More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2716 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 346 aa  684    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  91.91 
 
 		 346 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  83.48 
 
 		 351 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  78.61 
 
 		 346 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  74.28 
 
 		 346 aa  504  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  71.97 
 
 		 346 aa  493  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  70.52 
 
 		 346 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  49.12 
 
 		 347 aa  279  6e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  46.76 
 
 		 360 aa  241  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  46.76 
 
 		 360 aa  238  8e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  45.09 
 
 		 364 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  40.66 
 
 		 387 aa  231  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  47.93 
 
 		 363 aa  231  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  44.85 
 
 		 347 aa  230  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  42.03 
 
 		 372 aa  223  3e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  49.01 
 
 		 373 aa  210  2e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  43.53 
 
 		 348 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  44.91 
 
 		 350 aa  205  9e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  38.97 
 
 		 341 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  39.78 
 
 		 374 aa  202  5e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  38.79 
 
 		 343 aa  202  7e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  41.21 
 
 		 370 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  40.92 
 
 		 370 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  38.21 
 
 		 346 aa  200  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  38.62 
 
 		 341 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  39.6 
 
 		 373 aa  190  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  38.86 
 
 		 374 aa  189  5.999999999999999e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  44.11 
 
 		 381 aa  188  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.6 
 
 		 334 aa  185  8e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  36.09 
 
 		 323 aa  175  9e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  35.91 
 
 		 358 aa  170  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 326 aa  170  3e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  38.79 
 
 		 322 aa  164  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.33 
 
 		 349 aa  161  2e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  33.73 
 
 		 354 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  39.68 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  34.97 
 
 		 360 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  34.97 
 
 		 360 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.93 
 
 		 325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  25.95 
 
 		 347 aa  129  7.000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.2 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.23 
 
 		 344 aa  95.5  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  32.64 
 
 		 328 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.04 
 
 		 323 aa  93.6  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  32.64 
 
 		 328 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.96 
 
 		 622 aa  93.6  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  32.64 
 
 		 328 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.03 
 
 		 339 aa  92.8  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.22 
 
 		 354 aa  92.4  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  38 
 
 		 330 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.17 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  32.19 
 
 		 328 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.59 
 
 		 318 aa  90.9  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.25 
 
 		 395 aa  90.5  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  30.57 
 
 		 374 aa  90.5  4e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.13 
 
 		 335 aa  90.5  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  31.28 
 
 		 605 aa  90.1  5e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  38.16 
 
 		 328 aa  90.1  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  35.44 
 
 		 304 aa  89.4  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  37.2 
 
 		 328 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0803  hypothetical protein  29.46 
 
 		 295 aa  89  1e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.964068  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  30.89 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  37.33 
 
 		 327 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.58 
 
 		 334 aa  87.8  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  37.2 
 
 		 328 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.45 
 
 		 338 aa  87.4  3e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  37.33 
 
 		 328 aa  87  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0275  ATPase  23.01 
 
 		 296 aa  85.9  9e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.707781  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.48 
 
 		 589 aa  85.9  9e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.27 
 
 		 560 aa  85.5  0.000000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0401  DNA polymerase III delta' subunit  25.94 
 
 		 312 aa  85.9  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.82 
 
 		 681 aa  84.3  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.11 
 
 		 517 aa  84.7  0.000000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.43 
 
 		 562 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.39 
 
 		 543 aa  84.7  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.36 
 
 		 562 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.84 
 
 		 562 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1055  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  28.76 
 
 		 631 aa  84  0.000000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0820336  normal  0.461674 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  36.57 
 
 		 337 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.63 
 
 		 641 aa  84.3  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.39 
 
 		 601 aa  84.3  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.48 
 
 		 357 aa  84  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2789  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.21 
 
 		 602 aa  84.3  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.226663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.03 
 
 		 351 aa  84  0.000000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.51 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.39 
 
 		 732 aa  83.6  0.000000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.99 
 
 		 562 aa  84  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.99 
 
 		 562 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.99 
 
 		 562 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.44 
 
 		 358 aa  84  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  29.57 
 
 		 529 aa  84  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.99 
 
 		 562 aa  84  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.76 
 
 		 685 aa  83.6  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.95549  normal  0.915026 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.49 
 
 		 751 aa  83.6  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325473  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.99 
 
 		 562 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.47 
 
 		 363 aa  83.6  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  33.52 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  36 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.79 
 
 		 335 aa  82.8  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  32.97 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>