 
 
 		 373 aa  375  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  54.59 
 
 		 381 aa  351  1e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  55.18 
 
 		 365 aa  309  5e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  43.34 
 
 		 387 aa  266  2.9999999999999995e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  39.44 
 
 		 364 aa  209  8e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  45.73 
 
 		 347 aa  202  9e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  48.3 
 
 		 346 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  37.65 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  40.58 
 
 		 346 aa  194  3e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  38.18 
 
 		 346 aa  193  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  43.16 
 
 		 360 aa  192  5e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  42.95 
 
 		 348 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  36.8 
 
 		 343 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  44.98 
 
 		 360 aa  190  4e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  40.62 
 
 		 374 aa  188  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  37.09 
 
 		 372 aa  187  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.03 
 
 		 349 aa  187  3e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  40.52 
 
 		 351 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  36.49 
 
 		 341 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 		 346 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  44.61 
 
 		 347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  42.86 
 
 		 346 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  42.36 
 
 		 363 aa  181  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  39.88 
 
 		 346 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.64 
 
 		 334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  46.08 
 
 		 350 aa  178  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  47.52 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  46.24 
 
 		 346 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  36.21 
 
 		 354 aa  169  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  44.89 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  35.79 
 
 		 360 aa  161  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  35.79 
 
 		 360 aa  161  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  33.53 
 
 		 358 aa  157  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.5 
 
 		 325 aa  152  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  28.61 
 
 		 347 aa  150  4e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  33.66 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.35 
 
 		 343 aa  119  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.48 
 
 		 318 aa  116  6.9999999999999995e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.03 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.3 
 
 		 351 aa  109  6e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.78 
 
 		 363 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  39.66 
 
 		 319 aa  106  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  36.86 
 
 		 321 aa  106  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.22 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  32.42 
 
 		 328 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  32.42 
 
 		 328 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  32.5 
 
 		 328 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  37.07 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  39.71 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.22 
 
 		 370 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.58 
 
 		 331 aa  100  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  36.24 
 
 		 327 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  30.57 
 
 		 319 aa  99.4  9e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  40.65 
 
 		 328 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.45 
 
 		 328 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  41.45 
 
 		 328 aa  99  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  30.57 
 
 		 319 aa  99  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.81 
 
 		 344 aa  98.6  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  40.23 
 
 		 328 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0803  hypothetical protein  24.63 
 
 		 295 aa  97.8  3e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.964068  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  40.11 
 
 		 328 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  33.48 
 
 		 318 aa  97.1  5e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.05 
 
 		 335 aa  96.7  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.89 
 
 		 347 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.31 
 
 		 339 aa  95.9  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.54 
 
 		 334 aa  95.9  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  31.55 
 
 		 374 aa  94.7  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.84 
 
 		 331 aa  95.1  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  31.42 
 
 		 389 aa  94.4  3e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  31.67 
 
 		 323 aa  94  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.94 
 
 		 737 aa  94  4e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.51 
 
 		 347 aa  93.6  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  34.46 
 
 		 330 aa  93.2  6e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  25.82 
 
 		 320 aa  92.8  9e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0332  DNA polymerase III subunit delta'  27.76 
 
 		 337 aa  92.4  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  29.3 
 
 		 321 aa  92  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  33.68 
 
 		 344 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.6 
 
 		 337 aa  91.3  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  33.87 
 
 		 304 aa  90.5  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.68 
 
 		 354 aa  90.5  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_002978  WD0819  DNA polymerase III, subunit, putative  27.08 
 
 		 273 aa  90.1  5e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.746566  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.49 
 
 		 327 aa  90.5  5e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 		 340 aa  90.1  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  35.68 
 
 		 342 aa  90.1  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.44 
 
 		 320 aa  89.7  7e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.12 
 
 		 326 aa  89.7  8e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  35.68 
 
 		 342 aa  89.4  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  29.63 
 
 		 307 aa  89.4  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.43 
 
 		 330 aa  89.4  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  30.81 
 
 		 365 aa  89  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1189  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.7 
 
 		 366 aa  88.6  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0275  ATPase  27.37 
 
 		 296 aa  88.6  2e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.707781  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  27.17 
 
 		 390 aa  87.8  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.36 
 
 		 320 aa  87.4  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  44.23 
 
 		 342 aa  87.4  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  33.01 
 
 		 337 aa  87  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>