More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_4561 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  98.06 
 
 
360 aa  677    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
360 aa  691    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  88.24 
 
 
363 aa  556  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  61.18 
 
 
347 aa  365  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  64.22 
 
 
350 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  60.7 
 
 
348 aa  345  8.999999999999999e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  46.7 
 
 
347 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  47.81 
 
 
346 aa  252  6e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  46.52 
 
 
346 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  46.18 
 
 
346 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  46.04 
 
 
346 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  45.03 
 
 
351 aa  235  8e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  44.57 
 
 
346 aa  226  6e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  41.23 
 
 
364 aa  225  9e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  41.04 
 
 
372 aa  217  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  39.84 
 
 
387 aa  213  2.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  45.13 
 
 
346 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  45.7 
 
 
381 aa  206  4e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  43.16 
 
 
373 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  40.16 
 
 
374 aa  199  3.9999999999999996e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  39.35 
 
 
343 aa  199  7e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  43.51 
 
 
370 aa  196  7e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  42.81 
 
 
370 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  35.33 
 
 
346 aa  189  9e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  37.54 
 
 
341 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  45.95 
 
 
373 aa  188  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.61 
 
 
349 aa  188  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  36.87 
 
 
341 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.06 
 
 
334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  47.58 
 
 
322 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  39.78 
 
 
374 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  33.8 
 
 
354 aa  164  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  37.31 
 
 
323 aa  162  7e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  37.92 
 
 
326 aa  159  7e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  32.65 
 
 
358 aa  151  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.56 
 
 
325 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  32.55 
 
 
360 aa  145  9e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  32.55 
 
 
360 aa  145  9e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  28.49 
 
 
347 aa  144  2e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  41.01 
 
 
365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.91 
 
 
343 aa  108  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.67 
 
 
318 aa  106  7e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  32.7 
 
 
529 aa  104  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2130  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.83 
 
 
427 aa  100  4e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0748227  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3235  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.66 
 
 
690 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00193084  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  42.86 
 
 
328 aa  99.8  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1073  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.72 
 
 
553 aa  99.8  7e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.34 
 
 
914 aa  99.4  8e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1076  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.34 
 
 
685 aa  99  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0258766  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1200  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.45 
 
 
667 aa  98.6  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1510  DNA polymerase III, tau subunit / DNA polymerase III, gamma subunit  32.63 
 
 
648 aa  98.2  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0569414  normal  0.564841 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.23 
 
 
939 aa  98.6  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.78 
 
 
591 aa  97.8  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.775776  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0547  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 
643 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3146  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 
643 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000202258  normal  0.0671233 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0513  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 
643 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0325277  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1135  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.83 
 
 
650 aa  96.7  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.239786  unclonable  0.0000000363353 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0507  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 
643 aa  96.7  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000331221  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00421  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 
643 aa  96.3  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00199359  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3140  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.45 
 
 
643 aa  96.3  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000034955  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00426  hypothetical protein  29.45 
 
 
643 aa  96.3  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00196297  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0561  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 
643 aa  96.3  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00151458  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0402  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.45 
 
 
643 aa  95.9  9e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0412407  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2381  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.18 
 
 
921 aa  95.9  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000191992  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  30.18 
 
 
389 aa  94.7  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.71 
 
 
685 aa  94.4  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.95549  normal  0.915026 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.22 
 
 
774 aa  95.1  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44630  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.42 
 
 
701 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.522569  normal  0.208913 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1613  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.23 
 
 
637 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000410993  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1055  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  29.71 
 
 
631 aa  94  3e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0820336  normal  0.461674 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0806  AAA ATPase, central region  29.17 
 
 
537 aa  94.4  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.343257  unclonable  0.000000100554 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  39.07 
 
 
328 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19830  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.03 
 
 
694 aa  94.4  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.38 
 
 
601 aa  94  4e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  29.46 
 
 
365 aa  93.6  4e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3039  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.85 
 
 
678 aa  93.6  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1919  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.21 
 
 
572 aa  93.6  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0544  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.77 
 
 
642 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1825  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.61 
 
 
736 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3059  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.74 
 
 
658 aa  93.6  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.05 
 
 
543 aa  93.6  5e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2889  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.74 
 
 
658 aa  93.6  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.381742  normal  0.068134 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1591  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.21 
 
 
572 aa  93.6  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.382177  normal  0.054959 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3198  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.74 
 
 
658 aa  93.6  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.344651  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3646  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.61 
 
 
743 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.923315  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0588  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.77 
 
 
642 aa  93.2  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.77 
 
 
642 aa  93.2  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0528  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.77 
 
 
642 aa  93.2  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.71 
 
 
751 aa  93.2  6e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325473  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0534  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.77 
 
 
642 aa  93.2  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.977578  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.6 
 
 
340 aa  92.8  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.71 
 
 
664 aa  92.8  8e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.176808  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3587  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.48 
 
 
689 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  40.14 
 
 
328 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4269  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.79 
 
 
691 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2647  DNA polymerase III subunits gamma and tau  28.88 
 
 
692 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.377545  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2615  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.85 
 
 
1137 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000443473  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.21 
 
 
1045 aa  92  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3801  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.12 
 
 
681 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2446  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.21 
 
 
1040 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00022165  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>