More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0921 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 381 aa  740    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  60.32 
 
 		 374 aa  388  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  55.68 
 
 		 370 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  55.68 
 
 		 370 aa  364  1e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  54.59 
 
 		 373 aa  351  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  56.72 
 
 		 373 aa  345  8.999999999999999e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  53.51 
 
 		 365 aa  287  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  42.35 
 
 		 387 aa  266  5.999999999999999e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  45.7 
 
 		 360 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  39.62 
 
 		 364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  46.39 
 
 		 360 aa  197  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  40.32 
 
 		 346 aa  197  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  45.77 
 
 		 363 aa  192  6e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  38.8 
 
 		 347 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  45.49 
 
 		 346 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  40.64 
 
 		 374 aa  188  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  41.67 
 
 		 354 aa  186  8e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  44.92 
 
 		 351 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  46.09 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  39.26 
 
 		 341 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  39.6 
 
 		 343 aa  184  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  37.97 
 
 		 347 aa  182  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  37.6 
 
 		 372 aa  182  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  44.11 
 
 		 346 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  40.2 
 
 		 348 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.91 
 
 		 349 aa  181  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  45.96 
 
 		 322 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  44.49 
 
 		 346 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  41.9 
 
 		 323 aa  170  5e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  38.26 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  37.25 
 
 		 358 aa  166  8e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.82 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  43.14 
 
 		 346 aa  162  7e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  44.96 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  40.62 
 
 		 360 aa  152  8.999999999999999e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  40.62 
 
 		 360 aa  152  8.999999999999999e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.34 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  42.31 
 
 		 350 aa  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  39.75 
 
 		 326 aa  144  3e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  27.94 
 
 		 347 aa  140  3e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.78 
 
 		 343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  35.54 
 
 		 328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.34 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  37.77 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  39.25 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  39.25 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  38.32 
 
 		 328 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.97 
 
 		 334 aa  102  9e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  36.09 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.79 
 
 		 363 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  42.24 
 
 		 328 aa  102  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  42.41 
 
 		 328 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  35.38 
 
 		 328 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  31.7 
 
 		 321 aa  99.8  8e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.33 
 
 		 363 aa  99.4  9e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 		 344 aa  99  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.9 
 
 		 335 aa  99  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.8 
 
 		 331 aa  99  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 		 328 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.41 
 
 		 339 aa  96.7  7e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.63 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  28.3 
 
 		 389 aa  94.7  3e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 321 aa  94.4  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  30.18 
 
 		 390 aa  93.6  5e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.57 
 
 		 370 aa  92.8  9e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  27.44 
 
 		 327 aa  92.4  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  27.44 
 
 		 327 aa  92.4  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  37.62 
 
 		 343 aa  91.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0275  ATPase  27.13 
 
 		 296 aa  91.3  3e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.707781  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.83 
 
 		 327 aa  90.5  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.96 
 
 		 391 aa  90.9  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  31.55 
 
 		 374 aa  90.5  4e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.22 
 
 		 358 aa  90.5  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  27.08 
 
 		 327 aa  90.1  6e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  33.48 
 
 		 349 aa  90.1  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  27.08 
 
 		 327 aa  90.1  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  27.08 
 
 		 327 aa  90.1  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.7 
 
 		 327 aa  89.7  8e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.07 
 
 		 354 aa  89.4  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.28 
 
 		 320 aa  89.4  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1239  DNA polymerase III subunit delta'  38.58 
 
 		 373 aa  89  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0803  hypothetical protein  25.82 
 
 		 295 aa  89  1e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.964068  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  26.71 
 
 		 327 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.2 
 
 		 337 aa  88.6  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  25.55 
 
 		 320 aa  88.6  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  30.56 
 
 		 388 aa  88.2  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  26.71 
 
 		 327 aa  87.8  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  26.71 
 
 		 327 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  32.22 
 
 		 307 aa  87.4  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  26.71 
 
 		 327 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.25 
 
 		 323 aa  87.4  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  26.35 
 
 		 327 aa  86.7  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.56 
 
 		 324 aa  86.7  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  35.94 
 
 		 300 aa  86.7  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.84 
 
 		 485 aa  86.7  7e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.5 
 
 		 351 aa  86.3  8e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  29.96 
 
 		 365 aa  86.3  8e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.17 
 
 		 323 aa  86.3  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.86 
 
 		 347 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.632704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  28.8 
 
 		 326 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>