More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1535 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  100 
 
 		 372 aa  739    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  51.14 
 
 		 364 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  39.12 
 
 		 347 aa  238  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  41.79 
 
 		 346 aa  236  6e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  42.74 
 
 		 347 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  41.91 
 
 		 351 aa  232  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  42.41 
 
 		 346 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  41.57 
 
 		 346 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  40.87 
 
 		 346 aa  225  9e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  43.1 
 
 		 346 aa  219  7e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  40.58 
 
 		 346 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  41.04 
 
 		 360 aa  216  5e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  37.23 
 
 		 387 aa  216  5.9999999999999996e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  40.75 
 
 		 360 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  41.53 
 
 		 348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  41.76 
 
 		 363 aa  211  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  37.17 
 
 		 374 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  41.34 
 
 		 350 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  37.09 
 
 		 373 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  37.53 
 
 		 370 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  37.7 
 
 		 370 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  37.6 
 
 		 381 aa  194  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  35.91 
 
 		 341 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  39.43 
 
 		 373 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  35.67 
 
 		 343 aa  182  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  35.69 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  36.19 
 
 		 341 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.86 
 
 		 349 aa  173  3.9999999999999995e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  35.03 
 
 		 374 aa  171  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  34.1 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  34.12 
 
 		 358 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  36.98 
 
 		 322 aa  159  6e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  32.8 
 
 		 360 aa  159  9e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  32.8 
 
 		 360 aa  159  9e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.76 
 
 		 334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  27.82 
 
 		 347 aa  147  3e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  39.25 
 
 		 365 aa  146  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  31.38 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  38.34 
 
 		 326 aa  138  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.36 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.98 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.46 
 
 		 323 aa  97.4  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.26 
 
 		 339 aa  94  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  36.59 
 
 		 327 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0332  DNA polymerase III subunit delta'  32.26 
 
 		 337 aa  92  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  36.57 
 
 		 330 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  38.93 
 
 		 328 aa  91.3  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  33.19 
 
 		 336 aa  89.7  7e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  33.16 
 
 		 336 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.16 
 
 		 363 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0275  ATPase  29.56 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.707781  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  33.33 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.85 
 
 		 335 aa  87  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  36.11 
 
 		 337 aa  87  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.41 
 
 		 517 aa  86.7  6e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  26.43 
 
 		 326 aa  86.7  7e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  27.03 
 
 		 321 aa  85.9  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  36.36 
 
 		 328 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.91 
 
 		 328 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.22 
 
 		 351 aa  85.9  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.02 
 
 		 363 aa  85.9  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  33.14 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.66 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  34.86 
 
 		 318 aa  85.5  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.09 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  33.14 
 
 		 319 aa  85.9  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  38.26 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  33.16 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  34.13 
 
 		 325 aa  84.7  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  36.91 
 
 		 328 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  36.91 
 
 		 328 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  35.1 
 
 		 328 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  32.61 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.56 
 
 		 327 aa  84  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.73 
 
 		 751 aa  84  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325473  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  35.1 
 
 		 328 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0803  hypothetical protein  29.56 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.964068  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  35.1 
 
 		 328 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.16 
 
 		 351 aa  83.2  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.42 
 
 		 601 aa  82.8  0.000000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  33.15 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  29.63 
 
 		 337 aa  82.8  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.18 
 
 		 395 aa  82.8  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1879  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.56 
 
 		 569 aa  82  0.00000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1239  DNA polymerase III subunit delta'  25.35 
 
 		 373 aa  81.3  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2586  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.51 
 
 		 612 aa  81.6  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0700925  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  32.61 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0736  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.75 
 
 		 602 aa  82  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.536606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.96 
 
 		 358 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  27.05 
 
 		 562 aa  81.3  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.12 
 
 		 543 aa  81.6  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.91 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4530  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.54 
 
 		 361 aa  81.6  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.162349  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7084  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.57 
 
 		 634 aa  82  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  30.56 
 
 		 389 aa  81.6  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.4 
 
 		 570 aa  80.9  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  26.96 
 
 		 559 aa  80.5  0.00000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.64 
 
 		 605 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0023  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.51 
 
 		 664 aa  80.1  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0608754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  29.05 
 
 		 374 aa  80.1  0.00000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>