More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2680 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 346 aa  685    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  91.91 
 
 		 346 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  82.91 
 
 		 351 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  78.03 
 
 		 346 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  73.12 
 
 		 346 aa  498  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  73.7 
 
 		 346 aa  498  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  70.23 
 
 		 346 aa  450  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  48.68 
 
 		 347 aa  280  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  46.52 
 
 		 360 aa  249  5e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  46.52 
 
 		 360 aa  247  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  49.11 
 
 		 363 aa  241  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  47.13 
 
 		 347 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  41.48 
 
 		 387 aa  234  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  44.07 
 
 		 364 aa  229  5e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  42.41 
 
 		 372 aa  226  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  48.46 
 
 		 373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  45.76 
 
 		 348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  40.61 
 
 		 341 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  40.12 
 
 		 346 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  46.27 
 
 		 350 aa  206  5e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  38.18 
 
 		 343 aa  206  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  41.64 
 
 		 370 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  41.71 
 
 		 370 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  39.27 
 
 		 374 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  39.27 
 
 		 341 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  45.49 
 
 		 381 aa  196  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  40.06 
 
 		 374 aa  194  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  41.19 
 
 		 373 aa  192  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.71 
 
 		 334 aa  192  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  36.66 
 
 		 323 aa  176  7e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.03 
 
 		 349 aa  175  9e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  38.11 
 
 		 326 aa  172  6.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  35.65 
 
 		 358 aa  169  7e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  40.42 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  36.52 
 
 		 354 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  36.39 
 
 		 360 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  36.39 
 
 		 360 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  41.03 
 
 		 365 aa  155  8e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  26.53 
 
 		 347 aa  135  9e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.54 
 
 		 325 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.5 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.09 
 
 		 344 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.71 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4573  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.25 
 
 		 395 aa  97.1  5e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153993 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.22 
 
 		 354 aa  95.9  8e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.04 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.02 
 
 		 601 aa  94.7  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.19 
 
 		 589 aa  94.7  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.57 
 
 		 622 aa  95.1  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  34.92 
 
 		 328 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  36.13 
 
 		 328 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  36.13 
 
 		 328 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  38.67 
 
 		 330 aa  94  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.09 
 
 		 562 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.58 
 
 		 543 aa  93.6  4e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.09 
 
 		 562 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.95 
 
 		 562 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  32.19 
 
 		 328 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  32.6 
 
 		 605 aa  93.2  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  35.82 
 
 		 328 aa  93.2  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.42 
 
 		 339 aa  93.2  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.52 
 
 		 334 aa  92.8  7e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.92 
 
 		 323 aa  92.8  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.51 
 
 		 562 aa  92.8  8e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.51 
 
 		 562 aa  92.8  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.57 
 
 		 641 aa  92.8  8e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.196255 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.51 
 
 		 562 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.51 
 
 		 562 aa  92.8  9e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.69 
 
 		 338 aa  92.8  9e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.51 
 
 		 562 aa  92.4  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.63 
 
 		 562 aa  92  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.89 
 
 		 358 aa  92.4  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.51 
 
 		 320 aa  92.4  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  31.14 
 
 		 681 aa  91.7  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.54 
 
 		 732 aa  91.7  2e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.62 
 
 		 562 aa  91.3  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.95 
 
 		 562 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  38.82 
 
 		 328 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  30.43 
 
 		 529 aa  90.9  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  38 
 
 		 327 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.75 
 
 		 363 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.56 
 
 		 318 aa  90.5  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0401  DNA polymerase III delta' subunit  27.46 
 
 		 312 aa  90.5  4e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.75 
 
 		 363 aa  90.1  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  38.67 
 
 		 328 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  37.8 
 
 		 328 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.55 
 
 		 517 aa  89.4  8e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0114  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  26.28 
 
 		 568 aa  89.4  9e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1055  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  30.3 
 
 		 631 aa  89  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0820336  normal  0.461674 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.23 
 
 		 589 aa  89  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.3 
 
 		 685 aa  89  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.95549  normal  0.915026 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.4 
 
 		 332 aa  89  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1919  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.4 
 
 		 572 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0106  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.69 
 
 		 586 aa  88.2  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2005  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.51 
 
 		 496 aa  88.6  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.24 
 
 		 383 aa  87.8  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1591  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.4 
 
 		 572 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.382177  normal  0.054959 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.79 
 
 		 327 aa  88.6  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.03 
 
 		 351 aa  87.4  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.82 
 
 		 560 aa  87.4  3e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>